جستجو در:
دوره 10، شماره 3 - ( 1398 )
جلد 10 شماره 3 صفحات 518-511 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Panahi A, Vaseghi A. Horizontal transfer analysis of type III secretion system (T3SS) genes in several types of Pseudomonas bacteria using Seqword software. JMBS 2019; 10 (3) :511-518
URL: http://biot.modares.ac.ir/article-22-28601-fa.html
URL: http://biot.modares.ac.ir/article-22-28601-fa.html
پناهی علیرضا، واثقی اکبر. بررسی انتقال افقی ژن‌های مربوط به پروتئین‌های تیپ III سیستم ترشحی T3SS در چندین گونه باکتری سودوموناس با استفاده از نرم‌افزار SeqWord. زیست‌فناوری مدرس. 1398; 10 (3) :511-518
علیرضا پناهی* 
1، اکبر واثقی2
1، اکبر واثقی2
1- گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران، اردبیل، خیابان دانشگاه، دانشگاه محقق اردبیلی، دانشکده علوم، گروه زیست‌شناسی. ، arpanahi@uma.ac.ir
2- گروه نانوبیوتکنولوژی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران،
2- گروه نانوبیوتکنولوژی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران،
چکیده: (4203 مشاهده)
همه باکتری‌ها دارای سیستم ترشحی برای انتقال ماکرومولکول‌های خود به بیرون هستند. در حال حاضر هفت سیستم ترشحی شناسایی شده است. بررسی انتقال افقی این ژن‌ها و ردیابی آنها، می‌تواند نقس بسیار مهمی در فهم ما در مورد نقش وکاربرد این ژن‌ها در باکتری و موجوات دیگر مانند میزبان آنها را داشته باشد. در مطالعه حاضر با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی مانند SeqWord_Viewer در پایگاهای اطلاعاتی مانند عناصر ژنتیکی متحرک (MGEs)، ACLAME، PAthogenicity Islands DataBase (PAIDB) به بررسی ژن‌های تیپ III (T۳SS) در بعضی از گونه‌ای باکتری سودوموناس پرداخته شد. نتایج نشان داد انتقال افقی بین ژن‌های تیپ III بین ۳۰ تا ۱۰۰% است. همچنین باکتری گونه سودوموناس فلورسنس با ۱۵ ژن انتقال‌یافته بیشترین گونه را دارد. بررسی‌های بیوانفورماتیکی نشان داد که گونه P. fluorescens F۱۱۳ با ۱۱ ژن بیشترین قابلیت انتقال ژن‌های تیپ ۳ سیستم ترشحی را دارد. همچنین نتایج نشان می‌دهد که انتقال افقی در بین ژن‌های تیپ سه در بعضی از گونه‌ها همچون P. fluorescens Pf-۵، P. syringae pv. Glycinea، P. syringae pv.aptata، P. syringae pv.Japonica، P. syringae pv. Pisi و P. aeruginosa UCBPP-PA۱۴ و انتقال ۱۰۰% در تیپ III سیستم ترشحی مشاهده شد. می‌توان از بررسی‌ها استنتاج کرد که باکتری‌های با احتمال بالا در بیماری‌زایی، بیشترین انتقال افقی را دارند که نشان‌دهنده انتقال سیستماتیک انتقال بیماری بین میزبان و عامل بیماری‌زایی طی تکامل است.
نوع مقاله: پژوهشی اصیل |
موضوع مقاله:
بیو انفورماتیک
دریافت: 1397/10/4 | پذیرش: 1397/12/22 | انتشار: 1398/6/10
دریافت: 1397/10/4 | پذیرش: 1397/12/22 | انتشار: 1398/6/10
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |