دوره 12، شماره 4 - ( 1400 )                   جلد 12 شماره 4 صفحات 146-129 | برگشت به فهرست نسخه ها

‎ 20.1001.1.23222115.1400.12.4.4.6

XML English Abstract Print

Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Koraei M, Ahmadi S. A review on microRNAs target prediction with bioinformatics tools in biomedical research. JMBS 2021; 12 (4) :129-146
URL: http://biot.modares.ac.ir/article-22-49084-fa.html
کرائی مریم، احمدی شمس الدین. مروری بر شناسایی ژن‌های هدف میکروRNAها با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی در تحقیقات زیست پزشکی. زیست‌فناوری مدرس. 1400; 12 (4) :129-146

URL: http://biot.modares.ac.ir/article-22-49084-fa.html

مروری بر شناسایی ژن‌های هدف میکروRNAها با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی در تحقیقات زیست پزشکی
مریم کرائی1 ، شمس الدین احمدی* 2
1- گروه علوم زیستی، دانشکده علوم، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران،
2- گروه علوم زیستی، دانشکده علوم، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران، گروه علوم زیستی، دانشکده علوم، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران ، sh.ahmadi@uok.ac.ir
چکیده:   (2661 مشاهده)
میکروRNAها گروهی از RNAهای غیر کدکننده کوچک هستند که بیان ژن در یوکاریوت­ها را در سطح پس از رونویسی تنظیم می­کنند. میکروRNAها با تنظیم بیان تعداد زیادی از mRNAها، به عنوان تنظیم کننده­های اصلی فرآیندهای زیستی مختلفی مانند تکوین جنینی، تکثیر و تمایز سلولی و مرگ برنامه‌ریزی شده سلول عمل می‌‌­کنند. بنابراین شناسایی میکروRNAها و ژن­های هدف­شان در شناسایی مکانیسم‌های رشد و نمو و نیز فرآیندهای دخیل در ایجاد و پیشرفت بیماری‌ها بسیار موثر است. به دلیل هزینه‌بر بودن کارهای تجربی مولکولی، شناسایی میکروRNAهای موثر از طریق روش‌های بیوانفورماتیکی و زیست­شناسی محاسباتی ارزان‌تر و سریعتر از روش­های معمول آزمایشگاهی است. تعدادی بانک اطلاعاتی و نرم‌افزار بر خط برای کمک به محققان در پیش­بینی ژن‌های هدف میکروRNAها توسعه یافته و آزادانه در دسترس قرار گرفته‌اند. نرم‌افزارهای موجود برای پیش­بینی ژن­های هدف میکروRNAها، از طیف وسیعی از اطلاعات توالی‌یابی، داده‌های مولکولی بیان ژن و نیز الگوریتم‌های محاسباتی مختلف استفاده می‌کنند. تعدادی از مهمترین این ابزارهای برخط شامل miRWalk، TargetScan، RNAhybrid، Diana-microT، miRanda و MirTarget هستند. چهار ویژگی اصلی برهمکنش میان میکروRNA با  mRNAهدف شامل جفت­شدگی در ناحیه Seed، حفاظت شدگی توالی هدف، انرژی آزاد و دسترسی به مکان اتصال در رونوشت هدف، در الگوریتم تمامی این ابزارهای پیش­بینی هدف میکروRNAها به کار گرفته شده است. هدف از این مطالعه بررسی آخرین یافته‌ها در مورد ویژگی‌ها و توانایی‌های بیوانفورماتیکی پیش‌بینی ژن‌های هدف میکروRNA، مقایسه کارایی این ابزارها و در نهایت معرفی کارآمدترین ابزار در زمینه پیش‌بینی ژن هدف میکروRNAها برای تحقیقات بیوانفورماتیکی، زیست پزشکی و پزشکی مولکولی است.
واژه‌های کلیدی: میکروRNA، بیوانفورماتیک، داده‌پایگاه‌های RNA، ژن هدف، پردازش‌های پس از رونویسی RNA
متن کامل [PDF 311 kb]   (1126 دریافت)    
نوع مقاله: مروری تحلیلی | موضوع مقاله: بیو انفورماتیک
دریافت: 1399/10/22 | پذیرش: 1400/6/20 | انتشار: 1401/9/7
ارسال نظر درباره این مقاله : نام کاربری یا پست الکترونیک شما:
CAPTCHA
ارسال پیام به نویسنده مسئول

بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.