دوره 7، شماره 2 - ( 1395 )                   جلد 7 شماره 2 صفحات 10-1 | برگشت به فهرست نسخه ها

XML English Abstract Print

Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Mottaghitalab F, Arab S S, Mohammadian J. Study of Structural Changes in Bacteriorhodopsin by Microwave Absorption Using Molecular Dynamics Simulation. JMBS 2016; 7 (2) :1-10
URL: http://biot.modares.ac.ir/article-22-5205-fa.html
متقی طلب فائزه، عرب سید شهریار، محمدیان جعفر. مطالعه تغییرات ساختاری پروتئین باکتریوردوپسین در اثر جذب امواج مایکروویو با استفاده از شبیه‌سازی دینامیک مولکولی. زیست‌فناوری مدرس. 1395; 7 (2) :1-10

URL: http://biot.modares.ac.ir/article-22-5205-fa.html

مطالعه تغییرات ساختاری پروتئین باکتریوردوپسین در اثر جذب امواج مایکروویو با استفاده از شبیه‌سازی دینامیک مولکولی
فائزه متقی طلب1 ، سید شهریار عرب* 2، جعفر محمدیان1
1- دانشگاه صنعتی مالک اشتر،
2- استادیار دانشکده علوم زیستی دانشگاه تربیت مدرس، تهران
چکیده:   (11403 مشاهده)
باکتریوردوپسین پروتئینی غشایی است که در هالوباکتریوم سالیناروم به عنوان پمپ پروتون وابسته به نور عمل می‌کند. این پروتئین شامل هفت زیرواحد مارپیچ آلفا (مارپیچ‌های A تاG )، یک صفحه بتا و یک کروموفور رتینال است. مطالعات نشان می‌دهد که پروتئین باکتریوردوپسین دارای خاصیت جذب امواج مایکروویو می‌باشد. یکی از رایج‌ترین و اصولی‌ترین روش‌های مطالعه ماکرومولکول‌های زیستی شبیه‌سازی دینامیک مولکولی است. با استفاده از این روش می‎توان تغییرات و دینامیک ساختاری ماکرومولکول‌های زیستی و کمپلکس آن‌ها را مطالعه کرد. در پروژه حاضر، از مدلسازی‌ و شبیه‌سازی دینامیک مولکولی استفاده شده است. پس از مرحله تعادل و جهت بدست آوردن ساختارهای یکدست تر در مرحله تولید، شبیه‌سازی‌ به مدت 15 نانوثانیه انجام شد، سپس به منظور بررسی مناطق مؤثر در جذب امواج مایکروویو شبیه‌سازی دینامیک مولکولی همراه با اعمال میدان الکتریکی به مدت زمان 786 پیکوثانیه که برابر با مدت زمان تناوب یک موج سینوسی در طیف رادار می‌باشد، روی کل ساختار پروتئین انجام شد. در نهایت، تغییرات کنفورماسیونی حاصل مورد بررسی قرار گرفت تا مناطق موثر در جذب امواج تعیین شود. مطالعه انجام گرفته نشان می‌دهد که امواج مایکروویو در فرکانس 8 گیگاهرتز و در بازه زمانی ذکر شده نمی‌تواند تغییرات ساختاری گسترده‌ای را در پروتئین ایجاد کند. از سوی دیگر تغییرات ساختاری برگشت‌پذیری در مناطق صفحه بتا و مارپیچ‌های D ، C و B تحت تأثیر میدان مشاهده گردید.
واژه‌های کلیدی: شبیه‌سازی دینامیک مولکولی، باکتریوردوپسین، جذب امواج مایکروویو
متن کامل [PDF 857 kb]   (6068 دریافت)    
نوع مقاله: مقاله استخراج شده از پایان نامه | موضوع مقاله: بیو فیزیک
دریافت: 1393/12/27 | پذیرش: 1394/11/17 | انتشار: 1395/7/1
ارسال نظر درباره این مقاله : نام کاربری یا پست الکترونیک شما:
CAPTCHA
بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.