چکیده مقدمه: سرطان کولورکتال (CRC) [1]یکی از مهمترین سرطان ها و دومین علت اصلی مرگ و میر ناشی از سرطان در ایران است. CRCاز طریق تغییرات ژنتیک و اپی ژنتیک گسترش می یابد. شناخت مسیرهای ملکولی در این تغییرات ژنتیکی و اپی ژنتیکی می تواند چشم انداز روشنی را در درمان سرطان ایجاد کند

مواد و روش ها: این مطالعه برروی 40 نمونه زوائد اولیه توموری روده (پولیپ) ، 30 نمونه توموری و40 بافت نرمال مجاور تومورانجام گرفت.استخراج RNA و DNA بافتی، بررسی بیان ژنهای ,miR-22 ,miR-194 LncRNA MINCR با استفاده از روش Real time PCRانجام شد.

نتایج: در این مطالعه میزان بیان LncRNA MINCR در نمونه های تومور و پولیپ نسبت به بافت نرمال مجاورشان افزایش و میزان بیان miR-194 miR-22, وکاهش یافته بود. بین میزان بیان,miR-22 ,miR-194 و MINCR ضریب همبستگی منفی مشاهده شد و همچنین بین بیان این lncRNA و microRNA ها ارتباط معنی داری مشاهده می شود.

بحث : با توجه به نتایج به دست آمده و معناداری این متغیرها می توان نقش تشخیص زود هنگام را در درمان بیماران مبتلا به سرطان کولورکتال اساسی دانست . همچنین می توان از بیان microRNA های غالب برای طبقه بندی سرطان ها استفاده کرد. .با توجه به این که MINCR یکی از lncRNA هایی است که به تازگی کشف شده ودر سرطان کلون تا به حال مورد بررسی قرار نگرفته است


[1] Colorectal cancer

چکیده چکیده

خانواده بقولات یکی از مهمترین خانواده­های گیاهان به شمار می­آید. در این تحقیق توالی­های پیش­ساز میکروآر‌ان‌ای در هفت گونه از بقولات شامل Arachis hypogaea ، Glycine max، Glycine soja، Lotus japonicus، Medicago truncatula، Phaseolus vulgaris و Vigna unguiculata به شیوه جستجوی توالی‌های پیش‌ساز حامل توالی­های همولوگ میکروآر‌ان‌ای بالغ در میان توالی‌های نسخه‌برداری شونده و با در نظر گرفتن مشخصات اختصاصی توالی و ساختمان دوم توالی پیش‌ساز در میکروآران‌ای‌های شناسایی شده، پیش بینی و مشخصات آنها مورد توجه قرارگرفت. همچنین جایگاه ژنومی توالی‌های پیش‌ساز تعیین گردید. در این مطالعه، 414 توالی پیش‌ساز میکرو‌آر‌ان‌ای متعلق به 130 خانواده در هفت گونه مذکور که مشخصات توالی و ساختار دوم آنها با مشخصات توالی های پیش­ساز میکروآران‌ای گیاهی همخوانی داشت، پیش‌بینی و مشخصات آنها گزارش گردید. روابط بین گونه­ها براساس روند ایجاد و از بین رفتن خانواده­های میکروآران‌ای در هرگونه بر اساس بیشینه پارسمیونی به شیوه دولو بدست آمد و از این طریق درخت فیلوژنتیکی ارتباط گونه­ها ترسیم شد. خانواده­های میکروآر‌ان‌ای به وجود آمده و از بین رفته در گونه­های مورد مطالعه در طول پیدایش و تکامل گونه‌ها مشخص و گزارش شد. نتایج نشان داد روند ایجاد خانواده­های میکروآران­ای در این خانواده اخیرا از شدت زیادی برخوردار بوده است. روابط بین گونه‌ها بر اساس روند ایجاد و از بین رفتن خانواده‌های میکروآران­ای به شیوه مدل بیشینه پارسیمونی همخوانی با روابط فیلوژنی ندارد. در این مطالعه تعدادی از خانواده­های میکروآران­ای به عنوان خانواده­های اختصاصی گونه و اختصاصی گروه شناسایی گردید که امکان استفاده از آنها به عنوان شناسه­گر گونه/گروه وجود دارد.

