جستجو در مقالات منتشر شده
۷ نتیجه برای آپتامر
سمیرا انباری‌میبدی، ساره ارجمند، حمید راشدی، سید امید رعنایی‌سیادت، محمد پوریعقوبی،
دوره ۹، شماره ۳ - ( ۶-۱۳۹۷ )
چکیده
اهداف: هپاتیت B عفونت ویروسی است که میتواند منجر به مشکلات جدی کبدی شود. برای تولید واکسن هپاتیت B از آنتیژن سطحی ویروس هپاتیت B (HBsAg) که به‌صورت نوترکیب تولید میشود، استفاده میشود. هدف پژوهش حاضر شناسایی آپتامر DNAای با تمایل بالا علیه آنتیژن سطحی هپاتیت B با روش تکامل سیستماتیک لیگاند با استفاده از غنی‌سازی نمایی بود.
مواد و روش‌ها: در پژوهش تجربی حاضر با استفاده از روش تکامل سیستماتیک لیگاند از طریق غنی‌سازی نمایی (SELEX( قطعه DNAای با قدرت اتصال بالا علیه HBsAg، جداسازی و توالی‌یابی شد. تمایل این توالی نوکلئوتیدی تک‌رشته‌ای با روش فلوریمتری محاسبه شد. اختلاف جذب اولیه و مقدار باقی‌مانده به‌عنوان معیاری از میزان توالیهای متصل‌شده با کمک نرم‌افزار Prism ۵ به روش رگرسیون غیرخطی، محاسبه Binding-saturation و مدل one site-total انجام و میزان میل ترکیبی (Kd) تعیین شد.
یافته‌ها: نتایج بعد از انجام رویه SELEX و ارزیابی توالی تکثیریافته با ژل آگارز، نمونه کنترل مثبت دارای باندی در محدوده ۷۲نوکلئوتید بود که نشان‌دهنده تکثیر موفق توالی گزینش‌شده با استفاده از آغازگزهای انتخابی بود. میل ترکیبی محاسبه‌شده ۸۱/۵۳نانومولار بود. طی مراحل همسانه‌سازی از روی کلنی‌های موجود واکنش PCR با آغازگرهای اختصاصی آپتامر، حضور قطعه آپتامر در باکتری اشریشیا کلی تایید شد. آپتامر گزارش‌شده دارای ساختار ثانویه پایدار با داشتن انرژی آزاد GΔ کمتر از ۹/۶-کیلوژول و Tm بالاتر از C°۴۵ بود.
نتیجه‌گیری: آپتامر DNAای گزینش‌شده دارای قدرت اتصال بالا به پروتئین هدف (HbsAg) است و میتواند به‌عنوان جایگزینی برای پادتن‌ها، در ستون‌های کروماتوگرافی تمایلی تخلیص HBsAg مورد توجه قرار بگیرد.
مریم منصفی، حمید عرفان‌نیا، رحیم قدری،
دوره ۱۰، شماره ۱ - ( ۱۲-۱۳۹۷ )
چکیده
اهداف: مطالعه برهم‌کنش‌های آنالیت- زیست‌پذیرنده در سطح مولکولی در راندمان طراحی زیست‌حسگرها نقش اساسی دارد. زیست‌حسگرهایی که از آپتامرها به‌عنوان پذیرنده زیستی استفاده می‌کنند، بسیار کارآمد بوده و دارای اختصاصیت بالا و قابلیت استفاده مجدد هستند. آپتاحسگرها می‌توانند در شرایط مختلف داخل بدن یا در شرایط آزمایشگاهی استفاده شوند. هدف از تحقیق حاضر، بررسی تاثیرات غلظت یونی حلال محیطی در اتصال پپتید MUC۱-G و آپتامر anti-MUC۱ است.
مواد و روش‌ها: روش شبیه‌سازی دینامیک مولکولی برای بررسی تغییر برهم‌کنش‌های مولکولی به‌علت تغییرات انتخابی در شرایط حلال، به کار گرفته شده است. نتایج میتواند برای منعکس‌کردن محیط‌های مختلف در آپتاحسگری که از آپتامر anti-MUC۱ S۲.۲ به‌عنوان زیست‌پذیرنده و از پپتید MUC۱–G به‌عنوان زیست‌شناساگر استفاده میکند، به کار گرفته شوند.
