دوره 10، شماره 4 - ( 1398 )                   جلد 10 شماره 4 صفحات 564-557 | برگشت به فهرست نسخه ها

‎ 20.1001.1.23222115.1398.10.4.8.6

XML English Abstract Print

Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Hekmati J, Alami A, Zahiri J. Constructing Hordeum vulgare Protein- Protein Interaction Network Based on Interolog Method. JMBS 2019; 10 (4) :557-564
URL: http://biot.modares.ac.ir/article-22-25562-fa.html
حکمتی ژاله، اعلمی علی، ظهیری جواد. پیش‌بینی شبکه برهمکنش پروتئین- پروتئین در گیاه جو براساس روش اینترولوگ. زیست‌فناوری مدرس. 1398; 10 (4) :557-564

URL: http://biot.modares.ac.ir/article-22-25562-fa.html

پیش‌بینی شبکه برهمکنش پروتئین- پروتئین در گیاه جو براساس روش اینترولوگ
ژاله حکمتی1 ، علی اعلمی1 ، جواد ظهیری* 2
1- گروه بیوتکنولوژی، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه گیلان، گیلان، ایران
2- گروه بیوفیزیک، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران، تهران، بزرگراه جلال آل احمد، پل نصر، دانشگاه تربیت مدرس، کد پستی: 1411713116 ، zahiri.j@gmail.com
چکیده:   (6210 مشاهده)
جو (Hordeum vulgare) گیاهی یک‌ساله از خانواده Poaceae است. این گیاه از غلات مهم مورد استفاده انسان بوده و در بسیاری از موارد جایگزین گندم شده است. محدودیت‌های مربوط به روش‌های آزمایشگاهی شناسایی برهمکنش‌های پروتئینی را با مشکل روبه‌رو کرده است. در سال‌های اخیر روش‌های محاسباتی گام موثری در پرکردن خلا موجود برداشته و نقش مهمی در زمینه پیش‌بینی و شناسایی برهمکنش‌های پروتئینی ایفا کرده است. در این مطالعه به‌منظور ساخت شبکه برهمکنش پروتئین- پروتئین گیاه جو از اطلاعات برهمکنش‌های پروتئین- پروتئین مربوط به شش ارگانیزم مدل شامل ساکارومایسس سروزیه (Saccharomyces cerevisiae)، سینورابتیدیس الگانس یا نماتد (Caenorhabditis elegans)، دروزوفیلا ملانوگاستر یا مگس میوه (Drosophila melanogaster)، انسان (Homo sapiens)، برنج (Oryza sativa) و آرابیدوپسیس تالیانا (Arabidopsis thaliana) استخراج شده از پایگاه داده Intact استفاده شد و استخراج اطلاعات ارتولوگ‌های گیاه جو با ارگانیزم‌های مدل با استفاده از Inparanoid صورت گرفت. روش اینترولوگ که در این مطالعه مورد استفاده قرار گرفته است، از منطبق‌کردن برهمکنش‌های پروتئینی ارگانیزم‌های مدل بر ارتولوگ‌های گیاه جو استفاده کرده و منجر به پیش‌بینی ۲۴۷۷۴۵ برهمکنش پروتئین- پروتئین شد که پس از حذف برهمکنش‌های تکراری ۲۳۵۹۶۶ برهمکنش غیرتکراری بین ۷۳۵۰ پروتئین به دست آمد. مطالعه صورت‌گرفته اولین گزارش ارایه‌شده در زمینه پیش‌بینی شبکه برهمکنش پروتئین- پروتئین گیاه جو است.
واژه‌های کلیدی: ارگانیزم‌های مدل، اینترولوگ، برهمکنش پروتئین- پروتئین، روش‌های محاسباتی
متن کامل [PDF 1009 kb]   (1740 دریافت)    
نوع مقاله: پژوهشی کیفی | موضوع مقاله: بیو انفورماتیک
دریافت: 1397/7/27 | پذیرش: 1397/11/21 | انتشار: 1398/9/30
ارسال نظر درباره این مقاله : نام کاربری یا پست الکترونیک شما:
CAPTCHA
ارسال پیام به نویسنده مسئول

بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.