دانشگاه تربیت مدرسزیست فناوری2322-211517120251222Effects of Glycerol, Betaine, and Their Deep Eutectic Solvent on the Activity and Stability of Transglutaminaseفعالیت و پایداری ترانسگلوتامیناز در حضور افزودنیهای گلیسرول، بتائین و حلال فرازودگداز حاصل از آن192880010.48311/biot.2026.103317.0FAآزیتاتفرشیدانشگاه آزاد اسلامی تهران جنوبمسعودگیاهیدانشگاه آزاد اسلامی تهران جنوببهارهدبیرمنشدانشگاه تربیت مدرسخسروخواجهدانشگاه تربیت مدرسرضافضایلیشیمی، واحد تهران جنوب، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایرانJournal Article20220920One of the most critical characteristics in the use of enzymes is their stability. Several methods are used to increase the stability of enzymes, including chemical changes, mutations, and stabilizing additives. Organic solvents are toxic, volatile, flammable, and sometimes have destructive environmental effects. Among additives, deep eutectic solvents (DES) are recently used to stabilize many enzymes. Due to their unique properties, such as cheapness, stability, non-volatile, biodegradable, and high dissolving power, these solvents can be a suitable alternative to organic solvents used in industry. For these reasons, in this study, the effect of a glycerol, betaine and its deep eutectic solvent on the activity of transglutaminase was investigated. In addition, the kinetic stability of the enzyme was evaluated in the presence and absence of the solvents. The obtained results showed that the affinity of the enzyme toward its substrate decreased, whereas the kcat value and the overall catalytic efficiency of the enzyme were emhanced in the presence of these liquids. Additionally, thermal stability in the presence of DES increased at 40, 50 and 60 °C compared to aqueous buffers. Overall, the results demonstrate that glycerol-betaine-based deep eutectic solvents can be considered as effective additives for enhancing the catalytic performance and thermal stability of transglutaminase.یکی از شاخصهای پر اهمیت در کاربرد آنزیمها، پایداری آنهاست. چندین روش برای افزایش پایداری آنزیمها به کار گرفته میشود که شامل تغییرات شیمیایی، جهش و استفاده از افزودنیهای پایدارکننده میباشد. در میان آنها اضافه کردن برخی افزودنیها کاربرد گستردهتری دارد وبرای پایدارسازی اکثر آنزیمها از این استراتژی استفاده میشود. حلالهای آلی ; سمی، فرار واشتعال زا هستند وبعضا اثرات مخربی بر محیط زیست دارند. حلالهای فرازودگداز به دلیل خصوصیات منحصر به فردشان از قبیل ارزان بودن، پایداری، غیر فرار بودن، زیست تخریب پذیر وقدرت انحلال پذیری بالایشان می توانند جایگزین مناسبی برای حلالهای آلی مورد استفاده درصنعت باشند. در این پژوهش، تأثیرافزودنی های گلیسرول ،بتائین و حلال فرازودگداز (DES) حاوی گلیسرول-بتائین بر فعالیت آنزیم ترانسگلوتامیناز مورد بررسی قرار گرفت. همچنین پایداری سینتیکی آنزیم در حضور و عدم حضور این افزودنیها ارزیابی گردید. نتایج بدست آمده نشان داد که Km آنزیم نسبت به سوبسترای خود دراین حلال فرازودگداز افزایش یافته و حضور این مایعات kcatوکارایی آنزیم را زیاد میکند. همچنین در این حلال مشخص شد آنزیم پایداری بیشتری در دمای۴۰، ۵۰ و ۶۰ درجه سانتیگراد در مقایسه با حلالهای آبی از خود نشان میدهد. به طور کلی، نتایج این پژوهش نشان میدهد که استفاده از حلال فرازودگداز گلیسرول-بتائین میتواند راهکاری موثر برای افزایش فعالیت کاتالیزوری وبهبود پایداری حرارتی آنزیم ترانسگلوتامیناز باشدhttps://biot.modares.ac.ir/article_28800_cc83ee3e84c79e7fbf27cb415c68bbcf.pdfدانشگاه تربیت مدرسزیست فناوری2322-211517120251222In silico studies for Identification of Potent Angiotensin Converting Enzyme 2 (ACE2) Inhibitors to Combat COVID-19شناسایی مهارکننده های بالقوه برای آنزیم مبدل آنژیوتانسین 2 بر اساس مطالعات کامپیوتری جهت مقابله با COVID-1910212880110.48311/biot.2026.103434.0FAآرشایلیامهرگروه شیمی دارویی، دانشکده