جستجو در:
دوره 9، شماره 4 - ( 1397 )
جلد 9 شماره 4 صفحات 555-549 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Mozafari Lagha M, Arab S, Zahiri J. Flexibility Prediction of Protein Structures Using Support Vector Machine. JMBS 2018; 9 (4) :549-555
URL: http://biot.modares.ac.ir/article-22-24333-fa.html
URL: http://biot.modares.ac.ir/article-22-24333-fa.html
مظفری‌لقا مژگان، عرب سیدشهریار، ظهیری جواد. پیشگویی انعطاف‌پذیری ساختارهای پروتئینی با استفاده ماشین بردار پشتیبان. زیست‌فناوری مدرس. 1397; 9 (4) :549-555
مژگان مظفری‌لقا1 
، سیدشهریار عرب* 2، جواد ظهیری3
، سیدشهریار عرب* 2، جواد ظهیری3
1- دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران،
2- گروه بیوفیزیک، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران، تهران، بزرگراه جلال آل احمد، پل نصر، دانشگاه تربیت مدرس ،sh.arab@modares.ac.ir
3- گروه بیوفیزیک، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران،
2- گروه بیوفیزیک، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران، تهران، بزرگراه جلال آل احمد، پل نصر، دانشگاه تربیت مدرس ،
3- گروه بیوفیزیک، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران،
چکیده: (6118 مشاهده)
اهداف: اطلاعات موجود در ساختمان پروتئین‌ها برای درک چگونگی فعالیت آنها بسیار مفید است. انعطاف‌پذیری یکی از مهم‌ترین فاکتورهای ساختمانی مرتبط با عملکرد پروتئین‌ها است. دانش درباره انعطاف‌پذیری ساختارهای پروتئینی، کمک بزرگی به کیفیت پیشگویی ساختمان پروتئین‌ها و درک عملکرد پروتئین‌ها می‌کند. مطالعه حاضر با هدف بررسی پیشگویی انعطاف‌پذیری ساختارهای پروتئینی با استفاده از ماشین بردار پشتیبان انجام شد.
مواد و روش‌ها: در مطالعه حاضر از یک مجموعه داده متعادل ۹۵ پروتئینی استفاده شد. ویژگی‌های استفاده‌شده در مطالعه حاضر برای مدل‌کردن اسیدآمینه‌ها، یک بردار ۳۳ بعدی را تشکیل داد. برخی از آنها از لغزاندن پنجره‌ای به طول ۱۷ با مرکزیت اسیدآمینه هدف روی زنجیره پروتئین به‌دست آمده‌اند و برخی تنها مربوط به اسیدآمینه هدف بودند. برای تعریف فاکتور انعطاف‌پذیری، ویژگی‌های مبتنی بر اطلاعات حاصل از تغییرات زوایای دووجهی، استفاده شد. این اطلاعات برای هر اسیدآمینه با درنظرگرفتن موقعیت هر اسیدآمینه به‌تنهایی و برای جفت اسیدآمینه‌های مجاور در یک پنجره هفده‌تایی محاسبه و برای پیشگویی از روش ماشین بردار پشتیبان استفاده شد.
یافته‌ها: میزان صحت ۷۳/۱%، معیار F ۷۱% دقت ۷۳% و حساسیت ۷۳/۲% به دست آمد. برتری قابل قبول روش پیشنهادی در مقایسه با روش‌های موجود تایید شد. نمایش زاویه‌ای هر پروتئین توانست به‌خوبی خصوصیات و ویژگی‌های ساختار سه‌بعدی پروتئین را نشان دهد.
نتیجه‌گیری: میزان صحت ۷۳/۱%، معیار F ۷۱% دقت ۷۳% و حساسیت ۷۳/۲% است و بهترین نگاه به بحث انعطاف‌پذیری، نگاه زاویه‌ای است. نمایش زاویه‌ای هر پروتئین می‌تواند به‌خوبی خصوصیات و ویژگی‌های ساختار سه‌بعدی پروتئین را نشان دهد.
مواد و روش‌ها: در مطالعه حاضر از یک مجموعه داده متعادل ۹۵ پروتئینی استفاده شد. ویژگی‌های استفاده‌شده در مطالعه حاضر برای مدل‌کردن اسیدآمینه‌ها، یک بردار ۳۳ بعدی را تشکیل داد. برخی از آنها از لغزاندن پنجره‌ای به طول ۱۷ با مرکزیت اسیدآمینه هدف روی زنجیره پروتئین به‌دست آمده‌اند و برخی تنها مربوط به اسیدآمینه هدف بودند. برای تعریف فاکتور انعطاف‌پذیری، ویژگی‌های مبتنی بر اطلاعات حاصل از تغییرات زوایای دووجهی، استفاده شد. این اطلاعات برای هر اسیدآمینه با درنظرگرفتن موقعیت هر اسیدآمینه به‌تنهایی و برای جفت اسیدآمینه‌های مجاور در یک پنجره هفده‌تایی محاسبه و برای پیشگویی از روش ماشین بردار پشتیبان استفاده شد.
یافته‌ها: میزان صحت ۷۳/۱%، معیار F ۷۱% دقت ۷۳% و حساسیت ۷۳/۲% به دست آمد. برتری قابل قبول روش پیشنهادی در مقایسه با روش‌های موجود تایید شد. نمایش زاویه‌ای هر پروتئین توانست به‌خوبی خصوصیات و ویژگی‌های ساختار سه‌بعدی پروتئین را نشان دهد.
نتیجه‌گیری: میزان صحت ۷۳/۱%، معیار F ۷۱% دقت ۷۳% و حساسیت ۷۳/۲% است و بهترین نگاه به بحث انعطاف‌پذیری، نگاه زاویه‌ای است. نمایش زاویه‌ای هر پروتئین می‌تواند به‌خوبی خصوصیات و ویژگی‌های ساختار سه‌بعدی پروتئین را نشان دهد.
موضوع مقاله:
بیوتکنولوژی کشاورزی
دریافت: 1395/2/21 | پذیرش: 1396/3/19 | انتشار: 1397/9/30
دریافت: 1395/2/21 | پذیرش: 1396/3/19 | انتشار: 1397/9/30
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |