Mortazavi M, Torkzadeh-Mahani M, Hosseinkhani S, lotfi S, Rahman E. Molecular docking and bioinformatics study of rare codons in the Lampyroidea maculata luciferase gene. JMBS 2020; 11 (2) :145-154
URL:
http://biot.modares.ac.ir/article-22-13152-fa.html
مرتضوی مجتبی، ترکزاده مسعود، حسینخانی سامان، لطفی صفا، امام زاده رحمان. داکینگ سوبسترایی و مطالعه بیوانفورماتیک کدون های نادر ژن لوسیفراز Lampyroidea maculata. زیستفناوری مدرس. 1399; 11 (2) :145-154
URL: http://biot.modares.ac.ir/article-22-13152-fa.html
1- گروه بیوتکنولوژی، پژوهشگاه ، دانشگاه تحصیلات تکمیلی صنعتی و فناوری پیشرفته کرمان ، mortezavimm@kgut.ac.ir
2- گروه بیوتکنولوژی، پژوهشگاه ، دانشگاه تحصیلات تکمیلی صنعتی و فناوری پیشرفته کرمان،
3- گروه بیوشیمی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران، تهران
4- گروه زیست شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه اصفهان،
چکیده: (4264 مشاهده)
فرایند بیولومینسانس، یک پدیده گسترده در طبیعت بوده و آنزیمهای لوسیفرازی در بخشهایی گستردهای از حیات شناسایی شدهاند اما آنزیم لوسیفراز شناسایی شده در خانوادهlampyrid به دلیل ویژگیهای برتر کاربردهای زیستی گستردهای یافته است. به تازگی، کلونینگ یک ژن جدید از آنزیم لوسیفراز کرم شب تاب ایرانی با نام Lampyroidea maculata گزارش شده است. در این مطالعه، در این مطالعه، آنالیز کدونهای نادر از ژن لوسیفراز حشره شبتاب ایرانی با استفاده از پایگاههای محاسباتی ATGme، RACC،LaTcOm و Sherlocc مورد مطالعه قرار گرفت. همچنین، فرایند مدلسازی ساختاری این آنزیم انجام شد. در ادامه، وضعیت این کدونهای نادر در این مدل ساختاری به کمک نرمافزارهای SPDBV و PyMOL مورد مطالعه قرار گرفت. جایگاه اتصال سوبسترا در دهانه فعال آنزیم به کمک نرمافزارهای داکینگ AutoDock Vina بررسی شد. به کمک مدلسازی مولکولی، برخی از کدونهای نادر شناسایی شدند که ممکن است نقش مهمی در ساختار و عملکرد این آنزیم داشته باشند. فرایند داکینگ مولکولی به کمک AutoDock Vina انجام شد و Asp531 را که در اتصال به لوسیفرین و AMP نقش دارد شناسایی شد. این آنالیزهای بیوانفورماتیکی نقش مهمی در طراحی داروهای جدید دارد.
نوع مقاله:
پژوهشی اصیل |
موضوع مقاله:
بیو انفورماتیک دریافت: 1396/5/21 | پذیرش: 1398/10/7 | انتشار: 1399/3/17