دانشگاه تربیت مدرس زیست فناوری 2322-2115 13 3 2023 01 21 Predicting the best immune system stimulating regions of HIV Vif protein in Iranian patients پیش‌بینی بهترین نواحی تحریک‌کننده سیستم ایمنی پروتئین Vif ویروس HIV در بیماران ایرانی مبتلابه ایدز 1 13 22654 FA زهرا حسن شاهی مرکز تحقیقات ایدز شیراز، پژوهشکده سلامت، دانشگاه علوم پزشکی شیراز، شیراز، ایران بهزاد دهقانی مرکز تحقیقات ایدز شیراز، پژوهشکده سلامت، دانشگاه علوم پزشکی شیراز، شیراز، ایران طیبه هاشم پور 1. مرکز تحقیقات ایدز شیراز، پژوهشکده سلامت، دانشگاه علوم پزشکی شیراز، شیراز، ایران Journal Article Background: HIV has at least six regulatory genes among which the Vif protein can control HIV replication. This study, as the first report, investigated the important mutations in VIF protein in sequences from Iranian patients and using immunoinformatics, conserved regions of this protein and B-Cell, T-Cell and CTL epitopes to stimulate the immune system, were determined. Methods: VIF sequences were obtained from NCBI GenBank, and tertiary structures, B-Cell, T-Cell and CTL epitopes were predicted by bioinformatics tools; besides, their antigenic and allergenic properties were studied. Results: The most prevalent mutations in Vif protein were related to S 49 P (90%), S 140 N and N 186 S (80%). Two substitutions at positions 41 and 42 were introduced which have effect on Vif binding to host factor. In addition, three regions were identified as the best epitope sequences with high potential to induce immune system and the lowest allergic properties, among which 5-32 region was suggested as the best vaccine candidate regions. Conclusion: This study as the first study from Iran using immunoinformatics tools to introduced a region with the high potential to induce humoral and cellular immune systems and lowest allergenic properties which can be used for further studies on HIV vaccines. ویروس HIV دارای حداقل شش ژن تنظیمی است که از بین آن‌ها پروتئین Vif می‌تواند تکثیر ویروس را کنترل کند . این مطالعه برای اولین بار به بررسی جهش‌های مهم در پروتئین VIF در توالی‌های مربوط به بیماران ایرانی پرداخته است و با استفاده از دانش ایمونوانفورماتیک ، مناطق ثابت این پروتئین و توالی‌های اپیتوپی B-Cell ، T-CELL و CTL تعیین گردید . مواد و روش‌ها : توالی‌های VIF از بانک ژنی NCBI جمع‌آوری گردید و از طریق نرم‌افزارهای بیوانفورماتیک، ساختار سوم و جایگاه‌های اپیتوپی B-Cell ، T-CELL و CTLآن‌ها پیش‌بینی شد و خواص آنتی ژنیک و حساسیت‌زایی آن‌ها موردمطالعه قرار گرفت . یافته‌ها : بیشترین شیوع جهش‌ها به ترتیب مربوط به جایگاه‌های S 49 P ( 90% ) و S 140 N و N 186 S ( 80% ) بود. هم‌چنین دو جابه‌جایی باقابلیت تأثیر در قدرت اتصال پروتئین VIF به فاکتور میزبان در جایگاه‌های 41 و42 در این مطالعه معرفی شدند. سه منطقه به‌عنوان توالی‌های اپیتوپی با تحریک‌کنندگی بالا و حساسیت‌زایی کم تعیین شد که از میان آن‌ها ناحیه 5-32 به‌عنوان بهترین ناحیه برای طراحی واکسن پیشنهاد شد. نتیجه‌گیری: این مطالعه به عنوان اولین مطالعه از ایران با به کاربردن ابزارهای بیوانفورماتیکی یک ناحیه باقابلیت بالای تحریک سیستم‌های ایمنی همورال و سلولی و هم‌چنین کمترین خواص حساسیت‌زایی معرفی شد، که می‌تواند در مطالعات آتی در زمینه واکسن‌های ضد HIV مورداستفاده قرار گیرد.

https://biot.modares.ac.ir/article_22654_a5e48462a4b1598a5ad81fbdac50ed23.pdf