یافته‌ها: براساس انرژی‌های اتصال محاسبه‌شده، آپتامر anti-MUC۱ S۲.۲ بالاترین تمایل به پپتید MUC۱–G را در محیط ۰/۱۰مولار سدیم‌کلرید در میان غلظتهای مطالعه‌شده سدیم‌کلرید نشان داده و اسیدآمینه آرژنین در اتصال پپتید-آپتامر نقش کلیدی ایفا می‌نماید.
نتیجه‌گیری: نتایج شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی نشان داد که افزایش غلظت حلال سدیم‌کلرید در محیط باعث کاهش انرژی‌های اتصال می شود و بنابراین تمایل اتصال آپتامر anti-MUC۱ به پپتید MUC۱–G با افزایش غلظت کمتر میشود. دیدگاه به‌دست‌آمده از مدلسازی حاضر انتخاب‌پذیری و حساسیت نسبت به شرایط حلال در مورد MUC۱ را نشان می‌دهد که در توسعه زیست‌حسگرها باید ملاحظه شود.
نصرالله صالح گوهری، زهرا کرمی، فربد محسنی، علی کریم زاده، کتایون صدیقی،
دوره ۱۱، شماره ۱ - ( ۱۲-۱۳۹۸ )
چکیده
سرطان سینه یک عامل پرخطر برای سلامت زنان محسوب میشود که حدود ۲۳ درصد میزان سرطان‌ها و دومین عامل مرگ در بین تمامی سرطان‌ها به شمار می‌رود. به خاطر پرهزینه و زمان بربودن روش های سنجش فعلی سرطان سینه ، نیاز به توسعه روش های حساس تر و اختصاصی ترمی باشد. بیوسنسورها به خاطر پاسخ سریع ناشی از محاسبه مستقیم در مایعات فیزیولوژیکی (بزاق، خون، سرم، شیر و ادرار) حائز اهمیت هستند. بیوسنسورهای برپایه آپتامر نسبت به روش های سنتی برای شناسایی سلول های سرطانی مزیت هایی از جمله سرعت، سادگی و ارزان بودن را دارا می باشند. در این مطالعه، با اتصال دزوکسی ریبوزیم و آپتامر یک روش رنگ سنجی برای شناسایی سلول های سرطان سینه ارائه شد. آپتامرهای MUC۱ و PTK۷ نیز بعنوان آپتامرهای اختصاصی برای اتصال به سلول های سرطانی سینه استفاده شدند. این روش ممکن است نیازی به تغییر DNA و استفاده از برچسب را نداشته باشد که می تواند تشخیص سلول های سرطانی را ساده تر و ارزان تر انجام دهد. نتایج به دست آمده خاطر نشان ساخت که این آپتامرها فعالیت قابل توجهی برای تشخیص سلول های سرطانی را نشان دادند درحالی که در نمونه های کنترل فعالیتی مشاهده نشد. علاوه براین، نتایج نشان دادند که یک رابطه خطی بین مقدار سلول های سرطانی و سیگنال رنگ سنجی وجود دارد. در نهایت، نتایج به دست آمده یک روش ارزان و سهل انجام را برای تشخیص سلول های سرطانی در آینده را خاطر نشان می سازد.
