دوره 9، شماره 1 - ( 1396 )                   جلد 9 شماره 1 صفحات 47-52 | برگشت به فهرست نسخه ها

XML English Abstract Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Taghdir M, Dehghan Banadaki N. Probable Binding Sites of Mesd and Its Peptide Derived from ‎Carboxyl Terminal on LRP6 First and Second Beta-Propeller ‎Domains; A Structural Approach in Drug Design. JMBS. 2017; 9 (1) :47-52
URL: http://journals.modares.ac.ir/article-22-15570-fa.html
تقدیر مجید، دهقان‌بنادکی نجمه. جایگاه احتمالی اتصال مسد و پپتید ‌مشتق‌شده از انتهای کربوکسیل آن، روی ‌دومین‌های بتا-پراپلر اول و دوم ‌LRP6‎؛ ‌یک دیدگاه ساختاری در طراحی دارو. زیست‌فناوری مدرس. 1396; 9 (1) :47-52

URL: http://journals.modares.ac.ir/article-22-15570-fa.html


1- گروه بیوفیزیک، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران ، taghdir@modares.ac.ir
2- گروه بیوفیزیک، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران
چکیده:   (553 مشاهده)
اهداف: پروتئین مسد، مهارکننده عمومی مسیر است و اثرات درمانی علیه سرطان پستان منفی سه‌گانه دارد. پپتید مشتق‌شده از ناحیه انتهای کربوکسیل مسد، مشابه با پروتئین، به‌عنوان مهارکننده عمل می‌نماید. هدف پژوهش حاضر، بررسی جایگاه احتمالی اتصال مسد و پپتید مشتق‌شده از انتهای کربوکسیل آن، روی دومین‌های بتا- پراپلر اول و دوم LRP۶ بود.
مواد و روش‌ها: پژوهش تجربی حاضر با شبیه‌سازی میان‌کنش بین مولکولی بدون پیش‌فرض و هدفمند، به‌ترتیب توسط دو ابزار تحت شبکه ClusPro و Haddock و شبیه‌سازی دینامیک مولکولی صورت گرفت. اتصال پروتئین مسد و پپتید آن روی LRP۶ بررسی و کمپلکس‌ها آنالیز ساختاری شدند.
یافته‌ها: سطوح وسیعی از پروتئین مسد در میان‌کنش با LRP۶ قرار داشت و سطوح درگیر پپتید بسیار کمتر بود. جهت‌گیری اتصال مسد به کمک‌گیرنده، از ناحیه انتهای کربوکسیل بود. محل اتصال پپتید و پروتئین روی LRP۶ ناحیه‌ای مشابه بین دومین‌های بتا- پراپلر اول و دوم این کمک‌گیرنده بود. نمودار RMSD و RMSF کمپلکس مسد و پپتید آن با دومین عملکردی اول کمک‌گیرنده LRP۶ تقریباً مشابه بود.
نتیجه‌گیری: محل اتصال لیگاندهای مسد و پپتید روی کمک‌گیرنده دقیقاً یکسان نیست، ولی شبیه‌سازی دینامیک مولکولی کمپلکس‌های منتخب، از الگوی مشترک مکانیزم مهار، در پپتید و پروتئین، با تاکید بر کنترل حرکت بین دومینی حکایت دارد. ناحیه درگیر در میان‌کنش هر کدام از لیگاندها، از لحاظ ساختاری نزدیک به ناحیه‌ای از کمک‌گیرنده است که دارای بیشترین انعطاف‌پذیری است. شبیه‌سازی میان‌کنش مولکولی پروتئین با کمک‌گیرنده، بیانگر نقش مهم ناحیه انتهای کربوکسیل در اتصال آن به LRP۶ است.
متن کامل [PDF 691 kb]   (121 دریافت)    
نوع مقاله: مقاله استخراج شده از پایان نامه |
دریافت: ۱۳۹۴/۱۲/۱۸ | پذیرش: ۱۳۹۶/۱۱/۷ | انتشار: ۱۳۹۷/۳/۱

ارسال نظر درباره این مقاله : نام کاربری یا پست الکترونیک شما:
CAPTCHA code

ارسال پیام به نویسنده مسئول