ارزیابی بیوانفورماتیکی ناحیه ژنی کدکننده آنزیم زایلان در برخی گونه‌ های آسپرژیلوس

نوع مقاله : پژوهشی کوتاه

نویسندگان

دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری

چکیده
جنس آسپرژیلوس دارای گونه ‏های متعددی است که در داروسازی، کشاورزی و صنایع مختلف اهمیت دارند. جنس آسپرژیلوس دارای 446 گونه شناسایی شده است که تشخیص آنها از یکدیگر با کمک خصوصیات ریخت‏ شناسی دشوار است. زایلان بتا 1و4 زایلوسیداز، آنزیمی است که فرآیند هیدرولیز زایلوز را در زایلوالیگوساکاریدها کاتالیز می‏ کند و توسط گونه ‏های مختلف آسپرژیلوس تولید می ‏شود. این پژوهش با هدف مطالعه بیوانفورماتیکی ناحیه ژنی مرتبط با این آنزیم و ارزیابی شباهت‏ها و تفاوت‏های آن در برخی گونه‏ های آسپرژیلوس صورت گرفت. نتایج نشان داد این ناحیه ژنی به دلیل وجود موتیف‏های حفاظت شده، توانست برخی گونه ‏های مورد بررسی در این پژوهش را از یکدیگر تفکیک نماید.

کلیدواژه‌ها

موضوعات


Ashtiani, N.M., Kachuei, R., Yalfani, R., Harchegani, A.B. and Nosratabadi, M., 2017. Identification of Aspergillus sections Flavi, Nigri, and Fumigati and their differentiation using specific primers. Infez Med, 25(2), pp.127-132.
Bailey, T.L., Johnson, J., Grant, C.E. and Noble, W.S., 2015. The MEME suite. Nucleic acids research, 43(W1), pp.W39-W49.
Coudert, E., Gehant, S., de Castro, E., Pozzato, M., Baratin, D., Neto, T., Sigrist, C.J., Redaschi, N. and Bridge, A., 2023. Annotation of biologically relevant ligands in UniProtKB using ChEBI. Bioinformatics, 39(1), p.btac793.
Herrmann, M.C., VRSANSKA, M., JURICKOVA, M., HIRSCH, J., BIELY, P. and KUBICEK, C.P., 1997. The β-D-xylosidase of Trichoderma reesei is a multifunctional β-D-xylan xylohydrolase. Biochemical Journal, 321(2), pp.375-381.
Houbraken, J., Kocsubé, S., Visagie, C.M., Yilmaz, N., Wang, X.C., Meijer, M., Kraak, B., Hubka, V., Bensch, K., Samson, R.A. and Frisvad, J.C., 2020. Classification of Aspergillus, Penicillium, Talaromyces and related genera (Eurotiales): An overview of families, genera, subgenera, sections, series and species. Studies in mycology, 95, pp.5-169.
Hubka, V. and Kolarik, M., 2012. β-tubulin paralogue tubC is frequently misidentified as the benA gene in Aspergillus section Nigri taxonomy: primer specificity testing and taxonomic consequences. Persoonia-Molecular Phylogeny and Evolution of Fungi, 29(1), pp.1-10.
Jones, P., Binns, D., Chang, H.Y., Fraser, M., Li, W., McAnulla, C., McWilliam, H., Maslen, J., Mitchell, A., Nuka, G. and Pesseat, S., 2014. InterProScan 5: genome-scale protein function classification. Bioinformatics, 30(9), pp.1236-1240.
Nargesi, S., Abastabar, M., Valadan, R., Mayahi, S., Youn, J.H., Hedayati, M.T. and Seyedmousavi, S., 2021. Differentiation of Aspergillus flavus from Aspergillus oryzae Targeting the cyp51A Gene. Pathogens, 10(10), p.1279.
Novakova, A., Hubka, V., Dudova, Z., Matsuzawa, T., Kubatova, A., Yaguchi, T. and Kolarik, M., 2014. New species in Aspergillus section Fumigati from reclamation sites in Wyoming (USA) and revision of A. viridinutans complex. Fungal Diversity, 64, pp.253-274.
Papadopoulos, J.S. and Agarwala, R., 2007. COBALT: constraint-based alignment tool for multiple protein sequences. Bioinformatics, 23(9), pp.1073-1079.
Peterson, S.W., 2008. Phylogenetic analysis of Aspergillus species using DNA sequences from four loci. Mycologia, 100(2), pp.205-226.
Samson, R.A., Visagie, C.M., Houbraken, J., Hong, S.B., Hubka, V., Klaassen, C.H., Perrone, G., Seifert, K.A., Susca, A., Tanney, J.B. and Varga, J., 2014. Phylogeny, identification and nomenclature of the genus Aspergillus. Studies in mycology, 78(1), pp.141-173.
Schoch, C.L., Seifert, K.A., Huhndorf, S., Robert, V., Spouge, J.L., Levesque, C.A., Chen, W., Fungal Barcoding Consortium, Fungal Barcoding Consortium Author List, Bolchacova, E. and Voigt, K., 2012. Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for Fungi. Proceedings of the national academy of Sciences, 109(16), pp.6241-6246.
Schomburg, D. and Salzmann, M., 1991. Xylan 1, 4-beta-xylosidase. Enzyme Handbook 4: Class 3: Hydrolases, pp.229-236.
Tamura, K., Stecher, G. and Kumar, S., 2021. MEGA11: molecular evolutionary genetics analysis version 11. Molecular biology and evolution, 38(7), pp.3022-3027.
Visagie, C.M., Varga, J., Houbraken, J., Meijer, M., KocsubU, S., Yilmaz, N., Fotedar, R., Seifert, K.A., Frisvad, J.C. and Samson, R.A., 2014. Ochratoxin production and taxonomy of the yellow aspergilli (Aspergillus section Circumdati). Studies in mycology, 78, pp.1-61.