داروسازی، دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی زنجانمسعودامانلوگروه شیمی دارویی، دانشکده داروسازی، دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی تهران، تهران، ایرانحافظهصالح آبادیگروه شیمی دارویی، دانشکده داروسازی، دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی زنجانJournal Article20241205Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSâCoVâ2), the causative agent of COVID-19, initiates its life cycle by binding to the angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) receptor. The viral spike protein facilitates this binding, enabling viral entry into host cells. Inhibiting ACE2 could therefore prevent viral entry and mitigate COVID-19 pathogenesis. To identify potential ACE2 inhibitors, we employed a combined computational approach involving pharmacophore modeling, molecular docking, and molecular dynamics simulations. A pharmacophore model was generated and used to screen the ZINC database. Subsequently, molecular docking studies were performed to assess the binding affinity of the selected compounds to the ACE2 active site. Six compounds with binding free energies below -11 kcal/mol and favorable binding orientations were identified as potential ACE2 inhibitors. Molecular dynamics simulations were conducted on the top-ranked compound, ZINC39880968, to validate the docking results. The simulation results were consistent with the docking predictions, further supporting the potential inhibitory activity of this compound. Overall, our findings suggest that ZINC39880968 is a promising candidate for further investigation as a potential therapeutic agent against COVID-19.مطالعات اخیر نشان داده است که کروناویروس سندرم حاد تنفسی-2 چرخه زندگی خود را با اتصال به گیرنده آنزیم مبدل آنژیوتانسین-2 برای ورود به سلول های میزبان آغاز می کند. کروناویروس سندرم حاد تنفسی-2 با کمک پروتئین اسپایک که روی غشای ویروس جای دارد به آنزیم مبدل آنژیوتانسین-2 متصل شده و وارد سلول های میزبان در ریهی انسان میشود. از اینرو با مهار آنزیم مبدل آنژیوتانسین-2 می توان جلوی ورود ویروس به سلول میزبان و در نتیجه جلوی بیماری زایی و گسترش بیماری کروناویروس ۲۰۱۹ (کووید- ۱۹) را گرفت. در این تحقیق یک استراتژی ترکیبی شامل غربالگری مجازی بر پایه مدل فارماکوفوری، مطالعات داکینگ مولکولی، و شبیهسازی دینامیک مولکولی برای شناسایی مهار کننده های جدید آنزیم مبدل آنژیوتانسین-2 ، جهت مقابله با کووید-19 بکار گرفته شد. به این منظور ابتدا مدل فارماکوفوری مناسب تهیه و از آن به عنوان فیلتر برای غربالگری مجازی در پایگاه داده ZINC استفاده شد. اتصال ترکیبات حاصل از غربالگری مجازی با جایگاه فعال آنزیم با مطالعات داکینگ مولکولی بررسی و در نهایت، 6 لیگاند با انرژی های آزاد اتصال کمتر از 11- کیلوکالری بر مول و داشتن جهت گیری مناسب در جایگاه فعال بهعنوان مهار کننده های جدید آنزیم مبدل آنژیوتانسین-2 انتخاب شدند. شبیه سازی دینامیک مولکولی روی ترکیب ZINC39880968 انجام و نتایج بدست آمده تایید کننده مطالعات داکینگ مولکولی بود.https://biot.modares.ac.ir/article_28801_fd675b153ecc803a1bac6aad641085c5.pdfدانشگاه تربیت مدرسزیست فناوری2322-211517120251222A review of the reverse vaccinology approach in cancersمروری بر رویکرد واکسن شناسی معکوس در سرطان ها22472880510.48311/biot.2026.117422.82878FAمحمد جواددهقان عصمت آبادیاستادیار، مرکز تحقیقات علوم و فناوری زیستی، دانشگاه صنعتی مالک اشتر.