---

RNAها در بسیاری از فرایندهای زیستی و پزشکی نقش حیاتی دارند و کارکرد RNA به طور مستقیم به ساختارش وابسته است. طراحی ساختارهای RNA مسئله‌‌‌‌ای اصلی در زمینه‌ی زیست‌شناسی است که دردرمان و نانوتکنولوژی اهمیت دارد. به همین دلیل الگوریتم‌‌‌‌هایی برایپیش‌گویی ساختار دوم RNA ایجاد شده است. در این مقاله الگوریتمی برایپیش‌گویی دقیق ساختار دوم RNA بر اساس کمترین میزان انرژی آزاد و بیشترین تعداد جفت‌‌‌‌بازهای مجاورارائه می‌‌‌‌دهیم. این الگوریتم برپایه‌‌‌‌ی روش اکتشافی است که از یک ماتریسنقطه‌‌‌‌ایبرای نشان‌‌‌‌دادن همه‌ی جفت­بازهای ممکنRNAاستفاده می‌‌‌‌کند. سپس استم‌‌‌‌ها^۱ از ماتریس‌‌‌‌نقطه‌‌‌‌ای استخراج می‌‌‌‌شوند و براساس طولشان به ترتیب نزولی و سپس استم‌‌‌‌های با طول برابر براساسمیزان انرژی آزاد به ترتیب صعودی مرتب می‌شوند. سرانجام استم‌‌‌‌ها به‌ترتیب برای تشکیل ساختار دوم انتخاب می‌‌‌‌شوند. الگوریتم پیشنهادی روی تعدادی از داده‌‌‌‌ها از جمله CopA، CopT، R۱inv، R۲inv، Tar، Tar*، DIS، IncRNA_۵۴ و RepZ در باکتر‌‌‌‌ی‌‌‌‌ها اجرا می‌‌‌‌گردد. نتایج آزمایش‌ها دقت بالای الگوریتم پیشنهادی را که ۷۱/۹۵ درصد است، نشان می‌‌‌‌دهد. این الگوریتم در زمانکمتری نسبت به سایر روش‌ها اجرامی‌شود.

---

هدف از این تحقیق جانمایی مناسب تک صفحه مستغرق نسبت به لبه¬های پایین دست و بالادست آبگیر جانبی واقع در کانال قوسی U شکل و تعیین زاویه مناسب آن به منظور کاهش رسوبات ورودی به آبگیر است. در این راستا با استفاده از مدل عددی فلوئنت میدان جریان حول تک صفحه مستغرق واقع در لبه پایین دست آبگیر شبیه سازی و با نتایج تحقیق آزمایشگاهی منتصری (۲۰۰۸) صحت¬سنجی شده است. مدل آشفتگی مورد استفاده RSM می¬باشد. پس از صحت سنجی مدل، اثر موقعیت¬های صفحه مستغرق نسبت به لبه¬های پایین دست و بالادست آبگیر و اثر زوایای مختلف صفحه بر الگوی جریان و الگوی تنش برشی بستر بررسی شده است و موقعیت و زاویه مناسب صفحه بر اساس میزان تأثیر صفحه روی وسعت ناحیه پر تنش اطراف صفحه، نواحی کم سرعت اطراف صفحه در تراز کف، کاهش ابعاد ناحیه زینی واقع در لبه پایین دست صفحه و چگونگی انحراف خطوط جریان انتخاب شده است. نتایج نشان می¬هد بهترین حالت قرار¬گیری صفحه در لبه پایین دست حالتی است که ابتدای صفحه دقیقاً در مقابل لبه پایین¬دست آبگیر با زاویه¬ای در حدود ۲۰-۲۵ درجه قرار دارد و بهترین حالت قرار¬گیری صفحه در لبه بالادست حالتی است که انتهای صفحه دقیقاً در مقابل لبه بالادست آبگیر با زاویه¬ای حدود ۱۷ تا ۲۰ درجه قرار دارد.

