نمیوپسین 2 فتوپروتئینی تنظیم شونده با کلسیم دارای 207 باقی مانده آمینواسیدی و وزن مولکولی 24722 دالتون میباشد. در ساختار این فتوپروتئین موتیفهای EF-hand I-III-IV عملکرد خود در اتصال به کلسیم را حفظ کرده اما EF-hand II در طی تکامل فعالیت خود را از دست داده است. هر EF-hand دارای ساختار مارپیچ لوپ مارپیچ (HLH) میباشد. لوپها با طول 12 آمینواسید مسئول اتصال به کلسیم هستند. در این پژوهش جهت بازیابی ساختاری و عملکردی لوپ EF-hand II با استفاده از جهشزایی مبتنی بر تکامل و منطق مولکولی، فتوپروتئینPhotoprotein Mnemiopsin Chimer (PMC) دارای هفت جهش طراحی شد. ساختارهای جهش یافته توسط نرمافزارModeller v.10.4 مدلسازی شدند. سپس بهترین مدل با استفاده از نرمافزار Chimera x.1.8 و سرور های ModEval، SAVES جهت ارزیابی فراسنجه های RMSD، RRDistance، Z-Dope، Errat و Verify 3D ارزیابی شدند. همچنین ساختار دوم، انرژی آزاد و سطوح در دسترس مدلها توسط سرورVADAR بررسی شد. فراسنجه آبگریزی و ناپایداری توسط سرورهای Protscale و ProtParam ارزیابی شدند. نتایج Prosite بیانگر ایجاد لوپ EF-hand II در PMC میباشد. شایان ذکر است تغییرات آبگریزی سطحی موتیف EF-hand II بازیابی شده ممکن است برتعامل باکلسیم تاثیر بگذارد. در واقع به دلیل افزایش جایگاههای اتصال به کلسیم پیشبینی میشود، حساسیت به کلسیم و فعالیت PMC دچار تغییر شوند.
