جستجو در مقالات منتشر شده
۵ نتیجه برای توالی یابی
دوره ۱۱، شماره ۰ - ( ۱-۱۳۸۷ )
چکیده
هدف: توکسوپلاسما گونده ای تک یاخته ای داخل سلولی و عامل ایجاد توکسوپلاسموزیس بوده و دارای انتشار جهانی است. در سال های اخیر پیشرفت هایی در زمینه تهیه واکسن صورت گرفته که منجر به ایجاد پاسخ های محافظت کننده شده است. آنتی ژن GRA۷ با وزن مولکولی ۲۹ کیلودالتون یک آنتی ژن ترشحی گرانولی فشرده است که به وسیله سلول های آلوده میزبان آزاد می شود. در سلول های آلوده به تاکی زوئیت، پروتئین ۲۹ کیلو دالتونی در واکوئل پارازیتوفروز تجمع پیدا می کند. علاوه بر ایمونوژن بودن و کاندیدای تهیه واکسن در تشخیص نیز به کار می رود.
مواد و روش ها: برای این کار ابتدا DNA توکسوپلاسما گونده ای با روش فنل کلروفرم استخراج شده سپس با استفاده از آغازگرهای اختصاصی ژن GRA۷ این قطعه با استفاده PCR تکثیر و در ناقل TOPO کلون شد. پلاسمید کلون شده در باکتری TOP۱۰ ترانسفورم شد. با استفاده از PCR، هضم آنزیمی و توالی یابی کلون مورد نظر تأیید شد.
نتایج: تعیین توالی ژن GRA۷ کلون شده در پلاسمید TOPO نشان داد که قطعه ای ۷۴۹ جفت بازی در این پلاسمید کلون شده است و با سویه RH موجود در بانک ژنی ازنظر توالی نوکلئوتیدی فقط در یک باز تفاوت داشت.
نتیجه گیری: نتایج به دست آمده نشان می دهد که کلون به دست آمده برای ساب کلون کردن در پلاسمیدهای بیانی یوکاریوتی و پروکاریوتی مناسب است.
فاطمه اسدی، حامدرضا گودرزی، جواد ظهیری، محتبی جعفرنیا،
دوره ۱۲، شماره ۲ - ( ۱۱-۱۴۰۰ )
چکیده
معرفی: مطالعه حاضر یک مورد کمای تکرار شونده خانوادگی را گزارش می کند که در آن سه دختر تشنجات سرکش نشان می دادند که منجر به کما میشد. پنل ژنی هدفمند برای صرع با کاربرد توالی یابی نسل جدید بکار برده شد تا واریانتهای مسبب بیماری در بیمارانمان را شناسایی کند.
روش کار: پس از کسب رضایت نامه از بیماران، DNA ژنومی از خون وریدی استخراج شد و سپس برای شناسایی جهشهای مرتبط با صرع)، ابتدا، نواحی رمزکننده و مرزهای اگزون- اینترون از ۷۲ ژن مرتبط با صرع با کاربرد کیت V۴ سیستم غنی سازی هدفمند Sure Selectبه دام انداخته شدند. کتابخانه های کپچر شده روی یک سیستم ایلومنا HiSeq ۴۰۰۰ ،توالی یابی شدند، خوانشهای توالی یابی شده با یک ژنوم مرجع همتراز شدند.ابزار Picard بکار رفت تا خوانشهای مضاغف را حذف کند وفراخوانی واریانتها با کاربرد ابزار آنالیز ژنوم(GTAK) انجام شد. ANNOVAR بکار رفته شد تا واریانتها تفسیر کند، سپس واریانتهایی با فراونی آلل کمتر از ۱% مطابق با پایگاهای دادههای نوکلئوتید مانند dbSNP و هزاره ژنوم، جداسازی شدند. ابزار In silico بکار رفته شد تا بیماریزایی واریانتها را ارزیابی کند.
نتایج: مطابق با پایگاههای داده پیشگویی کننده پاتوژنسیتی ، موتاسیون خاصی یا واریانت از نو در ژنهای مرتبط با صرع یافت نشد، ولی چندین پلی مورفیسم گزارش شدند.
