نویسنده = کرمی، زهرا

جداسازی و تعیین خصوصیت بیوشیمیایی پروتئاز مقاوم به شوینده از سویه باسیلویس پومیلوس

دوره 6، شماره 1، پاییز 1394، صفحه 50-60

ارسطو بدویی دلفارد، زهرا کرمی، باقر سیدعلیپور

چکیده در این پژوهش از فلور میکروبی چشمه آب معدنی دوساری واقع در شهرستان جیرفت، یک سویه باسیلوس شناسایی شد که در محیط اختصاصی کازئین آگار واجد فعالیت پروتئازی بود. این باکتری بر اساس تست‌های میکروبی- بیوشیمیایی و توالی‌یابی ژن 16S rRNA به عنوان B. Pumilus (KHB3) شناخته شد. به منظور تولید آنزیم، سویه موردنظر به مدت 48 ساعت در محیط مایع اختصاصی رشد داده شد. محیط کشت پس از رسوب دهی با سولفات آمونیوم (85 درصد) و دیالیز با ستون کروماتوگرافی تبادل یونیQ -سفاروز به طور نسبی خالص-سازی شد. ویژگی‌های بیوشیمیایی پروتئاز KHB3 در دماهای مختلف، pH‌های مختلف، یون‌ها و شوینده‌ها مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان دادند که آنزیم حداکثر فعالیت و پایداری را در 0/8 ‌pH نشان می‌دهد. این پروتئاز در حضور غلظت های 0/1 و 5/1 مولار NaCl حدود 100 درصد فعالیت خود را حفظ کرده است. در حضور یون‌های MnSO4 و FeSO4 به ترتیب 33 و 10 درصد افزایش فعالیت نسبت به عدم حضور یون را نشان می‌دهد. این پروتئاز حداقل 45 درصد فعالیت و پایداری خود را در حضور شوینده‌های تجاری حفظ کرده است. علاوه بر این، در حضور شوینده بانو حدود 12 درصد افزایش در فعالیت پروتئازی نشان می‌دهد. فعالیت و پایداری در pH‌های قلیایی، حلال‌های آلی و شوینده‌ها پتانسیل قابل توجه این آنزیم را برای استفاده در صنایع مختلف از جمله صنعت شوینده نشان می‌دهد.

تجزیه زیستی بنزآمید توسط سویه‌های بومی آکروموباکتر

دوره 6، شماره 2، بهار 1394، صفحه 20-30

نرجس رمضانی پور، ارسطو بدوئی، عبدالحمید نمکی شوشتری، زهرا کرمی

چکیده آمید‌ها، ترکیباتی سمی، جهش‌زا و سرطان‌زا هستند. باکتری‌های مولد آمیداز با تجزیه زیستی این ترکیبات، موجب حذف یا تبدیل آن‌ها از محیط زیست می‌شوند. مطالعه حاضر با هدف بررسی پتانسیل هیدرولیز بنزآمید توسط سویه‌های بومی آکروموباکتر جدا شده از فاضلاب شهر کرمان انجام گردید. جداسازی باکتری‌های هیدرولیز کننده بنزآمید با نمونه‌گیری از فاضلاب شهر کرمان و استفاده از روش غنی‌سازی در محیط MM1 با یک درصد بنزآمید و در حضور شناساگر برموتیمول بلو انتخاب شدند. در مجموع 7 سویه باکتریایی هیدرولیز کننده بنزآمید جداسازی گردید. از این بین، 2 سویه به نام‌های AB37 و FA1 با پتانسیل هیدرولیز بنزآمید، به عنوان سویه‌های برتر شناخته شدند. در فرآیند بهینه‌سازی محیط تولید آنزیم، مشخص گردید که گلوکز، پپتون، کلسیم و 0/7 pH تولید آنزیم را در دو سویه افزایش می‌دهند. گلوکز 3 برابر و کلسیم 6/2 برابر میزان تولید آنزیم در سویه FA1 را افزایش داده‌اند. پتانسیل هیدرولیز بنزآمید نشان داد که سویه AB37 در زمان 15 ساعت بیشترین هیدرولیز بنزآمید و آمونیاک تولیدی را به میزان 79/1 و 26/1 میلی‌مولار در غلظت‌های 2 و 5 میلی‌مولار بنزآمید دارد. با استفاده از روش‌های بیوشیمیایی و تعیین توالی ژن 16S rRNA باکتری‌های جداسازی شده به عنوان آکروموباکتر زایلوکسیدان و آکروموباکتر اسپانیوس شناسایی گردید. نتایج این پژوهش نشان داد که سویه‌های جداسازی شده فعالیت قابل توجهی را در هیدرولیز بنزآمید دارند. بنابراین ارزیابی پتانسیل آنزیمی و کاربردی این سویه‌ها به منظور هیدرولیز بنزآمید از فاضلاب شهری، صنایع و پساب کشاورزی پیشنهاد می‌گردد.

بررسی DNA چهار‌‌رشته‌‌ای تشکیل‌‌دهنده دزوکسی‌‌ریبوزایم شبه‌‌پراکسیدازی با روش‌‌های طیف‌‌‌سنجی

دوره 4، شماره 1، بهار 1392، صفحه 31-45

زهرا کرمی، بیژن رنجبر، ارسطو بدویی دلفارد

چکیده مولکول‌‌های DNA بازهای نیتروژنی دارند که ویژگی‌‌هایی شبیه فلورفورها نشان می‌‌دهند. با این حال اسیدهای‌هسته‌ای از نوع DNA، ویژگی فلورسانسی بسیار ضعیفی دارند. از این رو شناسایی لیگاندهای متصل‌‌شونده به DNA که در حالت؛ نشر فلورسانس هستند و تنها بر اثر اتصال به مولکول‌‌های DNA نشر فلورسانس می‌‌یابد، بسیار کاربردی است. در این مقاله اثر یون‌های فلزی سدیم و پتاسیم بر القای ساختار چهاررشته‌ای) در الیگومری با نام PS2.M (GTG3TAG3CG3T2G2) بررسی شده است. با تشکیل پیچیده میان این ساختار DNA و مولکول Hemin، یک دزوکسی‌ریبوزایم یا DNAzym ایجاد می‌شود که فعالیت پراکسیدازی دارد. با طیف‌‌سنجی نور مرئی-فرابنفش، فعالیت الیگومرPS2.M به‌عنوان یک DNAzyme آشکار شد و طیف‌‌سنجی دورنگ‌‌نمایی دورانی، تشکیل ساختار چهاررشته‌ای DNA به‌وجودآمده از این الیگومر را نشان داد. فلورسانس ذاتی چهاررشته‌ای تشکیل‌‌دهنده دزوکسی‌‌ریبوزایم شبه-پراکسیدازی نیز بررسی شد و نتایج، افزایش شدت فلورسانس DNA در حالت چهاررشته‌‌ای را در مقایسه با حالت تک‌‌رشته‌‌ای نشان داد. افزون بر این، رنگ نامتقارن سیانینی (سایبرگُلد) به‌عنوان کاوشگر برای بررسی فلورسانس خارجی DNA چهاررشته‌‌ای مورد استفاده شد. این کاوشگر تمایز بالایی بین DNA تک‌‌رشته و چهاررشته‌‌ای نشان داد. سرانجام برهم‌کنش این رنگ با DNA با روش‌‌های دورنگ‌‌نمایی‌‌ دورانی و فلورسانس بررسی شد.