دوره 10، شماره 2 - ( 1398 )                   جلد 10 شماره 2 صفحات 334-329 | برگشت به فهرست نسخه ها

‎ 20.1001.1.23222115.1398.10.2.2.6

XML English Abstract Print

Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Zare Mirak-Abad F, Ghorbanali Z. PRAF Framework for Global Protein-Protein Interaction Network Alignment. JMBS 2019; 10 (2) :329-334
URL: http://biot.modares.ac.ir/article-22-13493-fa.html
زارع‌میرک‌آباد فاطمه، قربانعلی زهرا. چارچوب PRAF برای هم‌ترازی سراسری دو شبکه برهم‌کنش پروتئین- پروتئین. زیست‌فناوری مدرس. 1398; 10 (2) :329-334

URL: http://biot.modares.ac.ir/article-22-13493-fa.html

چارچوب PRAF برای هم‌ترازی سراسری دو شبکه برهم‌کنش پروتئین- پروتئین
فاطمه زارع‌میرک‌آباد* 1، زهرا قربانعلی2
1- گروه علوم کامپیوتر، دانشکده ریاضی و علوم کامپیوتر، دانشگاه صنعتی امیرکبیر، تهران، ایران، گروه علوم کامپیوتر، دانشکده ریاضی و علوم کامپیوتر، دانشگاه صنعتی امیرکبیر، تهران، ایران ، f.zare@aut.ac.ir
2- گروه علوم کامپیوتر، دانشکده ریاضی و علوم کامپیوتر، دانشگاه صنعتی امیرکبیر، تهران، ایران،
چکیده:   (4795 مشاهده)
به مجموعه ‌ای از ماکرومولکول‌‌ها که در سلول با یکدیگر دارای تعامل هستند و عمل زیستی خاصی را انجام می‌‌دهند، شبکه زیستی گفته می‌‌شود. ناهنجاری تنها در یک مولکول اتفاق نمی‌افتد بلکه شبکه زیستی مربوط به آن را نیز درگیر می‌کند. برای شناسایی صحیح و جامع عوامل درگیر در یک بیماری باید از مقایسه بین شبکه‌‌های زیستی استفاده نمود. در این راستا، مسایل هم‌ترازی محلی و سراسری شبکه‌‌‌های برهم‌کنش پروتئین- پروتئین تعریف شد. با توجه به NP- کامل‌بودن مساله هم‌ترازی سراسری، الگوریتم‌‌‌های غیرقطعی مختلفی برای حل این مساله ارایه شده است. الگوریتم NetAl در این سال‌های اخیر به‌عنوان یک روش کارآمد برای حل این مساله شناخته شده است. گرچه این الگوریتم توانایی هم‌ترازی دو شبکه را با سرعت مناسبی دارد ولی ویژگی‌های زیستی را برای این منظور در نظر نمی‌گیرد. در این کار قصد داریم یک چارچوب جدید برای مساله هم‌ترازی سراسری شبکه‌های پروتئین- پروتئین به نام PRAF ارایه دهیم که با استفاده از این الگوریتم، نرم‌افزار BINGO و مفهوم هستی‌شناسی ژن، موجب بهبود نتایج الگوریتم‌ NetAl شود.
واژه‌های کلیدی: بیوانفورماتیک، شبکه ‌‌بر‌هم‌کنش پروتئین- پروتئین، هم‌ترازی، هستی‌شناسی ژن، خوشه‌بندی
متن کامل [PDF 830 kb]   (3376 دریافت)    
نوع مقاله: مقاله استخراج شده از پایان نامه | موضوع مقاله: بیوتکنولوژی کشاورزی
دریافت: 1396/11/15 | پذیرش: 1396/12/12 | انتشار: 1397/3/30
ارسال نظر درباره این مقاله : نام کاربری یا پست الکترونیک شما:
CAPTCHA
ارسال پیام به نویسنده مسئول

بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.