piRNA های دارای افتراق بیان در سلول های سرطان سینه

نوع مقاله : پژوهشی اصیل

نویسندگان

1 دانشجوی دکتری گروه ژنتیک، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران

2 استاد گروه ژنتیک، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران

چکیده
سرطان سینه شایع‌ترین سرطان زنان می‌باشد که علیرغم پیشرفتهای علمی زیاد همچنان علت اصلی مرگ و میر ناشی از سرطان در بین زنان محسوب می‌شود. برای حل این معضل جهانی نیازمند مطالعات مولکولی عمیق‌تری در حوزه سرطان سینه هستیم. امروزه نقش piRNAها بعنوان تنظیم کننده بیان ژن‌ها در سرطان‌های مختلف مورد توجه بسیاری قرار گرفته است. در این مطالعه هدف ما شناسایی piRNAهای مهم درگیر در سرطان سینه و ژن‌های هدف آن‌ها می‌باشد. برای این منظور داده‌های RNA seq small خام مربوط به نمونه‌های بافت سرطان سینه و بافت نرمال سینه از پایگاه داده GEO انتخاب و استخراج شد و از پلتفرم Galaxy برای آنالیز بیوانفورماتیکی آن‌ها استفاده شد. بیان افتراقی 372 عدد piRNA بر اساس Log2 FC ≥ 2، p. value ≤ 0.05 بدست آمد که 191 عدد افزایش بیان و 181 عدد کاهش بیان معنی‌دار را نشان دادند. بیشترین افزایش مربوط به hsa-piR-33125 می‌باشد که هدف آن GATAD2A می‌باشد و در پروسه های سرطانزایی از قبیل توسعه عروق خونی، آپاپتوز، تنظیم بیان ژن در سطح رونویسی و ... نقش دارد. بیشترین کاهش مربوط به hsa-piR-33073 با Log2 FC= -4.20 می‌باشد. پیدا کردن لیستی از piRNAهای مهم که افتراق بیان معنی‌دار در سرطان سینه نسبت به بافت نرمال دارند و همچنین مشخص کردن افزایش و یا کاهش بیان آن‌ها در بافت سرطانی و تشخیص ژن‌های هدف و بررسی نقش آن‌ها در مسیرهای بیولوژیکی دخیل در توسعه و پیشرفت سرطان، می‌تواند آغازگر مطالعاتی باشد که در نهایت منجر به پیشرفت‌ در تحقیقات سرطان سینه و روش‌های درمانی شود.

کلیدواژه‌ها

موضوعات


Amelimojarad, M., Amelimojarad, M., Wang, J., & Pourmahdian, A. (2023). miR-382-5p promotes breast cancer invasion via the regulation of PTEN.
Cheng, J., Deng, H., Xiao, B., Zhou, H., Zhou, F., Shen, Z., & Guo, J. (2012). piR-823, a novel non-coding small RNA, demonstrates in vitro and in vivo tumor suppressive activity in human gastric cancer cells. Cancer Letters, 315(1), 12-17.
El Aamri, M., Zayani, R., Baachaoui, S., Mohammadi, H., Amine, A., & Raouafi, N. A Double–Amplified Fluorometric Genosensor for Sensitive Detection of PiRNA–651 as a Novel Biomarker of Cancer. Available at SSRN 4511716.
Gong, Z., Wang, J., Wang, D., Buas, M. F., Ren, X., Freudenheim, J. L., Belinsky, S. A., Liu, S., Ambrosone, C. B., & Higgins, M. J. (2019). Differences in microRNA expression in breast cancer between women of African and European ancestry. Carcinogenesis, 40(1), 61-69.
Li, H., Li, L., Qiu, X., Zhang, J., & Hua, Z. (2023). The interaction of CFLAR with p130Cas promotes cell migration. Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-Molecular Cell Research, 1870(2), 119390.
Limanówka, P., Ochman, B., & Świętochowska, E. (2023). PiRNA Obtained through Liquid Biopsy as a Possible Cancer Biomarker. Diagnostics, 13(11), 1895.
ME, J. F., Siegel, R. L., Isabelle Soerjomataram, M., & Ahmedin Jemal, D. (2024). Global cancer statistics 2022: GLOBOCAN estimates of incidence and mortality worldwide for 36 cancers in 185 countries.
Najafi, H., Naseri, M., Zahiri, J., Totonchi, M., & Sadeghizadeh, M. (2019). Identification of the molecular events involved in the development of prefrontal cortex through the analysis of RNA-seq data from BrainSpan. ASN neuro, 11, 1759091419854627.
Roy, J., Sarkar, A., Parida, S., Ghosh, Z., & Mallick, B. (2017). Small RNA sequencing revealed dysregulated piRNAs in Alzheimer's disease and their probable role in pathogenesis. Molecular BioSystems, 13(3), 565-576.
Rui, T., Wang, K., Xiang, A., Guo, J., Tang, N., Jin, X., Lin, Y., Liu, J., & Zhang, X. (2023). Serum exosome-derived piRNAs could Be promising biomarkers for HCC diagnosis. International Journal of Nanomedicine, 1989-2001.
Tan, L., Mai, D., Zhang, B., Jiang, X., Zhang, J., Bai, R., Ye, Y., Li, M., Pan, L., & Su, J. (2019). PIWI-interacting RNA-36712 restrains breast cancer progression and chemoresistance by interaction with SEPW1 pseudogene SEPW1P RNA. Molecular cancer, 18, 1-15.
Tsachaki, M., Strauss, P., Dunkel, A., Navrátilová, H., Mladenovic, N., & Odermatt, A. (2020). Impact of 17β-HSD12, the 3-ketoacyl-CoA reductase of long-chain fatty acid synthesis, on breast cancer cell proliferation and migration. Cellular and Molecular Life Sciences, 77, 1153-1175.
Vychytilova-Faltejskova, P., Stitkovcova, K., Radova, L., Sachlova, M., Kosarova, Z., Slaba, K., Kala, Z., Svoboda, M., Kiss, I., & Vyzula, R. (2018). Circulating PIWI-interacting RNAs piR-5937 and piR-28876 are promising diagnostic biomarkers of colon cancer. Cancer Epidemiology, Biomarkers & Prevention, 27(9), 1019-1028.
Wu, X., Pan, Y., Fang, Y., Zhang, J., Xie, M., Yang, F., Yu, T., Ma, P., Li, W., & Shu, Y. (2020). The biogenesis and functions of piRNAs in human diseases. Molecular Therapy-Nucleic Acids, 21, 108-120.
Zhang, H., & Li, Y. (2024). Potential roles of PIWI-interacting RNAs in breast cancer, a new therapeutic strategy. Pathology-Research and Practice, 155318.
Zhang, L., Meng, X., Li, D., & Han, X. (2020). piR-001773 and piR-017184 promote prostate cancer progression by interacting with PCDH9. Cellular Signalling, 76, 109780.
Zhou, J., Xie, H., Liu, J., Huang, R., Xiang, Y., Tian, D., & Bian, E. (2023). PIWI-interacting RNAs: critical roles and therapeutic targets in cancer. Cancer Letters, 216189.