پیشبینی بیوانفورماتیکی توالیهای حفاظت شده میکروآرانای و مطالعه روند ایجاد و از بین رفتن آنها در بقولات
دوره 14، شماره 1، زمستان 1401، صفحه 12-27
بهزاد حاجی اقراری، مجاهد کمالی زاده
چکیده چکیده
خانواده بقولات یکی از مهمترین خانوادههای گیاهان به شمار میآید. در این تحقیق توالیهای پیشساز میکروآرانای در هفت گونه از بقولات شامل Arachis hypogaea ، Glycine max، Glycine soja، Lotus japonicus، Medicago truncatula، Phaseolus vulgaris و Vigna unguiculata به شیوه جستجوی توالیهای پیشساز حامل توالیهای همولوگ میکروآرانای بالغ در میان توالیهای نسخهبرداری شونده و با در نظر گرفتن مشخصات اختصاصی توالی و ساختمان دوم توالی پیشساز در میکروآرانایهای شناسایی شده، پیش بینی و مشخصات آنها مورد توجه قرارگرفت. همچنین جایگاه ژنومی توالیهای پیشساز تعیین گردید. در این مطالعه، 414 توالی پیشساز میکروآرانای متعلق به 130 خانواده در هفت گونه مذکور که مشخصات توالی و ساختار دوم آنها با مشخصات توالی های پیشساز میکروآرانای گیاهی همخوانی داشت، پیشبینی و مشخصات آنها گزارش گردید. روابط بین گونهها براساس روند ایجاد و از بین رفتن خانوادههای میکروآرانای در هرگونه بر اساس بیشینه پارسمیونی به شیوه دولو بدست آمد و از این طریق درخت فیلوژنتیکی ارتباط گونهها ترسیم شد. خانوادههای میکروآرانای به وجود آمده و از بین رفته در گونههای مورد مطالعه در طول پیدایش و تکامل گونهها مشخص و گزارش شد. نتایج نشان داد روند ایجاد خانوادههای میکروآرانای در این خانواده اخیرا از شدت زیادی برخوردار بوده است. روابط بین گونهها بر اساس روند ایجاد و از بین رفتن خانوادههای میکروآرانای به شیوه مدل بیشینه پارسیمونی همخوانی با روابط فیلوژنی ندارد. در این مطالعه تعدادی از خانوادههای میکروآرانای به عنوان خانوادههای اختصاصی گونه و اختصاصی گروه شناسایی گردید که امکان استفاده از آنها به عنوان شناسهگر گونه/گروه وجود دارد.
