مقایسه ساختار سه ایزوآنزیم گلوکوآمیلاز بهمنظور تعیین عوامل نشاندهنده پایداری گرمایی پروتئینها با استفاده از شبیهسازی دینامیک مولکولی
دوره 11، شماره 3، تیر 1399، صفحه 23-36
کریم مهنام؛ آذین مشرف قهفرخی؛ حسینعلی رفیعی پور
چکیده گلوکوآمیلاز یک آنزیم مهم اقتصادی به دلیل تواناییاش درهیدرولیز نشاسته و پلیمرهای بتا دیگلوکز است. درک عوامل مؤثر در گرمادوستی یا سرمادوستی آنزیم گلوکوآمیلاز درتولیدایزوآنزیمهایی با مقاومت گرمایی یا سرمایی بالا ضروری است. دراین پژوهش، اثر دما روی تغییرات ساختاری هریک از ایزوآنزیمهای گلوکوآمیلاز معتدل دوست، گرمادوست و سرمادوست بوسیله روش شبیهسازی دینامیک مولکولی بررسی شد. درکل ۲۴۰ نانوثانیه شبیهسازی برای سه ایزوآنزیم گلوکوآمیلاز در چهار دمای ۳۰۰، ۳۵۰، ۴۰۰ و ۴۵۰ کلوین انجام گرفت. تغییرات پارامترهای ساختاری در هرسه ایزوآنزیم مقایسه شد و مشخص گردید که از بین عوامل قابل محاسبه در شبیهسازی دینامیک مولکولی، انرژی الکتروستاتیک پروتئین با آب، انرژی واندروالسی بین پروتئین و آب، انرژی آزاد حلالیت(∆Gsolvation)، پارامترناپایداری، سطح دردسترس حلال غیرقطبی و سطح دردسترس کل بهترو دقیقتر میتوانند برای پیشگویی تغییرات پایداری گرمایی یک پروتئین در اثر افزایش دما بهوسیله شبیهسازی دینامیک مولکولی استفاده شوند.