چکیده مسیر پیامدهی Ras یک مسیر سیگنالدهی درون سلولی مهم است که تنظیم کننده اصلی جنبه های مختلف رشد طبیعی سلول و تبدیل به بدخیمی می باشد. خانواده ژن RAS از سه پروتئین G تشکیل شده است: H-Ras ، N-Ras و K-Ras که نقش مهمی در پیامدهی سلولی جهت رشد، تکثیر و مهاجرت دارند. جهش در انکوژنRas باعث ایجاد خواص بدخیمی می شود که برای رشد و گسترش سرطان مورد نیاز است. MicroRNA هایی (miRNA) که در ژنهای Ras کدگذاری می شوند نیز ممکن است در ایجاد سرطان نقش داشته باشند. در این تحقیق، microRNA های جدید واقع در ژن N-Ras از نظر بیوانفورماتیکی پیش بینی شدند. از برنامه SSCprofiler برای پیش بینی ساختارهای حلقه-ساقه در ناحیه ژنومی مورد نظر استفاده شد. پایگاه داده ای UCSC برای بررسی وضعیت حفاظت شدگی miRNA فرضی و توالی پیش ساز آن مورد استفاده قرار گرفت. علاوه بر این، پیش بینی N-Ras-miRs با استفاده از ابزار آنلاین MatureBayes نیز انجام شد. علاوه بر این، نرافزار آنلاین RNAFOLD که از الگوریتم پیش بینی ساختار حداقل انرژی آزاد (MFE) برای RNA استفاده می کند، برای پیش بینی تقریبی ساختار حلقه ساقه استفاده شد. نتایج نشان داد که N-Ras با طول حدود 5 کیلوباز دارای ساختارهای شبیه حلقه ساقه miRNAیی است که توالی نسبتاً حفاظت شده ای دارد. به طور کلی، شواهد کلی حاکی از وجود miRNA های جدیدی است که در انکوژن N-Ras کدگذاری می شوند.

چکیده هدف: EMT فرایندی برگشت­پذیر و ضروری در طول جنین‌زایی، بهبود زخم و پیشرفت سرطان است. در بسیاری از سرطان‌ها، EMT می‌تواند ویژگی­های تهاجمی تومور را افزایش دهد. اخیراً miRNAها به‌عنوان کلاس جدیدی از‌RNA های غیر کدکننده­ تنظیم­گر بیان ژن در مراحل پس از ترجمه دخیل در فرایندEMT شناخته می­شوند. بـااین‌حال، مکانیسم و اثر دقیق miRNAها در فرایند EMT در سلول‌های سرطانی انسان هنوز به‌خوبی مشخص نیست. این مطالعه با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیک پیش‌بینی‌کننده miRNAهای تنظیم‌کننده ژن‌های اصلی در فرایندEMT ، تلاش می‌کند نقش miRNAها را در فرایند EMT روشن کند.
مواد و روش‌ها: در این مطالعه، با استفاده از پایگاه‌های داده­های تحت وب و ابزارهای پیش‌بینی برهم‌کنش miRNAها نظیر DIANA، TargetScan و miRSystem، برهم‌کنشmiRNAهای تنظیم‌کننده ژن­های N-cadherin ، TWIST1، ZEB1، SNAIL و Vimentin به عنوان بیومارکرهای اصلی سلول‌های مزانشیمی بررسی شد.
نتایج: اثرات miRNAهای متفاوت براساس الگوریتم هر پایگاه بر ژن‌های نامزد بررسی و داده‌های به‌دست‌آمده از پایگاه‌های مختلف باهم اشتراک گرفته شد. نتایج نشان داد که یازده miRNA با احتمال بالا به‌طورمشترک می­توانند در فرایند EMT/MET نقش داشته باشند.
ﻧﺘﯿﺠﻪ‌ﮔﯿﺮی: براساس یافته‌های ما، می­توان پیش‌بینی کرد که با توجه به نمره بالاmiRNA های انتخاب‌شده با ژن‌های نامزد، این miRNAها می­توانند نقشی مهم در فرایند EMT/MET داشته باشد. ازاین‌رو، می‌توان از آنها به‌عنوان کاندیدهای مناسب برای تحقیقات بالینی آینده استفاده کرد.