علی اصغردلدارمرکز تحقیقات علوم و فناوری های زیستی، دانشگاه صنعتی مالک اشتر، تهران، ایران0000-0003-1894-8089زهراصادقیمرکز تحقیقات علوم و فناوری های زیستی، دانشگاه صنعتی مالک اشتر، تهران، ایران0009-0002-1212-5452مائدهتمیمیمرکز تحقیقات علوم و فناوری های زیستی، دانشگاه صنعتی مالک اشتر، تهران، ایران0009-0008-9552-0485فاطمه ساداتسید جوادیمرکز تحقیقات علوم و فناوری های زیستی، دانشگاه صنعتی مالک اشتر، تهران، ایران0009-0006-2210-2026فاطمهرضاییمرکز تحقیقات علوم و فناوری های زیستی، دانشگاه صنعتی مالک اشتر، تهران، ایران0009-0001-9325-6990فاطمهویسیمرکز تحقیقات علوم و فناوری های زیستی، دانشگاه صنعتی مالک اشتر، تهران، ایران0009-0007-7921-478Xملیکالطفی نیگیجهمرکز تحقیقات علوم و فناوری های زیستی، دانشگاه صنعتی مالک اشتر، تهران، ایران0009-0009-7523-7102زهراصلبیمرکز تحقیقات علوم و فناوری های زیستی، دانشگاه صنعتی مالک اشتر، تهران، ایران0009-0006-4956-2743زینبقربانپورمرکز تحقیقات علوم و فناوری های زیستی، دانشگاه صنعتی مالک اشتر، تهران، ایران0009-0007-8448-1233مهردادزرنوشه فراهانیمرکز تحقیقات علوم و فناوری های زیستی، دانشگاه صنعتی مالک اشتر، تهران، ایران0009-0003-3162-6997Journal Article20251106Reverse vaccinology is a computational approach for identifying novel vaccine antigens from pathogen genomes without the need for culture, enabling the prediction of potential immunogenic proteins. By employing bioinformatics, molecular simulations, and 3D modeling, this strategy facilitates the design of multi-epitope and subunit vaccines that elicit stronger immune responses and broader protection. In cancers such as lung, colorectal, breast, pancreatic, and liver malignancies, reverse vaccinology enables the identification of tumor-specific neoantigens and mutations, leading to the development of personalized vaccines. These vaccines have demonstrated the ability to activate T and B cell responses, enhance the production of antitumor cytokines, and inhibit tumor growth. The use of nanocarriers, adjuvants, and specific linkers further improves vaccine efficacy and safety. Molecular docking(It is a computational technique for predicting how a molecule binds to a target site) and simulations with TLR and HLA receptors have confirmed the stability and effectiveness of the designed vaccines. The advantages of this approach include personalized therapy, induction of long-lasting immunological memory, and compatibility with other treatment modalities. However, challenges remain, including optimal epitope selection, accurate prediction of peptide–MHC interactions, and overcoming tumor-induced immune suppression. Integration of machine learning, molecular dynamics, and advanced delivery systems has been proposed as promising strategies to optimize vaccine performance. With ongoing progress in omics sciences and bioinformatics, reverse vaccinology is expected to become a key tool for developing safe, effective, and personalized cancer vaccines, potentially transforming cancer immunotherapy by 2030.واکسن شناسی معکوس یک رویکرد محاسباتی برای شناسایی آنتیژنهای جدید واکسن از ژنوم پاتوژنها است که بدون نیاز به کشت، پروتئینهای بالقوه ایمنی زا را شناسایی میکند. این روش با بهرهگیری از بیوانفورماتیک، شبیهسازی مولکولی و مدلسازی سهبعدی، واکسنهای چنداپیتوپی و زیرواحدی طراحی میکند که پاسخ ایمنی قویتر و محافظت گستردهتری فراهم میآورند. این رویکرد امکان شناسایی نئوآنتیژنها و موتاسیونهای خاص تومور را در سرطانهایی چون ریه، کولورکتال، سینه، پانکراس و کبد فراهم میکند. واکسنهای شخصیسازیشده با تحریک پاسخهای سلول T و B، افزایش تولید سیتوکاینهای ضدتوموری و کاهش رشد تومور را نشان دادهاند. استفاده از نانوحاملها، ادجوانتها و لینکرهای خاص، کارایی و ایمنی واکسنها را بهبود میبخشد. شبیهسازیهای مولکولی و داکینگ( یک تکنیک محاسباتی برای پیش بینی نحوه اتصال یک مولکول به یک سایت هدف می باشد) با گیرندههای TLR و HLA، پایداری و اثرگذاری واکسنها را تأیید کرده است. مزایای این روش شامل شخصیسازی درمان، تحریک حافظه ایمونولوژیک و امکان ترکیب با سایر درمانها است. چالشها شامل انتخاب اپیتوپ بهینه، پیشبینی تعامل پپتید-MHC و غلبه بر سرکوب محیط تومور میباشد. ترکیب یادگیری ماشین، دینامیک مولکولی و سیستمهای تحویل نوین، راهکارهایی برای بهینهسازی این رویکرد هستند. با پیشرفت علوم اومیکس و بیوانفورماتیک، انتظار میرود واکسن شناسی معکوس تا سال ۲۰۳۰ به ابزار کلیدی در طراحی واکسنهای