پریسا جهانگشای آبرس، لیلا حسنی، بیژن رنجبر،
دوره ۱۲، شماره ۴ - ( ۹-۱۴۰۰ )
چکیده
AS۱۴۱۱ داُکسیالیگونوکلئوتید چهاررشتهای دارای ویژگیهای ضد سرطانی است که با تمایل بالا و به طور اختصاصی به پروتئین نوکلئولین موجود در سطح سلولهای سرطانی متصل میشود. AS۱۴۱۱ از پتانسیل کاربردی ارزشمندی برای انتقال هدفمند نانوذرات، الیگونوکلئوتیدها، پپتیدها و مولکولهای کوچک دارویی به سلولهای سرطانی برخوردار است. با توجه به اینکه شناخت برهمکنش دارو با مولکول هدف از موارد مهم و ضروری در مطالعات دارویی است، در تحقیق حاضر برهمکنش نوعی حساسگر نوری پورفیرینی به نام TMPYP۴ با آپتامر AS۱۴۱۱ بررسی شد. از روشهای طیف سنجی جذبی، فلورسانس و دورنگنمایی دورانی برای شناسایی نحوه و محل اتصال TMPYP۴ به AS۱۴۱۱ وتغییرات ساختاری حاصل از آن استفاده شد. نتایج نشان دادند که اتصال پورفیرین نامبرده به AS۱۴۱۱ باعث ۱۳ نانومتر جابجایی قرمز و ۵۶ درصد هیپوکرومیسیتی در طیف جذبی میشود؛ همچنین در اثر این اتصال شکل طیف نشری پورفیرین تغییر کرده و از شدت نشر آن نیز کاسته میشود. نتایج مطالعات ساختاری نشان دادند که اتصال TMPYP۴ تغییر قابل توجهی در شکل طیف دورنگنمایی دورانی AS۱۴۱۱ ایجاد نمیکند، اما در غلظتهای بالا منجر به کاهش شدید شدت طیف میشود. بروز این تغییرات در طیفها ثابت میکند که TMPYP۴ از طریق قرار گرفتن در بین صفحات تتراد و یا اتصال به صفحات تتراد انتهایی با آپتامر چهاررشتهای برهمکنش داشته و باعث باز شدن ساختار آپتامر میگردد. در جمعبندی نهایی میتوان گفت که آپتامر AS۱۴۱۱ پتانسیل مناسبی برای انتقال ترکیبات پورفیرینی و انواع حساسگر نوری آنها داشته و میتواند در درمان نوری سلولهای سرطانی مورد استفاده قرار گیرد.
معصومه کردی، سارا قهرمانی،
دوره ۱۳، شماره ۱ - ( ۱۲-۱۴۰۰ )
چکیده
آپتامرها توالیهای تک رشته RNA، DNA و یا پروتئینی با اختصاصیت بالا هستند، که به طیف وسیعی از مولکولهای هدف تمایل اتصال دارند. آپتامرها در زمینه های مختلف مخصوصا پزشکی و تشخیصی کاربرد بالایی دارند و از نظر کاربردشان مشابه آنتیبادی ها هستند. استفاده از آپتامر به جای آنتیبادی مزایای زیادی از جمله قیمت ارزان، طول عمر بالاتر، افزایش قدرت نفوذ به بافت و غیره می باشد. چندین روش برای تولید آپتامر وجود دارد که با روشهای in silico میتوان مراحل تولید آپتامر را کوتاه و ساده تر کرد. با مدلسازی آپتامر میتوان مجموعهای از روشهای in silico مثل مدلسازی، داکینک و دینامیک مولکولی را برای غربالگری و دستیابی به بهترین توالی آپتامر به کار برد. در این مقاله مروری انواع آپتامرها، ساختارها و کاربردهایشان و روشهای طراحی آنها در in silico به صورت مختصر بیان شده است.
کلمات کلیدی: آپتامر، DNA، RNA، پروتئین، in silico
مهدی زین الدینی، ابوالفضل دانش، جواد فدایی کاخکی، نور محمد دانش،
دوره ۱۳، شماره ۴ - ( ۱۱-۱۴۰۱ )
چکیده
آفلاتوکسین B۱ نوعی مایکوتوکسین است که توسط قارچ‌هایی از جنس آسپرژیلوس در حین تولید و نگهداری مواد غذایی ساخته می‌شوند. آفلاتوکسین‌ها دارای اثرات سمی متعدد بر روی بدن هستند که باعث موتاژن، تراتوژن و دارای خاصیت سرطان زایی بالایی هستند که باعث ایجاد سرطان در کبد و سایر اندام‌ها میشود. اگرچه روشهای مرسوم دستگاهی جهت اندازه‌گیری آفلاتوکسینB۱ در مواد غذایی، حساس و دقیق هستند، ولی دارای معایبی همچون زمان تشخیصی بالا، گران قیمت، نیاز به یک کاربر آموزش دیده و ایجاد جواب مثبت کاذب می باشد. بنابراین، توسعه روشهای نوین سنجشی در اولویت پژوهشگران قرار گرفته است. از جمله این روشهای سنجشی، استفاده از زیست حسگر‌ها است که سریع، ساده و مقرون به صرفه‌تر بوده و امروزه مورد استفاده در صنایع غذایی است. در تحقیق حاضر از یک آپتاسنسور نوری رنگسنجی با استفاده از نانوذرات طلا با حساسیت مناسب و انتخابیت بالا برای تشخیص آفلاتوکسینB۱ در سرم و بافر استفاده شده است. برای این منظور نانوذرات طلا به روش احیا HAuCl۴ توسط سدیم سیترات (با اندازه ۱۴,۴۰نانومتر و پتانسیل زتا ۲۷.۵-)، سنتز شد. در این روش از اثر محافظتی توالی DNA در سطح نانوذرات طلا در حضور یا عدم حضور آفلاتوکسین با دخالت نمک با ویژگی تغییر چشمی رنگ استفاده شده است. حد تشخیص این روش ۵۰ نانوگرم بر لیتر و محدوده خطی آن ۲۸۰۰۰-۲۰۰ نانوگرم بر لیتر تخمین زده شد. درنتیجه از آپتاسنسور طراحی شده می توان در جهت شناسایی و غربالگری سریع این توکسین در مواد غذایی آلوده استفاده نمود.
فاطمه بزرگمهر، مهدی زین الدینی، عباس عظیمی فرد، نور محمد دانش،
دوره ۱۴، شماره ۱ - ( ۱۲-۱۴۰۱ )
چکیده
آپتامرها یا پادتن‌های شیمیایی اغلب توالیهای اسیدنوکلئیکی هستند که قادر به اتصال به طیف وسیعی از اهداف متنوع شامل مولکولهای کوچک، مولکولهای بزرگ و سلولها هستند. از جمله مزایای آپتامرها نسبت به پادتن‌ها میتوان به فرآیند تولید برون تنی، امکان انتخاب آپتامرها در برابر مولکولهای سمی و غیرایمونوژن، ذخیره در بازههای زمانی طولانی و هزینه تولید به‌مراتب کمتر نام برد. آپتامرها همچنین می‌توانند به‌راحتی اصلاح و یا تثبیت شوند و سنتز آنها با خلوص و تکرارپذیری بالا همراه است، به طور شیمیایی پایدار بوده و به دلیل ماهیت نوکلئیکاسیدی خود بسیار انعطاف‌پذیرتر از پادتن‌ها بوده و می‌توانند در قالب پروب فانوس مولکولی، ترکیبی از برهمکنش هدف - آپتامر و تکثیر اسیدنوکلئیک را برای دستیابی به محدوده‌های تشخیصی خیلی حساس بکار گیرند. این ویژگیهای جالب‌توجه، آپتامرها را به‌عنوان عناصر تشخیصی منحصربفرد برای ابزارهای تحلیلی همچون حسگرهای زیستی، روشهای رنگسنجی، تشدید پلاسمون سطحی و آزمایشگاه روی تراشه تبدیل کرده است. بااین‌حال، تمام این روش‌ها به کارکنان ماهر و ابزار دقیق مستقر در آزمایشگاه نیاز دارند در نتیجه کاربرد آنها را محدود میکند. دراین‌خصوص سنجش‌های جریان جانبی یا کیتهای نواری و کاغذی نتایج سریع و قابل‌اطمینان را ارائه می‌دهند و تنها نیازمند مداخله کاربر در مرحله افزودن نمونه است. به دلیل سادگی آنها، به طور گسترده در زمینه‌های مختلف از جمله پزشکی، رصد و پایش کیفیت محصولات غذایی و ایمنی محیطی استفاده میشود. در این تحقیق ضمن معرفی آپتامرها، مروری برکاربرد منحصربهفرد آن در سنجش جریان جانبی و آینده این فناوری مورد بررسی قرار می گیرد.