کلمات کلیدی: EMT،MET ، TargetScan، miRSystem، microRNA

چکیده اهداف: سلول‌های اپی‌تلیالی رنگدانه‌دار شبکیه (RPE) در حفظ سلامت و عملکرد شبکیه نقش مهمی ایفا می‌کنند، به‌طوری که نقص در عملکرد یا سلامت این سلول‌ها علت بیش از ۲۰۰ نوع بیماری دژنراسیون شبکیه است. یافتن مسیرهای پیام‌رسانی و زیستی مربوط به تمایز RPE می‌تواند در تولید این سلول‌ها مفید واقع شده و امکان کاربرد کلینیکی خواهد داشت.
مواد و روش‌ها: در مطالعه حاضر در مرحله اول با استفاده از انتخاب مجموعه ژن‌های هدف از اشتراک سه پایگاه داده پیش‌بینی‌کننده ژن‌های هدف microRNA و اجتماع مجموعه حاصل با پایگاه داده تجربی ژن‌های هدف microRNA، ژن‌های هدف با ضریب اطمینان بالاتری انتخاب شدند. در مرحله بعدی با انطباق ژن‌های هدف با ژن‌های دارای افزایش بیان در همان شرایط سلولی سعی شد تا عامل وابستگی اثر microRNA به شرایط ترانسکریپتوم در نظر گرفته شود. در ادامه از اشتراک نتایج چندین پایگاه داده مسیریابی مختلف در کنار هم استفاده شد تا آنالیز دقیق‌تر و جامع‌تری از مکانیزم اثرگذاری microRNAهای مورد مطالعه ارایه شود.
یافته‌ها: در این مطالعه سعی شده است تا شبکه ژنی تحت کنترل miR-۲۰۴-۵p و miR-۲۱۱-۵p، دو microRNA موثر در سلول‌های RPE، را تا حد زیادی شبیه‌سازی کرده و فرآیندهای زیستی و مسیرهای پیام‌رسانی درگیر را مورد بررسی قرار دهیم.
نتیجه‌گیری: نتایج این مطالعه نشان داد این دو microRNA در سلول‌های RPE در تنظیم زیرساخت‌های ترشحی، اتصالات و اسکلت سلولی و مسیرهای درگیر در التهاب و پاسخ زخمی به‌طور خاص در مسیر TGF-β۱ نقش ایفا می‌کنند.

چکیده میکروRNAها ریبونوکلئیک‌اسیدهای تک‌رشته‌ای هستند که نقش‌های مهمی در فرآیندهای طبیعی سلول‌ها دارند و در برخی بیماری‌ها میزان بیان آنها تغییر می‌کند، در نتیجه می‌توان از آنها برای تشخیص بیماری‌ها استفاده کرد. بنابراین روش‌هایی برای شناسایی دقیق و حساس آنها ضروری است. در سال‌های اخیر، طراحی پروب‌های فلورسنت مبتنی بر نانوخوشه‌های فلزی و کاربرد موفق آنها در تشخیص هدف‌های مختلف همچون miRNA، ssDNA و یون‌های فلزی، توسعه یافته است. نانوخوشه‌های فلزی بر پایه داربست DNA دارای ویژگی‌هایی همچون پایداری نوری عالی، اندازه کمتر از نانومتر، سمیت کم و زیست‌سازگاری هستند؛ بنابراین گزینه مناسبی برای مطالعات زیستی هستند. در این پروژه برای اولین‌بار از نانوخوشه‌های نقره مبنی بر DNA استفاده شده است که در حضور توالی هدف(miR_۱۰۳) که بیومارکری برای تشخیص زودهنگام سرطان روده بزرگ است، نشر آنها افزایش یافت. نانوخوشه‌ها به روش کاهش شیمیایی تولید شدند و خصوصیات آنها با تکنیک‌های تصویربرداری الکترونی عبوری (TEM) و پراکندگی دینامیکی نور (DLS) مورد بررسی قرار گرفت. حد تشخیص در نانوزیست حسگر طراحی‌شده ۰/۶۴پیکومولار است و می‌تواند به‌عنوان ابزاری برای بررسی microRNAها در نمونه‌های زیستی و تشخیص‌های کلینیکی زودهنگام با دقت و حساسیت بالا به کار گرفته شود.