دوره 11، شماره 3 - ( 1399 )                   جلد 11 شماره 3 صفحات 36-23 | برگشت به فهرست نسخه ها

‎ 20.1001.1.23222115.1399.11.3.5.8

XML English Abstract Print

Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
mahnam K, Mosharf Ghahfarokhi A, Rafieepour H A. Comparative of structure of three isozymes of Glucoamylase in order to determination demonstrator parameters thermal stability of proteins via molecular dynamics simulation. JMBS 2020; 11 (3) :23-36
URL: http://biot.modares.ac.ir/article-22-34119-fa.html
مهنام کریم، مشرف قهفرخی آذین، رفیعی پور حسینعلی. مقایسه ساختار سه ایزوآنزیم گلوکوآمیلاز به‌منظور تعیین عوامل نشان‌دهنده پایداری گرمایی پروتئین‌ها با استفاده از شبیه‌سازی دینامیک مولکولی. زیست‌فناوری مدرس. 1399; 11 (3) :23-36

URL: http://biot.modares.ac.ir/article-22-34119-fa.html

مقایسه ساختار سه ایزوآنزیم گلوکوآمیلاز به‌منظور تعیین عوامل نشان‌دهنده پایداری گرمایی پروتئین‌ها با استفاده از شبیه‌سازی دینامیک مولکولی
کریم مهنام* 1، آذین مشرف قهفرخی2 ، حسینعلی رفیعی پور3
1- دانشگاه شهرکرد، دانشکده علوم، گروه زیست شناسی، ایران شهرکرد بلوار رهبر دانشگاه شهرکرد دانشکده علوم گروه زیست شناسی کدپستی: ۸۸۱۸۶۳۴۱۴۱ ، mahnam.karim@sci.sku.ac.ir
2- گروه سلولی مولکولی، دانشکده شیمی، دانشگاه کاشان، کاشان ، ایران،
3- گروه سلولی و مولکولی دانشکده شیمی دانشگاه کاشان کاشان ایران،
چکیده:   (3757 مشاهده)
گلوکوآمیلاز یک آنزیم مهم اقتصادی به دلیل توانایی‌اش درهیدرولیز نشاسته و پلیمرهای بتا دی‌گلوکز است. درک عوامل مؤثر در گرمادوستی یا سرمادوستی آنزیم گلوکوآمیلاز درتولیدایزوآنزیم‌هایی با مقاومت گرمایی یا سرمایی بالا ضروری است. دراین پژوهش، اثر دما روی تغییرات ساختاری هریک از ایزوآنزیم‌های گلوکوآمیلاز معتدل دوست، گرمادوست و سرمادوست بوسیله روش شبیه‌سازی دینامیک مولکولی بررسی شد. درکل ۲۴۰ نانوثانیه شبیه‌سازی برای سه ایزوآنزیم گلوکوآمیلاز در چهار دمای ۳۰۰، ۳۵۰، ۴۰۰ و ۴۵۰ کلوین انجام گرفت. تغییرات پارامترهای ساختاری در هرسه ایزوآنزیم مقایسه شد و مشخص گردید که از بین عوامل قابل محاسبه در شبیه‌سازی دینامیک مولکولی، انرژی الکتروستاتیک پروتئین با آب، انرژی واندروالسی بین پروتئین و آب، انرژی آزاد حلالیت(∆Gsolvation)، پارامترناپایداری، سطح دردسترس حلال غیرقطبی و سطح دردسترس کل بهترو دقیق‌تر می‌توانند برای پیشگویی تغییرات پایداری گرمایی یک پروتئین در اثر افزایش دما به‌وسیله شبیه‌سازی دینامیک مولکولی استفاده شوند.
 
واژه‌های کلیدی: آنزیم گلوکوآمیلاز، معتدل دوست، گرمادوست، سرمادوست، شبیه‌سازی دینامیک مولکولی، پایداری گرمایی
متن کامل [PDF 1618 kb]   (2963 دریافت)    
نوع مقاله: پژوهشی اصیل | موضوع مقاله: بیو انفورماتیک
دریافت: 1398/4/1 | پذیرش: 1399/4/15 | انتشار: 1399/7/11
ارسال نظر درباره این مقاله : نام کاربری یا پست الکترونیک شما:
CAPTCHA
ارسال پیام به نویسنده مسئول

بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.