جستجو در مقالات منتشر شده
۴ نتیجه برای همسانهسازی
صبیحه همتی، فاطمه دهقان‌نیری،
دوره ۹، شماره ۲ - ( ۶-۱۳۹۷ )
چکیده
اهداف: آنتی‌اکسیدان‌های موجود در روغن کنجد شامل توکوفرول‌ها و سزامین ماندگاری آن را در برابر حرارت بسیار افزایش داده است. به‌دنبال افزایش بیان ژن رمزکننده آنزیم سیتوکروم P۴۵۰ (CYP۸۱Q۱)، محتوای سزامین در مراحل مختلف توسعه دانه کنجد افزایش می‌یابد. هدف این پژوهش همسانهسازی، تعیین توالی و بررسی بیوانفورماتیک ژن CYP۸۱Q۱ رقم ایرانی کنجد بود.
مواد و روشها: در پژوهش تجربی حاضر، DNA کل از برگ و ساقه‌های گیاه کنجد رقم کرج ۱ استخراج و ژن هدف به‌وسیله PCR تکثیر شد. همسانهسازی ژن CYP۸۱Q۱ در ناقل دوتایی pBI۱۲۱ انجام شد و درستی همسانهسازی به سه روش هضم آنزیمی، PCR، توالییابی نوکلئوتیدی و خصوصیات بیوانفورماتیک این ژن مورد بررسی قرار گرفت و نمودار راماچاندران مربوط به ساختار سه‌بُعدی این ژن رسم شد.
یافتهها: درستی همسانهسازی تایید شد. نتایج توالییابی DNA، صحت قطعه همسانه‌سازی‌شده را تایید نمود. وزن مولکولی و نقطه ایزوالکتریک پیش‌بینی‌شده این پروتئین به‌ترتیب ۵۷۰۲۱/۳دالتون و ۸/۴۶ بود. ساختار سه‌بُعدی پروتئین دارای زنجیره استروکیمی خوبی بود. نتیجه توالییابی این ژن تفاوت در ۲۳ نوکلئوتید این ژن در کنجد رقم کرج ۱ (شماره دسترسی KP۷۷۱۹۷۴.۱) با توالی گزارش‌شده در بانک ژن NCBI (شماره دسترسی AB۱۹۴۷۱۴.۱) را نشان داد که منجر به ثبت توالی ژن CYP۸۱Q۱ در رقم ایرانی کنجد (کرج ۱) در این پایگاه شد.
نتیجه‌گیری: براساس توالییابی نوکلئوتیدی، ژن هدف دارای ۱۵۲۱جفت‌باز است و در ۲۳ نوکلئوتید با نمونه ثبت‌شده در بانک جهانی NCBI تفاوت دارد. این ژن، پروتئینی به طول ۵۰۶ اسیدآمینه را رمز می‌کند. پروتئین مورد نظر بسیار شبیه با پروتئین ثبت‌شده در پایگاه اطلاعات NCBI است.
شبنم شمع‌ریز، حمیده افقی،
دوره ۱۰، شماره ۲ - ( ۴-۱۳۹۸ )
چکیده
با توجه به کاربرد گسترده پروتئین‌ها در زمینه‌های مختلف علمی و صنعتی و عدم امکان استخراج بهینه و مقرون‌به‌صرفه آنها از منابع طبیعی، بهترین راه چاره برای دستیابی به منبعی نامحدود از این مولکول‌های پیچیده زیستی استفاده از تکنولوژی پروتئین نوترکیب است. طی دهه‌های گذشته پیشرفت‌های حاصل در زمینه مهندسی ژنتیک و دست‌ورزی موجودات مختلف منجر به توسعه شمار زیادی از سیستم‌های بیانی برای تولید انواع مختلف پروتئین‌ها به‌صورت محلول و فعال زیستی شده است. امروزه یکی از مطرح‌ترین سیستم‌های بیان برای تولید پروتئین‌های نوترکیب، ریزجلبک‌ها هستند. ریزجلبک‌ها گروه بزرگی از موجودات فتوسنتزکننده میکروسکوپی هستند که در اکوسیستم‌های آبی زندگی می‌کنند. بیشتر پیشرفت‌ها در این زمینه با استفاده از کلامیدوموناس رینهارتی (Chlamydomonas reinhardtii)، ریزجلبک یوکاریوتی تک‌سلولی و فتوسنتزکننده، به‌عنوان موجود مدل حاصل شده است. در این مطالعه ابتدا سیستم‌های بیانی مختلف و مزایای سیستم کلامیدوموناس رینهارتی مورد بررسی قرار گرفته، سپس به شرح تفضیلی ساختار و چرخه زندگی این جلبک استراتژی‌های موجود برای مهندسی هر سه ژنوم هسته‌ای، کلروپلاستی و میتوکندریایی آن به‌منظور تولید سویه‌های نوترکیب و انواع سیستم‌ها و محیط کشت‌های مورد نیاز برای کشت آن پرداخته و در پایان مراکز کشت و نگهداری ریزجلبک‌ها، از جمله کلامیدوموناس رینهارتی در جهان را معرفی می‌کنیم.
زهرا آقایی جشوقانی، رامین حسینی،
دوره ۱۳، شماره ۱ - ( ۱۲-۱۴۰۰ )
چکیده
هدف: پروتئازها از مهمترین آنزیمهای صنعتی محسوب میشوند. معمولاً برای تولید این آنزیمها از باکتریهای جنس باسیلوس استفاده میشود. هدف از این پژوهش همسانهسازی، تعیین توالی، بیان و بررسی بیوانفورماتیکی ژن سرین پروتئاز aprX استخراج شده از باکتری باسیلوس لیکنیفورمیس بود.
مواد و روشها: پس از استخراج DNA باکتریایی، ژن سرین پروتئاز با نام aprX از باکتری Bacillus licheniformis جداسازی و در ناقل pTG۱۹-T و سپس ناقل pET۲۸a(+) همسانهسازی شد و ساختار مولکولی، ویژگیهای بیوشیمیایی و فیلوژنتیکی آن مورد بررسی قرار گرفت و ساختار سه بعدی آنزیم همسانهسازی شده پیشبینی شد. جهت القای بیان ژن نوترکیب سرین پروتئاز از القاگر IPTG استفاده گردید و بیان پروتئین در غلظتهای مختلف IPTG، دماهای مختلف و زمانهای گوناگون مورد بررسی قرار گفت. تأیید بیان ژن aprX توسط آنالیز SDS-PAGE و دات بلاتینگ انجام شد. در ادامه نیز فعالیت آنزیم پروتئاز نوترکیب در دما و pH های گوناگون مورد سنجش قرار گفت.
یافتهها: درستی همسانهسازی به وسیله توالییابی تأیید شد. بر اساس نتایج حاصل از بررسیهای فیلوژنتیکی، توالی پروتئینی به دست آمده شباهت زیادی را با توالیهای سایر باسیلوسها نشان داد. پس از ارزیابی مدلها مشخص گردید که مدلهای ارائه شده توسط نرمافزارهای RAPTORX و I-TASSER مدلهای مطلوبی برای پیشبینی ساختار سه بعدی این پروتئاز هستند. تولید پروتئین نوترکیب با القاء IPTG به میزبان حاوی پلاسمید pET۲۸a-aprX با موفقیت انجام شد. بیشترین مقادیر بیان پروتئین نوترکیب در دمای ۲۵ درجه و طی زمان ۲۰ ساعت و با IPTG ۵/۰ میلیمولار بهدست آمد.
دوره ۱۵، شماره ۸۱ - ( ۸-۱۳۹۷ )
چکیده
کیموزین حیوانی بـه عنـوان موثرترین آنزیم برای تولید پنیر مطرح است که این امر به دلیل کیفیت بسیار مناسب بافت و عطر و طعم پنیر تولید شده می‌باشد. با توجه به تقاضای روز افزون نسبت به این آنزیم نیاز است در کنار سایر منابع گیاهی و میکروبی از منابع نوترکیب نیز برای تولید این آنزیم استفاده گردد. در این پژوهش به منظور تولید نوترکیب کیموزین، و نیز بهبود بیان ژن کیموزین گاوی در مخمر، ابتدا توالی ژن کیموزین بر اساس کاربرد کدونی (Codon usage) مخمر پیچیا پاستوریس بهینه‌سازی و سنتز گردید. پس از بهینه‌سازی توالی نوکلئوتیدی، شاخص انطباق کدونی (CAI) از ۵۹/۰ به ۷۲/۰ افزایش پیدا کرد در حالی‌که، توالی ژنی ۸۳% با توالی بهینه شده مطابقت داشت. تعداد کدون‌های نادر با فراوانی کم‌تر از ۱۰% قبل از بهینه‌سازی ۴۱ عدد بود که پس از بهینه‌سازی هیچ کدونی با فراوانی کم‌تر از ۱۰% یافت نشد. به منظور انتقال ژن کیموزین A به وکتور بیانی pPIC۹ مخمری، ژن سنتز شده کیموزین با استفاده از آغازگرهای اختصاصی تکثیر و در وکتور PTG-۱۹ همسانهسازی گردید. کلونی‌های نوترکیب از طریق روش غربالگری کلونی‌های سفید-آبی گزینش شدند. ژن کیموزین با استفاده از آنزیمهای Not I و EcoR I از وکتور PTG۱۹-chymA برش داده شده و در وکتور pPIC۹ برش یافته با همان آنزیمها همسانه گردید. کلونی‌های نوترکیب pPIC۹-chymA با استفاده از تکنیک کلونی PCR شناسایی و انتخاب شدند. ماهیت نوترکیبی و درج صحیح ژن کیموزین در وکتور بیانی مخمری pPIC۹ از طریق استخراج پلاسمید و برش با آنزیم برشی BamH I مورد تایید قرار گرفت.
