Modares Journal of Biotechnology
زیستفناوری مدرس
JMBS
Medical Sciences
http://biot.modares.ac.ir
1
admin
2322-2115
2476-6917
fa
jalali
1397
6
1
gregorian
2018
9
1
9
3
online
1
fulltext
other
شناسایی آپتامر DNAای با تمایل بالا علیه آنتیژن سطحی هپاتیت B با روش تکامل سیستماتیک لیگاند از طریق غنیسازی نمایی
Detection of DNA Aptamer with High Affinity against Hepatitis B Surface Antigen by Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment
<div style="text-align: justify;"><span style="font-size:12px;"><span style="font-family:iransharp;">اهداف: هپاتیت <span dir="LTR">B</span> عفونت ویروسی است که میتواند منجر به مشکلات جدی کبدی شود. برای تولید واکسن هپاتیت <span dir="LTR">B</span> از آنتیژن سطحی ویروس هپاتیت <span dir="LTR">B</span> <span dir="LTR">(HBsAg)</span> که بهصورت نوترکیب تولید میشود، استفاده میشود. هدف پژوهش حاضر <span style="color:windowtext;">شناسایی آپتامر </span><span dir="LTR"><span style="color:windowtext;">DNA</span></span><span style="color:windowtext;">ای با تمایل بالا علیه آنتیژن سطحی هپاتیت </span><span dir="LTR"><span style="color:windowtext;">B</span></span><span style="color:windowtext;"> با روش تکامل سیستماتیک لیگاند با استفاده از غنیسازی نمایی</span> بود.<span style="color:windowtext;"><span style="font-family:iransharp_printingsize,sans-serif;"></span></span><br>
<strong>مواد و روشها: </strong>در پژوهش تجربی حاضر با استفاده از روش تکامل سیستماتیک لیگاند از طریق غنیسازی نمایی (</span></span><span style="font-family: iransharp; font-size: 12px; text-align: justify;">SELEX</span><span style="font-size:12px;"><span style="font-family:iransharp;"><span dir="LTR">(</span> قطعه <span dir="LTR">DNA</span>ای با قدرت اتصال بالا علیه <span dir="LTR">HBsAg</span>، جداسازی و توالییابی شد. تمایل این توالی نوکلئوتیدی تکرشتهای با روش فلوریمتری محاسبه شد. اختلاف جذب اولیه و مقدار باقیمانده بهعنوان معیاری از میزان توالیهای متصلشده با کمک نرمافزار <span dir="LTR">Prism ۵</span> به روش رگرسیون غیرخطی، محاسبه <span dir="LTR">Binding-saturation</span> و مدل <span dir="LTR">one site-total</span> انجام و میزان میل ترکیبی (</span></span><span style="font-family: iransharp; font-size: 12px; text-align: justify;">Kd</span><span style="font-size:12px;"><span style="font-family:iransharp;">) تعیین شد.<br>
<strong>یافتهها:</strong> نتایج بعد از انجام رویه <span dir="LTR">SELEX</span> و ارزیابی توالی تکثیریافته با ژل آگارز، نمونه کنترل مثبت دارای باندی در محدوده ۷۲نوکلئوتید بود که نشاندهنده تکثیر موفق توالی گزینششده با استفاده از آغازگزهای انتخابی بود. میل ترکیبی محاسبهشده ۸۱/۵۳نانومولار بود. طی مراحل همسانهسازی از روی کلنیهای موجود واکنش <span dir="LTR">PCR</span> با آغازگرهای اختصاصی آپتامر، حضور قطعه آپتامر در باکتری <em>اشریشیا کلی</em> تایید شد. آپتامر گزارششده دارای ساختار ثانویه پایدار با داشتن انرژی آزاد <span dir="LTR">G</span>Δ کمتر از ۹/۶-کیلوژول و <span dir="LTR">T<sub>m</sub></span> بالاتر از <span dir="LTR">C</span>°۴۵ بود.<br>
<strong>نتیجهگیری: </strong>آپتامر <span dir="LTR">DNA</span>ای گزینششده دارای قدرت اتصال بالا به پروتئین هدف (</span></span><span style="font-family: iransharp; font-size: 12px; text-align: justify;">HbsAg</span><span style="font-size:12px;"><span style="font-family:iransharp;">) است و میتواند بهعنوان جایگزینی برای پادتنها، در ستونهای کروماتوگرافی تمایلی تخلیص <span dir="LTR">HBsAg</span> مورد توجه قرار بگیرد.<br>