---

آبگیر جانبی همراه با کانال انحرافی یکی از روش های آبگیری از رودخانه است. با توجه به اینکه بیشتر رودخانه های در طبیعت به حالت مئاندری است بنابراین تعیین موقعیت و زاویه آبگیری از اهمیت زیادی برخوردار می باشد. در این مقاله با شبیه سازی عددی میدان جریان در اطراف آبگیر در یک قوس ۱۸۰ درجه با استفاده از مدل عددی SSIIM۲ در چهار موقعیت ۴۵، ۹۰، ۱۱۵و ۱۳۵درجه با چهار زاویه آبگیری ۳۰، ۴۵، ۶۰ و ۹۰ درجه به بررسی ابعاد صفحه تقسیم جریان و ابعاد ناحیه جداشدگی در کانال فرعی و اصلی پرداخته شده است. بدین منظور ابتدا مدل SSIIM۲ نسبت به مدل های آشفتگی k-ε استاندارد و RNG حساسیت سنجی شده و نتایج با نتایج آزمایشگاهی منتصری و همکاران (۱۳۸۷) صحت سنجی شده است. نتایج حاصل نشان می دهد در همه موقعیت ها، زاویه آبگیری ۹۰ درجه دارای بیشترین ابعاد نواحی جداشدگی،‌ بیشترین عرض صفحه تقسیم جریان در تراز بستر و کمترین عرض صفحه تقسیم جریان در تراز نزدیک سطح را دارد و در عوض زاویه آبگیری ۳۰ درجه دارای کمترین ابعاد نواحی جداشدگی جریان و کوچکترین عرض صفحه تقسیم جریان در تراز بستر و بیشترین عرض صفحه تقسیم جریان در تراز سطح را دارد. همچنین در موقعیت ۱۳۵درجه، در تمام زوایای آبگیری، عرض صفحه تقسیم جریان در سطح بیشترین مقدار و در کف کمترین مقدار را دارا می باشد.

---

در این تحقیق با استفاده از نرم افزار فلوئنت به ارزیابی مدل های دوفازی اویلری و فاز گسسته لاگرانژی در مدل سازی پدیده انتقال رسوب و مکانیسم‌های ورود رسوبات به آبگیر جانبی واقع در موقعیت ۱۱۵ درجه از یک کانال قوسی ۱۸۰ درجه با روش تزریق رسوب پرداخته شده است. برای بررسی عملکرد مدل‌های دوفازی، روند حرکت رسوبات در زمان های مختلف از شروع تزریق درمدل‌های عددی با مدل آزمایشگاهی مقایسه گردیده‌اند. نتایج نشان دهنده عملکرد مناسب هر دو مدل در تعیین مسیر حرکت ذرات بستر در زمان‌های مختلف در کف کانال و مکانیسم ورود رسوبات به داخل آبگیر می‌باشد اما مدل اویلری از عملکرد بهتری برخوردار است. در شبیه‌سازی توپوگرافی بستر نیز عملکرد روش اویلری بسیار بهتر از مدل فاز گسسته بوده است. در عوض روش فاز گسسته توانایی تعیین درصد ذرات منحرف شده به داخل آبگیر را دارا می‌باشد. در این تحقیق اثر زاویه انحراف آبگیر و درصد دبی آبگیری بر مکانیسم شکل گیری توپوگرافی بستر، مکانیسم ورود رسوبات به آبگیر و درصد رسوب انحرافی مورد مطالعه قرار گرفته است. مکانیسم ورود رسوبات به ابگیر در دبی های آبگیری مختلف متفاوت است اما همواره دو پشته رسوبی در مجاورت قوس داخلی در نیمه اول و دوم قوس ایجاد می شود. افزایش دبی آبگیری باعث کاهش نسبی ابعاد پشته های رسوبی می گردد. مکانیسم ورود رسوبات به آبگیر تحت تاثیر زاویه انحراف آبگیر نیز میباشد. در زاویه آبگیری ۵۰ درجه کمترین مقدار رسوب در کلیه دبی های آبگیری وارد آبگیر می گردد.

---

در مقاله حاضر با استفاده از تزریق رسوب روی بستر صلب، به بررسی نحوه شکل‌گیری توپوگرافی بستر و مکانیسم ورود رسوبات به آبگیر در یک کانال قوسی U شکل پرداخته شد. بدین منظور یک دستگاه تزریق رسوب با نرخ یکنواخت و قابل تنظیم، طراحی و ساخته شد. بر اساس توصیه های محققین قبلی، آبگیر جانبی در موقعیت ۱۱۵ درجه از این قوس و با زاویه انحراف ۴۵ درجه نسبت به جریان نصب گردید. دستگاه تزریق رسوب در بالادست قوس مستقر گردید و نرخ رسوب تزریق شده برابر با ظرفیت انتقال رسوب جریان در مسیر مستقیم بالادست قوس در نظر گرفته شد تا هیچگونه رسوبگذاری در بالادست قوس انجام نشود. جهت تحلیل نتایج، میدان جریان حول آبگیر جانبی در قوس با استفاده از سرعت سنج سه بعدی ADV در حالت بستر صلب برداشت شد. 
در این تحقیق اثر عدد فرود و دبی آبگیری بر پدیده انتقال رسوب در قوس و مکانیسم ورود رسوبات به آبگیر بررسی گردید. نتایج نشان داد به ازای اعداد فرود و دبی های آبگیری مختلف همواره پس از زمان تعادل یک پشته رسوبی در جداره داخلی نیمه اول قوس و یک پشته رسوبی دیگر در جداره داخلی نیمه دوم قوس و پایین دست آبگیر بوجود می آید اما با کاهش عدد فرود توسعه عرضی فرم های بستر بیشتر شده و ابعاد آنها نیز افزایش می یابد.