شخصیسازیشده برای سرطان و بیماریهای مختلف تبدیل شود.https://biot.modares.ac.ir/article_28805_251153e64ad2285086823c82d267ef12.pdfدانشگاه تربیت مدرسزیست فناوری2322-211517120251222Protein-Based Nanoparticles in Targeted Drug Delivery, Theranostics, and Nano-Vaccine Platform Development: A Comprehensive Reviewکاربرد نانوذرات پروتئینی در دارورسانی هدفمند، ترانوستیک و توسعه پلتفرمهای نانوواکسن: مطالعه مروری48762880310.48311/biot.2026.103444.0FAابوالفضلبرزگردانشگاه تبریزامیرحسینبهروزیگروه زیست شناسی، دانشکده علوم طبیعی، دانشگاه تبریزJournal Article20250304Protein nanoparticles, as inherently biocompatible,programmable and engineerable carriers, possess great potential for targeted drug delivery, controlled release, and the simultaneous integration of diagnosis and therapy (theranostics). This review introduces the main types of protein nanoparticles, their sources, fabrication methods and stabilization strategies, and highlights their therapeutic, imaging, and theranostic applications, along with the design of next-generation protein-based nanovaccine featuring multivalent, particulate antigen display. The fabrication approaches encompass a wide range of techniques, from classical methods such as desolvation, emulsification, self-assembly, and thermal gelation to advanced strategies including nanospray, electrospray, and Nab technology. Stabilization is achieved through two main routes: covalent crosslinking and physical interactions. The protein sources include animal-derived proteins such as albumin and gelatin, as well as plant-based proteins such as zein. In terms of applications, these nanoparticles have been explored for passive targeting based on the enhanced permeability and retention (EPR) effect and active targeting via specific ligand–receptor interactions and intrinsic gp60/SPARC pathways. They have also been investigated for bioimaging, theranostic systems, and the design of novel protein-based nanovaccine platforms. Evidence indicates that these biocarriers outperform soluble formulations and synthetic carriers in enhancing therapeutic efficacy and reducing systemic toxicity, although challenges such as scalability and production uniformity still persist. Finally, emerging research directions and clinical translation opportunities are highlighted, outlining a promising outlook for the development of personalized therapies and next-generation vaccine designs.نانوذرات پروتئینی بهعنوان حاملهایی ذاتاً زیستسازگار، قابلبرنامهریزی، پتانسیل زیادی برای دارورسانی هدفمند، رهایش کنترلشده و نیز ادغام همزمان تشخیص و درمان (ترانوستیک) دارند. این مقاله مروری ضمن معرفی نانوذرات پروتئینی، طبقهبندی منابع پروتئینی، روشهای ساخت و راهبردهای پایدارسازی، به تحلیل جامع کاربردهای درمانی، پلتفرمهای تصویربرداری، ترانوستیک و طراحی نانوواکسنهای نسل جدید مبتنی بر پلتفرمهای عرضه ذرهای و چندتایی آنتیژنها میپردازد. روشهای ساخت طیفی از تکنیکهای کلاسیک مانند حلالزدایی، امولسیفیکاسیون، خودآرایی و ژلشدن حرارتی را پوشش میدهد و همچنین رویکردهای پیشرفتهای همچون نانواسپری، الکترواسپری و فناوری Nab را شامل میشود. پایدارسازی نانوذرات از دو رویکرد اصلی پیروی میکند که شامل پیوندهای کووالانسی و برهمکنشهای فیزیکی است. منابع پروتئینی مورد استفاده در این نانوذرات شامل پروتئینهای حیوانی مانند آلبومین و ژلاتین و پروتئینهای گیاهی مانند زئین هستند. در بخش کاربردها، استفاده از این نانوذرات در هدفگیری غیرفعال مبتنی بر «اثر افزایش نفوذپذیری و تجمع (اثر EPR)»، هدفگیری فعال مبتنی بر تعامل اختصاصی لیگاند–گیرنده و مسیرهای ذاتی gp60/SPARC بررسی شده است. علاوه بر آن، کارکردهای تصویربرداری زیستی و سامانههای ترانوستیک چندمنظوره، و طراحی پلتفرمهای نوین نانوواکسنهای پروتئینی نیز مورد تحلیل قرار گرفتهاند. شواهد نشان میدهند که این پلتفرمها در مقایسه با فرمهای محلول یا حاملهای سنتزی، در افزایش کارایی درمانی، کاهش سمیت سیستمیک و بهبود پایداری دارویی برتری دارند، هرچند چالشهایی مانند مقیاسپذیری، یکنواختی تولید و کنترل دقیق توزیع اندازه همچنان باقی است. در پایان، مسیرهای پیشرو در پژوهش و فرصتهای بالینی آینده از این فناوری برجسته شده و چشمانداز روشن برای توسعه درمانهای شخصیسازیشده و طراحی واکسنهای نسل آینده ترسیم میگردد.https://biot.modares.ac.ir/article_28803_6278beac6c3ae5fa0c9f999e787d1573.pdfدانشگاه تربیت مدرسزیست فناوری2322-211517120251222Improving the performance of concrete bioremediation with a hybrid method of nanosilica and encapsulated spores of Bacillus subtilis bacteriaبهبود عملکرد ترمیم زیستی بتن با روش هیبریدی نانوسیلیس و اسپورهای کپسوله شده باکتری باسیلوس سوبتیلیس77912880410.48311/biot.2026.116802.82874FAسارامحسنیگروه پژوهشی مواد غیرفلزی م مرکز نانو-پژوهشگاه نیرو0000-0003-1376-0116نسترنریاحی نوریاستادیار گروه مواد غیرفلزی و مدیر دفتر ریاست پژوهشگاه نیروحسینکوهانیمدیر گروه پژوهشی مواد غیر فلزی پژوهشگاه نیرواشکانذوالریاستیناستادیار گروه مواد غیرفلزی و ریاست مجتمع آموزشی پژوهشگاه نیرومجیدمیرزاییاستادیار گروه مواد غیرفلزی و معاون مرکز نانو پژوهشگاه نیروفاطمهدبیراستادیار گروه پژوهشی مواد غیرفلزیJournal Article20251005Introduction: Traditional methods of crack repair in concrete structures are costly and temporary. Bacterial self-healing concrete is proposed as a sustainable solution; however, challenges remain, including the survival of bacteria in concrete's alkaline environment and environmental concerns associated with urea use.<br>Methods: First, the optimal amount of silica nanoparticles was determined based on compressive strength using experimental design and Statgraphics Centurion software. Bacillus subtilis spores (at a concentration of 3.6 × 109 cells/mL) were encapsulated with nutrients in a sodium silicate gel matrix. Four groups of concrete samples, including a control, a sample containing encapsulated bacteria, a sample containing nanosilica, and a hybrid sample (a combination of bacteria and nanosilica), were prepared in accordance with ASTM C150.<br>Results: The hybrid sample achieved the highest compressive strength (258 kg/cm²) and modulus of rupture (0.3772 MPa), showing improvements of 8.4% and 4.1% over the control sample, respectively. SEM images showed better structural integrity and the simultaneous presence of nanosilica and bacterial calcium carbonate crystals in the hybrid sample. XRD analysis revealed an increase in the peak intensity of calcium carbonate (at 29.4°) and changes in the peak width at half-height in the hybrid sample, indicating increased crystallinity and enhanced bioremediation activity. Conclusion: The proposed hybrid approach successfully improved bacterial survival, bioremediation efficiency, and mechanical strength of concrete simultaneously. The combination of non-urea resistant spores with microencapsulation in sodium silicate and synergism with nanosilica offers a practical and cost-effective solution for the development of next-generation self-healing concretesمقدمه: روشهای سنتی ترمیم ترک در سازههای بتنی، پرهزینه و موقت هستند. بتن خودترمیمشونده باکتریایی به عنوان یک راهحل پایدار مطرح است، اما چالشهایی مانند بقای باکتری در محیط قلیایی بتن و مسائل زیستمحیطی ناشی از استفاده از اوره وجود دارد. <br>روشها: ابتدا مقدار بهینه نانوذرات سیلیس با استفاده از طراحی آزمایش و نرمافزار Statgraphic Centurion بر اساس مقاومت فشاری تعیین شد. اسپورهای باسیلوس سوبتیلیس (با غلظت 109× ۳.۶ سلول بر میلیلیتر) همراه با مواد مغذی در یک ماتریکس ژل سیلیکات سدیم کپسوله شدند. چهار دسته نمونه بتن شامل: شاهد، حاوی باکتری کپسولهشده، حاوی نانوسیلیس، و هیبریدی (ترکیب باکتری و نانوسیلیس) مطابق استاندارد ASTM C150 ساخته شدند. <br>یافتهها: نمونه هیبریدی به بالاترین مقادیر مقاومت فشاری (۲۵۸ kg/cm²) و مدول گسیختگی (۰.