</span></span></div>
<div style="text-align: justify;"><strong>Aims:</strong> Hepatitis B is a viral infection, which can cause serious liver problems. Hepatitis B surface antigen (HBsAg), which is produced as recombinant, is used to produce the Hepatitis B vaccine. The aim of this study was to detect DNA aptamer with high affinity against HBsAg by Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment (SELEX).<br>
<strong>Materials and Methods:</strong> In the present experimental study, SELEX method was used to isolate and sequence a DNA aptamer with high affinity against HBsAg. The affinity of this monoclonal nucleotide sequence was calculated by fluorimetric method. The difference of initial absorption and residual value as a measure for the number of associated sequences were calculated with Prism 5 software by nonlinear regression method, Binding-saturation and one site-total model were performed, and the amount of electron affinity (Kd) was determined.<br>
<strong>Findings:</strong> After performing the SELEX procedure and evaluating the amplified sequence with agarose gel, the result was positive control sample containing a bond in the range of 72nucleotides, indicating successful amplification of the selected sequence, using selective primers. During cloning steps from existing colonies of PCR reaction with aptamer specific primers, the presence of aptamer was confirmed in <em>Escherichia coli</em> bacteria. The reported aptamer had a stable secondary structure with a free energy of ΔG of less than -6.9kJ and T<sub>m</sub> higher than 45°C.<br>
<strong>Conclusion: </strong>The selected DNA aptamer has a high affinity to the target protein (HbsAg) and can be considered as an alternative for mAbs in chromatography column.</div>
آنتیژن سحطی هپاتیت B, غنیسازی نمایی, آپتامر DNAای, لیگاند تمایلی
Hepatitis B Surface Antigen, SELEX, DNA Aptamer, Affinity Ligand
317
323
http://biot.modares.ac.ir/browse.php?a_code=A-1-2-89&slc_lang=other&sid=22
H.
Rashedi
سمیرا
انباریمیبدی
1003194753284600103864
1003194753284600103864
No
Biotechnology Department, Chemical Engineering Faculty, University of Tehran, Tehran, Iran
گروه بیوتکنولوژی، دانشکده مهندسی شیمی، دانشگاه تهران، تهران، ایران
S.
Arjmand
ساره
ارجمند
1003194753284600103865
1003194753284600103865
No
Protein Research Center, Shahid Beheshti University, Tehran, Iran
مرکز تحقیقات پروتئین، دانشگاه شهید بهشتی، تهران، ایران
H.
Rashedi
حمید
راشدی
1003194753284600103866
1003194753284600103866
No
Biotechnology Department, Chemical Engineering Faculty, University of Tehran, Tehran, Iran
گروه بیوتکنولوژی، دانشکده مهندسی شیمی، دانشگاه تهران، تهران، ایران
S.O.
Ranaei Siadat
سید امید
رعناییسیادت
o_ranaei@sbu.ac.ir
1003194753284600103867
1003194753284600103867
Yes
Biotechnology Department, Energy & New Technologies Faculty, Shahid Beheshti University, Tehran, Iran
گروه بیوتکنولوژی، دانشکده فناوریهای نوین، دانشگاه شهید بهشتی، تهران، ایران
M.
Pouryaqubi
محمد
پوریعقوبی
1003194753284600103868
1003194753284600103868
No
Nanobiotechnology Department, Biological Science Faculty, Tarbiat Modares University, Tehran, Iran
گروه نانوبیوتکنولوژی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران