کلیدواژه‌ها = لیگاند
بیوتکنولوژی کشاورزی

طراحی و ارزیابی ساختاری و عملکردی سازه‌های نوین ایمنوتوکسینی موثر بر سرطان تخمدان در شرایط شبه‌فیزیولوژیک

دوره 10، شماره 2، فروردین 1398، صفحه 201-209

راضیه صباغ؛ علی اکبر حدادمشهدریزه؛ سمانه دولت آبادی

چکیده ایمنوتوکسین‌ها با قابلیت هدف‌گذاری هوشمند و القای مرگ سلول‌های سرطانی مبتنی بر حضور لیگاند اختصاصی مرتبط با آنتی‌ژن و بخش توکسینی راهکاری اساسی در درمان بیماری‌های سرطانی هستند. بنابراین آشکارسازی آنتی‌ژن‌های اختصاصی سطح سلول‌های سرطانی و اجزای تشکیل‌دهنده این نوع از داروها و سرهم‌بندی آنها مبتنی بر لینکرهای پپتیدی گام اساسی در طراحی این نوع از داروها است که در این تحقیق مبتنی بر علم محاسبات در ارتباط با سرطان تخمدان در دستور کار قرار گرفته است. نتایج حاصل از این تحقیق در گام نخست، منجر به آشکارسازی ۲۹ آنتی‌ژن با قابلیت بیان در سطح سلول‌های سرطانی تخمدان با بیشترین و اختصاصی‌ترین بیان در ارتباط با آنتی‌ژن‌های MAGE۴ و CA۱۲۵ شد. مدل‌ ساختاری MAGE۴ تعیین و الگوی بیانی آن بر سطح غشای مبتنی بر حضور پروتئین‌های HLA تعیین شد. از سویی دیگر، بین مولکول‌های پروتئینی قابل اتصال به این آنتی‌ژن TRIM۶۹ به‌عنوان کارآمدترین لیگاندها انتخاب شد. در ادامه، سرهم‌بندی دمین توکسینی مشتق از کورینه باکتریوم دیفتری به لیگاند انتخابی با استفاده از لینکر (GGGGS)۳ در ۵ حالت مختلف منجر به ایجاد ۵۰ سازه نوترکیب با کیفیت و ساختار متفاوت شد که در این میان مدل ساختاری داروی پروتئینی کدشده از سازه ، بهترین پایداری ساختاری و عملکردی از دیدگاه میل اتصالی و ایمنوژنسیتی پس از قرارگیری در شرایط شبه‌واقعی را نشان داد. به‌طور کلی نتایج حاصل از این تحقیق منجر به معرفی آنتی‌ژن MAGE۴ به‌‎عنوان نامزدی مناسب در اهداف داروهای ایمنوتوکسینی موثر بر علیه تخمدان و طراحی ایمنوتوکسینی موثر بر این آنتی‌ژن با قابلیت مطلوب ساختاری و عملکردی شد که باید مورد آزمون‌های آزمایشگاهی قرار گیرد.

بیوتکنولوژی کشاورزی

بیان، تخلیص و تعیین خصوصیات دومین متصل‌شونده به IP3 نوع 2 انسانی

دوره 9، شماره 2، فروردین 1397، صفحه 165-169

مرضیه نخعی امرودی؛ فرنگیس عطائی

چکیده اهداف: IP۳ یک مولکول کلیدی تنظیم‌کننده در مسیر انتقال پیام است و با اتصال به گیرنده‌های درون‌سلولی IP۳R روی سطح ذخایر کلسیم داخل‌سلولی باعث آزادسازی کلسیم به درون سیتوپلاسم می‌شود. هدف این پژوهش، بیان، تخلیص و تعیین خصوصیات دومین متصل‌شونده به IP۳ )IP۳BD:۱-۶۰۴ aa( نوع ۲ انسانی بود.
مواد و روش‌ها: در پژوهش تجربی حاضر، پلاسمید pET-۲۸a حامل ژن IP۳BD با روش شیمیایی به داخل باکتری‌های بیانی E.coli سویه BL۲۱) DE۳( منتقل شد. برای بهینه‌سازی بیان در سیستم باکتریایی، بیان در شرایط مختلف مورد بررسی قرار گرفت و دماهای بیان مختلف از جمله ۱۶، ۱۸، ۲۰ و C۲۴
º، زمان‌های مختلف بعد از القا، نوع القاکننده و غلظت‌های مختلف آن بررسی شد. باکتری‌های القاشده براساس شوک حرارتی از طریق کروماتوگرافی تمایلی ستون نیکل- سفارز تخلیص و میزان خلوص پروتئین از طریق SDS-PAGE بررسی شد. نشر فلورسانس دومین متصل‌شونده به IP۳ در حضور و عدم حضور لیگاند IP۳ در طول موج ۲۹۵نانومتر اندازه‌گیری شد.
یافته‌ها: پروتئین در محیط‌های LB و TB و ۲xYT بیان قابل توجهی نداشت و در زمان‌های مختلف تغییری در آن مشاهده نشد. بیان پروتئین باکتری در دمای C۲۰
º براساس شوک حرارتی C۴۲º نسبت به تمام حالات بیشتر بود. تخلیص باکتری‌های القاشده براساس شوک حرارتی به‌سختی تکرار می‌شد و نمونه‌های خالص‌شده نیز غلظت بالایی نداشتند. نشر فلورسانس پروتئین در حضور لیگاند IP۳ کاهش یافت.
نتیجه‌گیری: بیان باکتریایی دومین متصل‌شونده به IP۳ از گیرنده نوع ۲ گونه انسانی ضعیف است، ولی با القای شوک C۴۲
º بیان پروتئین تا حدود نسبتاً زیادی افزایش می‌یابد.