دوره 10، شماره 1 - ( 1397 )                   جلد 10 شماره 1 صفحات 101-93 | برگشت به فهرست نسخه ها

XML English Abstract Print

شبیه‌سازی دینامیک مولکولی OmpF در غشا دولایه دوقلو: مطالعه رفتار متفاوت پروتئین OmpF در یک سیستم با حضور غلظت‌های یونی نامتقارن
سمیرا پولکچی صابر1 ، سیدشهریار عرب* 2
1- گروه بیوفیزیک، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران
2- گروه بیوفیزیک، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، تهران، بزرگراه جلال آل احمد، پل نصر، دانشگاه تربیت مدرس، دانشکده علوم زیستی، گروه بیوفیزیک ، sh.arab@modares.ac.ir
چکیده:   (6388 مشاهده)
یکی از پروتئین‌های غشای خارجی باکتری اشریشیا کلی (E. coli) OmpF است که امکان عبور یون‌ها را میسر می‌سازد. در سالیان اخیر روش‌های متنوع تجربی و تئوری برای مطالعه این پروتئین مورد استفاده قرار گرفته است. در این مطالعه به ‌منظور حفظ شرایط مرزی از دو غشای دولایه در یک جعبه شبیه‌سازی برای بررسی تغییرات کانال در حین عبور یون‌ها استفاده ‌شده است. غلظت‌های یونی متفاوت در دو طرف غشا اعمال ‌شده است تا شرایط شبیه‌سازی به شرایط واقعی باکتری بیشتر شباهت داشته باشد. در این شبیه‌سازی دو سیستم مشابه هم درون یک جعبه شبیه‌سازی قرار گرفته‌اند. برای بررسی بیشتر در این دو سیستم جهت‌گیری کانال پروتئینی نسب به شیب غلظت یونی در هر دو جهت اعمال ‌شده است. در این تحقیق به بررسی اینکه در انتقال یونی جهت‌گیری ارجح برای این کانال وجود دارد یا خیر پرداخته می‌شود. آنالیزهای ساختاری برای پروتئین در دو جهت‌گیری نشان‌دهنده تفاوت بین دو کانال است همچنین الگوهای مربوط به بررسی‌های ساختار دوم با وجود پیک‌های مشابه در برخی نقاط متفاوت بود. نتایج بررسی اسیدهای آمینه درون گذرگاه و حفره درون کانال نیز برای ساختار انتهایی پروتئین دوم متفاوت از ساختار انتهایی پروتئین اول بود. همچنین عبور یون در پروتئین دوم مشاهده نشد. نتایج نشانگر این است که یکی از کانال‌ها که جهت‌گیری آن مشابه با جهت‌گیری واقعی این کانال در غشای باکتری است در طول این شبیه‌سازی ۱۰۰نانوثانیه‌ای باز و عبور یون از آن قابل ‌مشاهده و پیگیری است، در حالی که کانال دیگر که جهت آن برعکس آنچه در طبیعت وجود دارد، بسته شده که نشان‌دهنده اثرات شیب غلظت یونی روی کانال است.
واژه‌های کلیدی: شبیه‌سازی پروتئین غشایی، شبیه‌سازی غشای دولایه دوقلو، غلظت یونی نامتقارن، پروتئین OmpF
متن کامل [PDF 1572 kb]   (2587 دریافت)    
موضوع مقاله: بیوتکنولوژی کشاورزی
دریافت: 1396/3/19 | پذیرش: 1396/6/15 | انتشار: 1397/12/25
بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.