نتیجه گیری: با وجود اینکه برخی واریانتهای یا پلی مورفیسمهایی در ژنهای مرتبط با صرع در بیمارانمان یافت شدند. ولی نتوانست ما را در تشخیص قابل قبول برای این شرایط یاری دهد. تحقیقات بیشتری جهت آشکارسازی علت بیماری ادامه دارد.
زهرا آقایی جشوقانی، رامین حسینی،
دوره ۱۳، شماره ۱ - ( ۱۲-۱۴۰۰ )
چکیده
هدف: پروتئازها از مهمترین آنزیمهای صنعتی محسوب میشوند. معمولاً برای تولید این آنزیمها از باکتریهای جنس باسیلوس استفاده میشود. هدف از این پژوهش همسانهسازی، تعیین توالی، بیان و بررسی بیوانفورماتیکی ژن سرین پروتئاز aprX استخراج شده از باکتری باسیلوس لیکنیفورمیس بود.
مواد و روشها: پس از استخراج DNA باکتریایی، ژن سرین پروتئاز با نام aprX از باکتری Bacillus licheniformis جداسازی و در ناقل pTG۱۹-T و سپس ناقل pET۲۸a(+) همسانهسازی شد و ساختار مولکولی، ویژگیهای بیوشیمیایی و فیلوژنتیکی آن مورد بررسی قرار گرفت و ساختار سه بعدی آنزیم همسانهسازی شده پیشبینی شد. جهت القای بیان ژن نوترکیب سرین پروتئاز از القاگر IPTG استفاده گردید و بیان پروتئین در غلظتهای مختلف IPTG، دماهای مختلف و زمانهای گوناگون مورد بررسی قرار گفت. تأیید بیان ژن aprX توسط آنالیز SDS-PAGE و دات بلاتینگ انجام شد. در ادامه نیز فعالیت آنزیم پروتئاز نوترکیب در دما و pH های گوناگون مورد سنجش قرار گفت.
یافتهها: درستی همسانهسازی به وسیله توالییابی تأیید شد. بر اساس نتایج حاصل از بررسیهای فیلوژنتیکی، توالی پروتئینی به دست آمده شباهت زیادی را با توالیهای سایر باسیلوسها نشان داد. پس از ارزیابی مدلها مشخص گردید که مدلهای ارائه شده توسط نرمافزارهای RAPTORX و I-TASSER مدلهای مطلوبی برای پیشبینی ساختار سه بعدی این پروتئاز هستند. تولید پروتئین نوترکیب با القاء IPTG به میزبان حاوی پلاسمید pET۲۸a-aprX با موفقیت انجام شد. بیشترین مقادیر بیان پروتئین نوترکیب در دمای ۲۵ درجه و طی زمان ۲۰ ساعت و با IPTG ۵/۰ میلیمولار بهدست آمد.
دوره ۱۵، شماره ۸۳ - ( ۱۰-۱۳۹۷ )
چکیده
در سنجش فنوتیپی مجموع ۵۸ باکتری از ۳ نمونه سبزیجات تخمیری جدا گردید. جدایه‌های لاکتیکی براساس خصوصیات فنوتیپی در سطح جنس به صورت ۶۴% Lactobacillus، ۵% Pediococcus، ۴,۵% Leuconostoc و ۲۶.۵% جدایه‌ها غیرقابل تشخیص شناسایی گردیدند. این شناسایی توسط روش مولکولی مستقل از کشت براساس نسل جدید توالی یابی آمپلیکون‌های ژن ۱۶S ribosomal RNA کامل گردید. نواحی V۳ و V۴ از ژن ۱۶S rRNA تکثیر شد و توسط پلتفرم Illumina MiSeq توالی یابی شدند. داده‌ها با نرم افزار BaseSpace و بانک اطلاعاتی greengenes بررسی گردیدند. این آنالیز حضور ۷۷.۱۲% Lactobacillus، ۷.۵۱% Pediococcus، ۵.۶۱% Leuconostoc، ۱.۲۰% Acinetobacter، ۱.۰۰% Enterobacter، ۰.۳۵% Erwinia و ۰.۳۵% Dickeya به عنوان جنس‌های غالب و همچنین ۲.