دوره 9، شماره 2 - ( 1397 )
جلد 9 شماره 2 صفحات 265-259 |
برگشت به فهرست نسخه ها
1- گروه کنترل، دانشکده برق و کامپیوتر، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران
2- گروه کنترل، دانشکده برق و کامپیوتر، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران، تهران، بزرگراه جلال آل احمد، پل نصر، دانشگاه تربیت مدرس. ، ozgoli@modares.ac.ir
3- گروه چشم‌پزشکی، دانشکده چشم‌پزشکی، دانشگاه کالیفرنیا، سانفرانسیسکو، ایالات متحده
2- گروه کنترل، دانشکده برق و کامپیوتر، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران، تهران، بزرگراه جلال آل احمد، پل نصر، دانشگاه تربیت مدرس. ، ozgoli@modares.ac.ir
3- گروه چشم‌پزشکی، دانشکده چشم‌پزشکی، دانشگاه کالیفرنیا، سانفرانسیسکو، ایالات متحده
چکیده: (4843 مشاهده)
اهداف: شناسایی ژن‌های دخیل در بروز یک بیماری، یکی از حوزه‌های مهم تحقیقات پزشکی است که به تشخیص مکانیزم بیماری و در پی آن تشخیص به‌موقع و درمان بهتر بیماری کمک می‌کند. در سال‌های اخیر فناوری ریزآرایه به دانشمندان علوم زیستی برای فهم فرآیندهای سلولی کمک شایانی کرده است. بدین منظور استفاده از روش‌های کارآمد در تحلیل داده‌های ریزآرایه بسیار کلیدی است. هدف مطالعه حاضر معرفی ژن GRAP به‌عنوان ژن نامزد عامل آلزایمر با استفاده از تحلیل داده‌های ریزآرایه بود.
مواد و روش‌ها: در مطالعه بیوانفورماتیکی حاضر که روی یک مجموعه داده ریزآرایه مربوط به آلزایمر شامل ۱۲۹۹۰ ژن، ۱۵ فرد بیمار و ۱۶ فرد سالم صورت گرفت، با ترکیب روش‌های فیشر، تجزیه و تحلیل اهمیت میکروآرایه (SAM) و الگوریتم بهینه‌سازی ازدحام ذرات (PSO) و با استفاده از روش طبقه‌بندی و رگرسیون مبتنی بر درخت تصمیم (CART)، روش جدیدی به‌منظور تحلیل داده‌های بیان ژن ریزآرایه، برای شناسایی ژن‌های دخیل در بروز آلزایمر ارایه شد.
یافته‌ها: سطح دقت مدل به‌دست‌آمده ۹۰/۳۲% بود و ارزیابی نتایج از دیدگاه زیستی نشان داد که روش پیشنهادی موفق عمل کرده و در نهایت ۴ ژن ارایه کرده است که ۳ ژن از این ۴ ژن (۷۵%)، تاکنون به‌عنوان ژن‌های دخیل در آلزایمر در منابع زیستی معتبر گزارش شده‌اند.
نتیجه‌گیری: این مطالعه علاوه بر ارایه یک روش انتخاب ویژگی جدید و تلفیقی برای تحلیل داده‌های ریزآرایه، یک ژن جدید (GRAP) به‌عنوان ژن نامزد مرتبط با آلزایمر معرفی کرده است.
مواد و روش‌ها: در مطالعه بیوانفورماتیکی حاضر که روی یک مجموعه داده ریزآرایه مربوط به آلزایمر شامل ۱۲۹۹۰ ژن، ۱۵ فرد بیمار و ۱۶ فرد سالم صورت گرفت، با ترکیب روش‌های فیشر، تجزیه و تحلیل اهمیت میکروآرایه (SAM) و الگوریتم بهینه‌سازی ازدحام ذرات (PSO) و با استفاده از روش طبقه‌بندی و رگرسیون مبتنی بر درخت تصمیم (CART)، روش جدیدی به‌منظور تحلیل داده‌های بیان ژن ریزآرایه، برای شناسایی ژن‌های دخیل در بروز آلزایمر ارایه شد.
یافته‌ها: سطح دقت مدل به‌دست‌آمده ۹۰/۳۲% بود و ارزیابی نتایج از دیدگاه زیستی نشان داد که روش پیشنهادی موفق عمل کرده و در نهایت ۴ ژن ارایه کرده است که ۳ ژن از این ۴ ژن (۷۵%)، تاکنون به‌عنوان ژن‌های دخیل در آلزایمر در منابع زیستی معتبر گزارش شده‌اند.
نتیجه‌گیری: این مطالعه علاوه بر ارایه یک روش انتخاب ویژگی جدید و تلفیقی برای تحلیل داده‌های ریزآرایه، یک ژن جدید (GRAP) به‌عنوان ژن نامزد مرتبط با آلزایمر معرفی کرده است.
نوع مقاله: مقاله استخراج شده از پایان نامه |
موضوع مقاله:
بیوتکنولوژی کشاورزی
دریافت: 1395/8/4 | پذیرش: 1396/9/20 | انتشار: 1397/3/31
دریافت: 1395/8/4 | پذیرش: 1396/9/20 | انتشار: 1397/3/31
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |