شناسایی جهشهای مسبب بیماری در ژنهای مرتبط با بیماری اپیزودیک کما در یک خانواده ای با سه دختر مبتلا به این بیماری با کاربرد روشهای توالی یابی نسل جدید

نوع مقاله : گزارش مورد

نویسندگان

1 گروه ژنتیک، واحد علوم و تحقیقات فارس، دانشگاه آزاد اسلامی، مرودشت، ایران

2 گروه ژنتیک، واحد مرودشت، دانشگاه آزاد اسلامی، مرودشت، ایران

3 دانشکده علوم زیستی ، دانشگاه تربیت مدرس،تهران ، ایران

چکیده
معرفی: مطالعه حاضر یک مورد کمای تکرار شونده خانوادگی را گزارش می کند که در آن سه دختر تشنجات سرکش نشان می دادند که منجر به کما میشد. پنل ژنی هدفمند برای صرع با کاربرد توالی یابی نسل جدید بکار برده شد تا واریانتهای مسبب بیماری در بیمارانمان را شناسایی کند.

روش کار: پس از کسب رضایت نامه از بیماران، DNA ژنومی از خون وریدی استخراج شد و سپس برای شناسایی جهشهای مرتبط با صرع)، ابتدا، نواحی رمزکننده و مرزهای اگزون- اینترون از 72 ژن مرتبط با صرع با کاربرد کیت V4 سیستم غنی سازی هدفمند Sure Selectبه دام انداخته شدند. کتابخانه های کپچر شده روی یک سیستم ایلومنا HiSeq 4000 ،توالی یابی شدند، خوانشهای توالی یابی شده با یک ژنوم مرجع همتراز شدند.ابزار Picard بکار رفت تا خوانشهای مضاغف را حذف کند وفراخوانی واریانتها با کاربرد ابزار آنالیز ژنوم(GTAK) انجام شد. ANNOVAR بکار رفته شد تا واریانتها تفسیر کند، سپس واریانتهایی با فراونی آلل کمتر از 1% مطابق با پایگاهای دادههای نوکلئوتید مانند dbSNP و هزاره ژنوم، جداسازی شدند. ابزار In silico بکار رفته شد تا بیماریزایی واریانتها را ارزیابی کند.

نتایج: مطابق با پایگاههای داده پیشگویی کننده پاتوژنسیتی ، موتاسیون خاصی یا واریانت از نو در ژنهای مرتبط با صرع یافت نشد، ولی چندین پلی مورفیسم گزارش شدند.

نتیجه گیری: با وجود اینکه برخی واریانتهای یا پلی مورفیسمهایی در ژنهای مرتبط با صرع در بیمارانمان یافت شدند. ولی نتوانست ما را در تشخیص قابل قبول برای این شرایط یاری دهد. تحقیقات بیشتری جهت آشکارسازی علت بیماری ادامه دارد.

کلیدواژه‌ها

موضوعات


References:
1. Hoflack M, Caruba C, Pitelet G, Haas H, Mas J, Paquis V, et al. Infant coma in the emergency department: 2 cases of MCAD deficiency. 2010;17(7):1074-7.
2. Ghosh S, Chaudhury PK, Goswami HKJIjop. An analysis of six cases of acute intermittent porphyria (AIP). 2006;48(3):189.
3. Finkelstein J, Hauser E, Leonard C, Brusilow SJTJop. Late-onset ornithine transcarbamylase deficiency in male patients. 1990;117(6):897-902.
4. Swaiman KF, Ashwal S, Ferriero DM, Schor NF. Swaiman's Pediatric Neurology-E-Book: Principles and Practice, 2-Volume Set: Elsevier Health Sciences; 2011.
5. Pelzer N, Blom D, Stam A, Vijfhuizen L, Hageman A, van Vliet J, et al. Recurrent coma and fever in familial hemiplegic migraine type 2. A prospective 15-year follow-up of a large family with a novel ATP1A2 mutation. 2017;37(8):737-55.
6. Kirton A, Tan M, Mikulis D, Fisher J, Han J, deveber G, et al. Recurrent reversible coma in an adolescent. 2008;7(1):110-2.
7. Sheikh Z, Wang W, Hillen MJJn. A young man with recurrent coma and refractory status epilepticus. 2016;73(10):1243-4.
8. Espay AJ, Bodensteiner JB, Patel HJPn. Episodic coma in a new leukodystrophy. 2002;26(2):139-42.
9. Hiekkala ME, Vuola P, Artto V, Häppölä P, Häppölä E, Vepsäläinen S, et al. The contribution of CACNA1A, ATP1A2 and SCN1A mutations in hemiplegic migraine: A clinical and genetic study in Finnish migraine families. 2018;38(12):1849-63.
10. Choi K-H, Kim JS, Lee S-Y, Ryu S-w, Kim SS, Lee S-h, et al. Familial hemiplegic migraine with prolonged coma and cerebellar atrophy: CACNA1A T666M mutation in a Korean family. 2012;27(9):1124-7.
11. Smith L, Singhal N, El Achkar CM, Truglio G, Rosen Sheidley B, Sullivan J, et al. PCDH 19‐related epilepsy is associated with a broad neurodevelopmental spectrum. Epilepsia. 2018;59(3):679-89.
12. Lee IC, Chang TM, Liang JS, Li SY. KCNQ2 mutations in childhood nonlesional epilepsy: Variable phenotypes and a novel mutation in a case series. Molecular genetics & genomic medicine. 2019;7(7):e00816.