۷۹% باکتری غیرقابل طبقه بندی را در محصول نشان داد. در سطح گونه به صورت ۱۹.۳۲% Lactobacillus brevis ،۱۵.۷۱% Lactobacillus japonicus ، ۱۳.۲۵% Lactobacillus pentosus، ۱۰.۲۶% Lactobacillus senmaizukei، ۴.۶۰% Lactobacillus plantarum، ۲.۶۵% Leuconostoc mesenteroides ،۲.۳۲% Lactobacillus acidifarinae و ۱۷.۲۶% باکتری غیرقابل طبقه‌بندی شناسایی شدند. در سطح شناسایی جنس توسط هر دو سنجش فنوتیپی و مولکولی (NGS) نتایج مشابهی حاصل گردید. در این مطالعه، روش نسل جدید توالییابی در شناسایی کامل جامعه میکروبی شوری سبزیجات با آب گوجه فرنگی آشکار کرد که فلور میکروبی لاکتیکی به عنوان فلور غالب شامل Lactobacillus، Pediococcusو Leuconostoc فرایند تخمیر را هدایت می‌کنند. به‌علاوه باکتریهای غیرلاکتیکی شامل Acinetobacter، Enterobacter، Erwinia و Dickeya نیز می‌توانند نقش مهمی در فرایند رسیدگی شوری سبزیجات با آب گوجه‌فرنگی داشته باشند. باکتری‌هایی پروبیوتیکی نظیر Lactobacillus plantarum، Lactobacillus pentosus، Leuconostoc mesenteroides و Lactobacillus brevis نیز در این فراورده تخمیری شناسایی گردیدند.
دوره ۲۳، شماره ۵ - ( ۱-۱۴۰۰ )
چکیده
مقدمه: آنیون مبدل ۱ (AE۱) که همچنین باند۳ نیز نامیده میشود، یکی از پروتئین‌های فراوان در غشای گلبول قرمز و سلول‌های intercalated لوله‌ای توبولی کلیه با دو ایزو فوم متفاوت (eAE۱ و kAE۱ به ترتیب) است. جهشهای ژن مبدل آنیونی ۱ (AE۱) می‌تواند باعث اسفروسیتوز ارثی (HS) و اسیدوز توبولار دیستال کلیه (dRTA) شود.
مواد و روش ها: در خانواده‌های ایرانی حاضر، پنج بیمار اسفروسیتوز ارثی با علائم مربوط به مشکلات کلیوی که از بیمارستان کودکان علی اصغر (ع) بررسی شده است. یک بیمار مشکوک به dRTA برای تجزیه و تحلیل ژنتیکی با روش تعیین توالی تمام اگزوم (WES)و توالی یابی سنگر استفاده شد. داده‌ها با استفاده از آزمون آماری Wilcoxon signed-rank در نرم افزار SPSS مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت
یافته ها: تظاهرات بالینی و یافته های آزمایشگاهی ۵ بیمار مورد مطالعه در کاهش رشد ، اسپلنومگالی ، عفونت ادرار قابل توجه مشاهده شد همچنین، یکی از ۵ بیمار، نارسایی شدید رشد، کوتاهی قد، عفونت ادراری مکرر و ضعف مشاهده شد. ما ترکیبی از یک واریانت بد معنی (missense variant) هموزیگوت (c ,۲۴۹۴C>T.p.Arg۸۳۲Cys) در ژن SLC۴A۱ و از یک جهش بد معنی هتروزیگوت (c. ۴۶۶C>T .p. Arg۱۵۶Trp) در ژن کد کننده SPTA۱ پیدا کردیم.
نتیجه گیری: این نتایج اهمیت نارسایی کلیه با بیماریهای ارثی اسفروسیتوز را تأیید کرد .ترکیبی از دو جهش در بیمار ۳ به عنوان بیماری اسیدوز توبولار کلیوی دیستال ناقص (idRTA) در بیمار مبتلا آشکار شد. برای اولین بار، مشخصات بالینی و ژنتیکی اسیدوز توبولار کلیوی ناقص دیستال را در بیمار مبتلا گزارش کردیم.