۳۷۷۲ مگاپاسکال) دست یافت که نسبت به نمونه شاهد به ترتیب ۸.۴٪ و ۴.۱٪ بهبود نشان میداد. تصاویر SEM پیوستگی ساختاری بهتر و حضور همزمان کریستالهای نانوسیلیس و کربنات کلسیم باکتریایی را در نمونه هیبریدی نشان داد. آنالیز XRD افزایش شدت پیک مربوط به کلسیم کربنات (در زاویه ۲۹.۴ دو تتا ) و تغییرات در پهنای پیک در نصف ارتفاع را در نمونه هیبریدی آشکار کرد که حاکی از افزایش کریستالینیتی و فعالیت مؤثر ترمیم زیستی بود.<br>نتیجهگیری: رویکرد هیبریدی پیشنهادی با موفقیت ماندگاری باکتری، کارایی ترمیم زیستی و مقاومت مکانیکی بتن را به طور همزمان بهبود بخشید. ترکیب اسپورهای مقاوم غیراورهای با ریزکپسولسازی در سیلیکات سدیم و همافزایی با نانوسیلیس، یک راهحل عملی و مقرون بهصرفه برای توسعه بتنهای خودترمیمشونده نسل آینده ارائه میدهد.https://biot.modares.ac.ir/article_28804_942e78606ae2c894bc420163d6d27aa3.pdfدانشگاه تربیت مدرسزیست فناوری2322-211517120251222Comparison of biological pathways for 1,2,4-butanetriol production in bacterial, fungal and plant hostsمقایسه مسیرهای زیستی تولید 1،2،4-بوتانتریول در میزبانهای باکتریایی، قارچی و گیاهی921152880210.48311/biot.2026.103441.0FAفرزانهفتحیدانشجوی کارشناسی ارشد زیست فناوری مولکولی، مرکز تحقیقات علوم و فناوری زیستی، دانشگاه صنعتی مالک اشترمهدیههراتیدانشجوی کارشناسی ارشد زیست فناوری مولکولی، مرکز تحقیقات علوم و فناوری زیستی، دانشگاه صنعتی مالک اشترمحمد جواددهقان عصمت آبادیاستادیار، مرکز تحقیقات علوم و فناوری زیستی، دانشگاه صنعتی مالک اشترعلی اصغردلداراستادیار، مرکز تحقیقات علوم و فناوری زیستی، دانشگاه صنعتی مالک اشتر.0000-0003-1894-8089Journal Article202501211,2,4-Butanetriol is a valuable chemical with wide applications in many fields. Currently, butanetriol is mainly synthesized by chemical methods, which are associated with harsh reaction conditions, poor selectivity, the production of numerous by-products, and environmental pollution. In recent years, the bioproduction of butanetriol has been successfully carried out from inexpensive sugars via biological routes, which have milder conditions and less environmental pollution compared with traditional petrochemical methods. Considering that d-xylose is the second most abundant sugar in nature, its conversion into products can significantly improve the economics of biomass-based processes. Two metabolic pathways of d-xylose phosphorylation (the isomerase pathway, which is mainly found in bacteria, and the oxo-reductive pathway, which is present in fungi) have been well studied. Non-phosphorylation pathways also exist, known as xylose oxidative pathways, and have many advantages over traditional phosphorylation pathways. Metabolic engineering of unconventional host strains using novel gene editing tools based on the Cas9/CRISPR system enables economical and sustainable production of butanetriol from renewable biomass. Significant advances in omics data analysis, along with artificial intelligence and machine learning tools, have become transformative approaches. These advanced tools enable systematic cell design, identification and prioritization of novel metabolic pathways, design of efficient enzymes with high efficiency, and fine-tuning of gene expression in different hosts to achieve maximum butanetriol production. The main objective of this article is to investigate novel and efficient butanetriol biosynthetic pathways in different hosts.1و2و4-بوتانتریول یک ماده شیمیایی با ارزش است که کاربردهای گستردهای در بسیاری از زمینهها دارد. در حال حاضر، بوتانتریول عمدتاً با روشهای شیمیایی سنتز میشود که با شرایط واکنش سخت، گزینشپذیری ضعیف، تولید محصولات جانبی متعدد و آلودگی محیطی همراه است. در سالهای اخیر، تولید زیستی بوتان تریول با موفقیت از قندهای ارزان قیمت از طریق مسیرهای