دوره 3، شماره 2 - ( 1391 )                   جلد 3 شماره 2 صفحات 20-13 | برگشت به فهرست نسخه ها

XML English Abstract Print

Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Montaseri S, Moghadam Charkari N, Zare Mirakabad F. RNA Secondary Structure Prediction Using Heuristic Algorithm. JMBS 2012; 3 (2) :13-20
URL: http://biot.modares.ac.ir/article-22-11796-fa.html
منتصری سهیلا، مقدم چرکری نصرالله، زارع میرک آباد فاطمه. پیشگویی ساختار دوم RNA مبتنی بر روش اکتشافی. زیست‌فناوری مدرس. 1391; 3 (2) :13-20

URL: http://biot.modares.ac.ir/article-22-11796-fa.html

پیشگویی ساختار دوم RNA مبتنی بر روش اکتشافی
سهیلا منتصری1 ، نصرالله مقدم چرکری* 1، فاطمه زارع میرک آباد2
1- دانشگاه تربیت مدرس، تهران
2- دانشگاه صنعتی امیرکبیر، تهران
چکیده:   (10250 مشاهده)
RNAها در بسیاری از فرایندهای زیستی و پزشکی نقش حیاتی دارند و کارکرد RNA به طور مستقیم به ساختارش وابسته است. طراحی ساختارهای RNA مسئله‌‌‌‌ای اصلی در زمینه‌ی زیست‌شناسی است که دردرمان و نانوتکنولوژی اهمیت دارد. به همین دلیل الگوریتم‌‌‌‌هایی برایپیش‌گویی ساختار دوم RNA ایجاد شده است. در این مقاله الگوریتمی برایپیش‌گویی دقیق ساختار دوم RNA بر اساس کمترین میزان انرژی آزاد و بیشترین تعداد جفت‌‌‌‌بازهای مجاورارائه می‌‌‌‌دهیم. این الگوریتم برپایه‌‌‌‌ی روش اکتشافی است که از یک ماتریسنقطه‌‌‌‌ایبرای نشان‌‌‌‌دادن همه‌ی جفت­بازهای ممکنRNAاستفاده می‌‌‌‌کند. سپس استم‌‌‌‌ها1 از ماتریس‌‌‌‌نقطه‌‌‌‌ای استخراج می‌‌‌‌شوند و براساس طولشان به ترتیب نزولی و سپس استم‌‌‌‌های با طول برابر براساسمیزان انرژی آزاد به ترتیب صعودی مرتب می‌شوند. سرانجام استم‌‌‌‌ها به‌ترتیب برای تشکیل ساختار دوم انتخاب می‌‌‌‌شوند. الگوریتم پیشنهادی روی تعدادی از داده‌‌‌‌ها از جمله CopA، CopT، R1inv، R2inv، Tar، Tar*، DIS، IncRNA54 و RepZ در باکتر‌‌‌‌ی‌‌‌‌ها اجرا می‌‌‌‌گردد. نتایج آزمایش‌ها دقت بالای الگوریتم پیشنهادی را که 71/95 درصد است، نشان می‌‌‌‌دهد. این الگوریتم در زمانکمتری نسبت به سایر روش‌ها اجرامی‌شود.
واژه‌های کلیدی: کمینه‌ی انرژی آزاد، جفت‌‌‌‌باز، ماتریس نقطه‌‌‌‌ای، استم
متن کامل [PDF 243 kb]   (5613 دریافت)    
نوع مقاله: مقاله استخراج شده از پایان نامه | موضوع مقاله: بیوشیمی|بیو فیزیک|ژنتیک
دریافت: 1390/8/30 | پذیرش: 1391/6/2 | انتشار: 1391/12/20
ارسال نظر درباره این مقاله : نام کاربری یا پست الکترونیک شما:
CAPTCHA
بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.