---

طراحی آبگیرها به عنوان یکی از سازه‌های انحراف جریان، همواره مورد علاقه مهندسین هیدرولیک بوده است. نکته حائز اهمیت در طراحی آبگیرها، انحراف بیشترین جریان همراه با کمترین رسوبات می‌باشد. جانمایی آبگیر در قوس خارجی رودخانه‌ها یکی از روش های کاهش رسوب ورودی به آبگیرهاست اما به هرحال به خاطر الگوی خاص جریان در آبگیرها و بخصوص در مواقع سیلاب مقداری رسوب وارد آبگیر خواهد شد. صفحات مستغرق از جمله سازه‌هایی هستند که می توانند در دهانه آبگیرها بکار گرفته می شوند تا با ایجاد جریان ثانویه، رسوبات را از جلوی دهانه آبگیر دور نمایند. صفحات مستغرق تاکنون بیشتر به منظور تثبیت قوس خارجی رودخانه‌ها و کنترل رسوب در آبگیری از مسیرهای مستقیم استفاده گردیده‌اند و مشخصات طراحی این صفحات بر اساس کاربردهای فوق بدست آمده است. در این تحقیق با استفاده از روش تزریق رسوب روی بستر صلب، به تعیین مشخصات طراحی صفحات مستغرق با آرایش ۲ ردیفه در کنترل رسوب ورودی به آبگیر جانبی واقع در موقعیت ۱۱۵ درجه از یک قوس ۱۸۰ درجه و جانمایی آنها پرداخته شده است. نتایج نشان می دهد بهترین ارتفاع برای صفحات مستغرق، ۳۳/۰ عمق جریان می باشد. زاویه مناسب صفحات نسبت به شعاع قوس در هر نقطه ۲۰ درجه می باشد. مقدارمناسب برای فاصله اولین ردیف صفحات از دیواره خارجی قوس ۲ برابر ارتفاع صفحات و مقدار مناسب برای فاصله عرضی صفحات، ۵/۱ برابر ارتفاع صفحات بدست آمد. با زیگزاک کردن آرایش دو ردیفه، پیوستگی طولی بین صفحات از بین می رود و مقدار رسوب ورودی به آبگیر افزایش می یابد.

---

انتخاب دقیق محل آبگیری از قوس رودخانه‌ها و زاویه مناسب انحراف آبگیر، از عوامل اساسی در کاهش رسوبات وارده به سیستم انحراف و آبگیری است. در این تحقیق با تدوین یک متدولوژی جدید شبیه سازی-بهینه­سازی بر مبنای مدل بهینه­سازی الگوریتم ژنتیک چند هدفه (NSGAII)، مدل عددی FLUENT و مدل شبکه عصبی (ANN)، موقعیت و زاویه بهینه آبگیر جانبی در یک کانال U شکل بگونه ای تعیین‌ گردید که مقدار رسوب ورودی به آبگیر جانبی، کمینه و میزان دبی آبگیری بیشینه شود. بدین منظور، ابتدا میدان جریان و رسوب در کانال U شکل با آبگیر جانبی در تعداد محدودی از موقعیت های مختلف قوس، زوایای آبگیری مختلف و با دبی های آبگیری متفاوت توسط مدل فاز گسسته در نرم افزار FLUENT شبیه سازی گردید. سپس برمبنای نتایج حاصل از مدل عددی FLUENT، یک فرامدل جهت پیش‌بینی میزان رسوب انحرافی به آبگیر جانبی در کانال قوسی به ازای موقعیت، زاویه آبگیری و دبی آبگیری مورد نظر در مدل ANN ارائه شد. با اتصال مدل بدست آمده از ANN به مدل بهینه­سازی الگوریتم ژنتیک چند هدفه (NSGA-II)، جبهه پارتو شامل فهرستی از موقعیت‌ها و زاویه‌های بهینه آبگیر جانبی متناظر با مقادیر بهینه توابع هدف (حداکثر دبی آبگیری و حداقل رسوب انحرافی به آبگیر جانبی) و محدودیت‌های آن در کانالU  شکل بدست می‌آید. در نهایت با استفاده از روش تصمیم گیری چند معیارهTOPSIS ، بهترین گزینه از بین گزینه‌های موجود در جبهه پارتو بدست می‌آید. نتایج نشان می‌دهد مقدار زاویه آبگیری بهینه بدست آمده برابر با ۳۸ درجه و موقعیت بهینه بدست آمده برابر با ۱۲۷ درجه می‌باشد.