یکی از روشهای نوین مورد استفاده در برنامههای اصلاحی گیاهان مشخص نمودن مکان های صفت کمی (QTL) در ژنوم به کمک نشانگرهای مولکولی میباشد. به منظور شناسایی QTL برای صفات شیمیایی نظیر درصد تجمع نیکوتین، کلر، قند و مقدار خاکستر به جا مانده از سوزش در توتون شرقی، یک جمعیت ژنتیکی متشکل از 55 لاین خویش آمیخته نوترکیب حاصل از تلاقی SPT406 (لاین پدری) و Basma seres 31 (لاین مادری) در رابطه با صفات ذکر شده مورد ارزیابی قرار گرفت. برای شناسایی QTL از نقشه پیوستگی که با استفاده از 103 لاین خویش آیخته نوترکیب و با 14 نشانگر SSR، 24 نشانگرISSR و 26 نشانگر رتروترنسپوزون تهیه شده بود و 7 گروه پیوستگی را در بر می گرفت استفاده گردید. پنج QTL برای صفات مورد مطالعه شناسایی شد. تغیرات فنوتیپی توجیه شده توسط QTL های شناسایی شده بین 34/0 و 70/0 متغیر بود. در این تحقیق برای صفت قند هیچ QTLی شناسایی نشد. شناسایی QTL های مشترک برای برخی صفات بررسی شده میتواند ناشی از اثرات پلیوتروپی و یا پیوستگی نواحی ژنومی دخیل در کنترل این صفات باشد. شناسایی QTL های مشترک اهمیت زیادی در بهنژادی گیاهان دارد، زیرا گزینش همزمان چند صفت را امکانپذیر میسازند.