بیولوژیکی انجام شده است که دارای شرایط ملایمتر و آلودگی زیستمحیطی کمتری در مقایسه با روشهای پتروشیمی سنتی است. باتوجه به اینکه دی-زایلوز دومین قند فراوان در طبیعت است، تبدیل آن به محصولات میتواند بهطور قابل توجهی اقتصاد فرآیندهای مبتنی بر بیومس را بهبود بخشد. دو مسیر متابولیسمی فسفریلاسیون دی-زایلوز (مسیر ایزومراز که عمدتاً در باکتریها یافت میشود و مسیر oxo-reductive که در قارچها وجود دارد) به خوبی مطالعه شدهاند. مسیرهای غیر فسفریلاسیون نیز وجود دارند که به نام مسیرهای اکسیداتیو زایلوز شناخته میشوند و مزایای زیادی نسبت به مسیرهای فسفریلاسیون سنتی دارند. مهندسی متابولیک سویههای میزبان غیرمتعارف با استفاده از ابزارهای ویرایش ژن جدید بر اساس سیستم Cas9/CRISPR، تولید اقتصادی و پایدار بوتان تریول را از بیومس تجدیدپذیر ممکن میسازد. پیشرفتهای چشمگیر در تحلیل دادههای اُمیکس در کنار ابزارهای هوش مصنوعی و یادگیری ماشین، به رویکردهای تحولآفرینی تبدیل شدهاند. این ابزارهای پیشرفته امکان طراحی سیستماتیک سلولها، شناسایی و اولویتبندی مسیرهای متابولیکی نوین، طراحی آنزیمهای کارآمد با کارایی بالا و تنظیم دقیق بیان ژنها را در میزبانهای متفاوت برای رسیدن به بیشینه تولید بوتان تریول فراهم میآورند. هدف اصلی این مقاله بررسی مسیرهای بیوسنتزی جدید و کارآمد بوتان تریول در میزبانهای مختلف است.https://biot.modares.ac.ir/article_28802_eb08c37d8dfe48bda56f8b6c1c96b955.pdfدانشگاه تربیت مدرسزیست فناوری2322-211517120251222The Effect of Physiological Factors on Histamine Production in Persian Gulf Tuna Speciesتأثیر فاکتورهای فیزیولوژیک بر تولید هیستامین در گونههای تونماهیان خلیج فارس1161282880610.48311/biot.2026.117682.82879FAنرگسروانتابگروه شیلات، دانشکده علوم و فنون دریایی، دانشگاه هرمزگان، بندرعباس، ایراناحسانکامرانیگروه شیلات، دانشکده علوم و فنون دریایی، دانشگاه هرمزگان، بندرعباس، ایراناحمدهماییگروه زیست شناسی دریا، دانشکده علوم و فنون دریایی، دانشگاه هرمزگان، بندرعباس، ایرانمسلمدلیریگروه شیلات، دانشکده علوم و فنون دریایی، دانشگاه هرمزگان، بندرعباس، ایرانمحسنصفاییگروه شیلات، دانشکده علوم و فنون دریایی، دانشگاه هرمزگان، بندرعباس، ایرانJournal Article20251117Histamine accumulation in tuna fish is one of the key indicators of food safety and is influenced by physiological factors and post-harvest conditions. This study investigated the relationship between histamine levels and physical–biological parameters including body length, body weight, body temperature, and muscle pH in two tuna species, Euthynnus affinis and Thunnus tonggol. Seasonal sampling was conducted on freshly caught fish from the Persian Gulf, and histamine concentrations were determined using the HPLC method. Statistical analysis revealed that body temperature plays a decisive role in histamine formation; in T. tonggol, an increase in body temperature was significantly associated with higher histamine levels, whereas in E. affinis, the correlation was positive but not statistically significant. Other physiological factors—such as body length, weight, and muscle pH were not reliable predictors of histamine accumulation. These findings indicate that body size has only a minor direct effect on histamine formation, while body temperature and post-harvest conditions are the primary determinants. Therefore, precise temperature management and maintenance of the cold chain after harvesting are essential for controlling histamine levels and enhancing food safety in tuna species.تجمع هیستامین در ماهیان تون یکی از شاخصهای مهم ایمنی غذایی است و تحت تأثیر عوامل فیزیولوژیک و شرایط پس از صید قرار میگیرد. این مطالعه به بررسی ارتباط میان سطح هیستامین و فاکتورهای فیزیکی و زیستی شامل طول و وزن بدن، دمای بدن و pH عضله در دو گونه Euthynnus affinis و Thunnus tonggol پرداخت. نمونهبرداری فصلی از ماهیان تازه صید شده در خلیج فارس انجام شد و هیستامین با روش HPLC اندازهگیری گردید. تحلیل آماری نشان داد که دمای بدن نقش تعیینکنندهای در تشکیل هیستامین دارد؛ در T. tonggol افزایش دمای بدن با افزایش معنادار سطح هیستامین همراه بود، در حالی که در E. affinis این رابطه مثبت اما غیرمعنادار بود. سایر فاکتورهای فیزیولوژیک شامل طول، وزن و pH بافت عضله، پیشبینیکننده قابل اتکایی برای سطح هیستامین نبودند. این نتایج نشان میدهد که وزن و طول بدن ماهی تأثیر مستقیم کمی بر تشکیل هیستامین دارند، در حالی که دمای بدن و شرایط پس از صید نقش اصلی را ایفا میکنند. بنابراین، مدیریت دقیق دما و حفظ زنجیره سرد پس از برداشت برای کنترل سطح هیستامین و ارتقای ایمنی غذایی در تونماهیان ضروری است.https://biot.modares.ac.ir/article_28806_5ee94a1dab24140d186fe48def60b528.pdfدانشگاه تربیت مدرسزیست فناوری2322-211517120251222Application of biocompatible copolymer nanoparticles in dual targeted delivery of siRNA and paclitaxel to HS-578T breast cancer cellsکاربرد نانوذرات کوپلیمری زیستسازگار در انتقال هدفمند دوگانه siRNA و پاکلیتاکسل به سلولهای سرطان پستان HS-578T1291522880710.48311/biot.2026.118123.82882FAهاشمیعقوبیگروه زیست شناسی ،واحد اردبیل، دانشگاه آزاد اسلامی، اردبیل، ایرانزهراعجمگروه زیست شناسی، واحد اردبیل، دانشگاه آزاد اسلامی، اردبیل، ایرانJournal Article20251204Targeted delivery of nucleic acids and drugs to diseased cells remains a major challenge in cancer therapy. This study focuses on Fe3O4/Chitosan/PCL/PEG-HA (PCFPH) nanoparticles designed to enhance PTX and siRNA delivery to HS-578T cells. Characterization by Fourier transform infrared spectroscopy (FTIR), zeta potential, dynamic light scattering (DLS), and scanning electron microscopy (SEM) confirmed the successful synthesis and structural properties suitable for drug and gene loading. The nanoparticles were measured to be approximately 230 nm with a zeta potential of -2.5 mV. Drug and gene release studies at pH=7.4 showed that the release of PTX and siRNA-FAM was controlled and biphasic. Electrophoretic analysis showed that the micellar coating protected these agents from plasma degradation. Cytotoxicity evaluation using MTT assay showed low toxicity (IC50= 492.7 μg/mL) of PCFPH nanocapsules for HS-578T cell line. Agarose gel and fluorescence microscopy results confirmed the superior gene delivery efficiency of PCFPH/siRNA-FAM nanocapsules compared to the control group, due to their stability and the presence of hyaluronic acid groups. This study presents the first application of these nanoparticles for gene and drug delivery.انتقال هدفمند اسیدهای نوکلئیک و داروها به سلولهای آسیبدیده به عنوان یک چالش مهم در درمان سرطان با استفاده از نانوذرات است. این مطالعه بر روی نانوذرات کوپلیمر دوقطبی (PCFPH) Fe3O4/Chitosan/PCL/PEG-HA که برای افزایش انتقال دارو پاکلیتاکسل (PTX) و siRNA به سلولهای سرطانی HS-578T طراحی شدهاند، تمرکز دارد. مشخصهیابی از طریق طیفسنجی مادون قرمز تبدیل فوریه (FTIR)، پتانسیل زتا، پراکندگی نور پویا (DLS) و میکروسکوپ الکترونی روبشی (SEM)، سنتز موفقیتآمیز و خواص ساختاری مناسب برای بارگیری دارو و ژن را تأیید کرد. نانوذرات با اندازهای در حدود ۲۳۰ نانومتر و پتانسیل زتای 5/2- میلیولت اندازهگیری شدند. مطالعات رهایش دارو و ژن در 4/7 pH= نشان داد که رهایش PTX و siRNA-FAM به صورت کنترلشده و دو مرحلهای است. تجزیه و تحلیل الکتروفورتیک نشان داد که پوشش میسلی از این عوامل در برابر تخریب پلاسما محافظت میکند. ارزیابی سمیت سلولی با استفاده از سنجش MTT، سمیت پایین (IC50 برابر با 7/492 میکروگرم در میلیلیتر) نانوکپسول PCFPHرا برای رده سلولی HS-578T نشان داد. نتایج ژل آگارز و میکروسکوپ فلورسانس، کارایی برتر انتقال ژن توسط نانوکپسولهای PCFPH/siRNA-FAM را در مقایسه با گروه کنترل، به دلیل پایداری آنها و وجود گروههای اسیدهیالورونیک، تأیید کرد. این مطالعه اولین کاربرد این نانوذرات را برای انتقال ژن و دارو ارائه میدهد.https://biot.modares.ac.ir/article_28807_aa3be8a1142f338f1504b9b4b34fa4e2.pdf