۸ نتیجه برای واکنش زنجیرهای پلیمراز
سارا شیخی، مهریار امینینسب، بابک صفاری، سپیده عبدی،
دوره ۹، شماره ۱ - ( ۱۰-۱۳۹۶ )
چکیده
اهداف: شناخت ساختار و عملکرد پروتئین آلفا- سینوکلئین میتواند زمینهساز توسعه روشهای درمانی مناسب علیه بیماری پارکینسون باشد. هدف پژوهش حاضر، کلونکردن DNA و بیان پروتئین آلفا- سینوکلئین در باکتری اشریشیاکلی بود.
مواد و روشها: در پژوهش تجربی حاضر، توالی کدکننده آلفا- سینوکلئین موجود در پلازمید نوترکیب pRK۱۷۲، به کمک روش PCR و با استفاده از پرایمرهای مناسب تکثیر شد. DNA سنتزشده توسط آنزیمهای محدودگر SalI وHindIII بریده و در حامل pET۲۸a کلون و پلازمید نوترکیب به روش کلسیم کلراید به سویه بیانی باکتری اشریشیاکلی (BL۲۱) منتقل شد. بیان آلفا-سینوکلئین توسط محلول IPTG القا و بیان پروتئین نوترکیب با روش الکتروفورز SDS-PAGE ارزیابی شد. ردیفسازی توالیها به کمک الگوریتم ClustalW با برنامه BioEdit ۵.۰.۹ صورت پذیرفت.
یافتهها: در محصولات واکنشهای برش آنزیمی DNA و پلازمید pET۲۸a با آنزیمهای محدودگر، اندازه قطعات، نشاندهنده صحت واکنشهای آنزیمی بود. DNA تکثیرشده و پلازمید pET۲۸a مورد استفاده بهترتیب با طولهای ۴۰۷ و ۵۳۶۹ نوکلئوتید بودند. ترجمه حاصل از توالی قطعه کلونشده، تشابه ۱۰۰% با پروتئین آلفا- سینوکلئین انسانی را نشان داد. در بیان پروتئین نوترکیب در قیاس با نمونههای شاهد منفی، افزودن IPTG موجب افزایش بیان پروتئین آلفا- سینوکلئین در تمامی نمونهها بهویژه ۲ ساعت پس از القا شد. بیشتر آلفا- سینوکلئین بیانشده از پلازمید pET۲۸a-alpha-Synuclein بهصورت اجسام گنجانده در باکتری تجمع یافتند.
نتیجهگیری: پروتئین آلفا- سینوکلئین در پلازمید pET۲۸a کلون و تشکیل اجسام گنجانده توسط آلفا- سینوکلئین بههنگام بیان از سامانه pET۲۸a-alpha-Synuclein تایید میشود و راه را بر تولید این پروتئین در مقیاس بالا هموار میسازد.
دوره ۱۱، شماره ۰ - ( ۶-۱۳۸۷ )
چکیده
هدف: علیرغم غربالگری خونهای اهدایی با روشهای حساس مبتنی بر شناسایی آنتیبادی، همچنان خطر انتقال عفونتهای ویروسی وجود دارد. بنابراین طراحی روشهای حساس مبتنی بر شناسایی اسید نوکلئیک مورد توجه قرار گرفته است. هدف از این تحقیق طراحی روشی حساستر در مرحله شناسایی نسبت به روشهای معمول و همچنین تشخیص همزمان عفونتهای ویروس نقص ایمنی اکتسابی تیپ یک و ویروس هپاتیت C در یک نمونه است.
مواد و روشها: پس از طراحی آغازگرها و پروبهای اختصاصی دو ویروس و بهینهسازی روش واکنش زنجیرهای چندگانه، مرحله نشاندار کردن محصول با استفاده ازنوکلئوتیدهای متصل به دیگوگسیژنین انجام شد. محصول بهدست آمده ابتدا به دو قسمت مجزا تقسیم و پس از واسرشت شدن در شرایط قلیایی با پروب اختصاصی مجاور شد. پروبهای حاوی بیوتین انتهایی پس از اضافه شدن به پلیت پوشش یافته با استرپت آویدین متصل شدند. پس از شستشو، آنتیبادی ضد دیگوگسیژنین متصل به آنزیم آلکالن فسفاتاز به چاهکها اضافه شد. در مرحله نهایی شستشو انجام و سوبسترا اضافه شد. با استفاده از روش رنگسنجی نمونههای مثبت و منفی از نظر عفونت قابل شناسایی هستند.
نتایج: ۳۵ نمونه با روش طراحی شده مورد آزمایش قرار گرفتند، که شامل ۲۷ نمونه مثبت و ۸ نمونه منفی تأیید شده و ۴ نمونه پانل استاندارد بودند. هیچگونه نتیجه مثبت یا منفی کاذب مشاهده نشد.
نتیجهگیری: روش طراحی شده دارای حساسیت و اختصاصیت قابل قبولی برای تشخیص عفونت ویروس نقص ایمنی اکتسابی تیپ یک و ویروس هپاتیت C در دوره پنجره میباشد بهعلاوه امکان کمی کردن روش وجود دارد، که در کنترل بیمار و پایش درمان مفید است. همچنین در کنار حساسیت بسیار بالا هزینه و زمان کمتری برای انجام آزمون نیاز است.
دوره ۱۴، شماره ۶۳ - ( ۲-۱۳۹۶ )
چکیده
چکیده
جهت بررسی تطابق نوع گوشت درج شده بر روی برچسب فراوردههای گوشتی با محتویات آنها روشهای مختلفی وجود دارد. یکی از روشهای دقیق و سریع، واکنش زنجیرهای پلیمراز مرکب[۱] میباشد. هدف این تحقیق بررسی اصالت نوع گوشت مصرفی در مقایسه با برچسب درج شده بر روی محصول است.
در این بررسی ۳۵ نمونه از سه برند در شهرهای اصفهان، تهران و تبریز و در سه محصول خام (گوشت چرخکرده)، نیمهفراوری (همبرگر یا کباب لقمه آماده) و فراوریشده (سوسیس) تهیه گردید. بررسیها در سه تکرار و در توالی پرایمرهای ۱۵۳، ۱۴۵، ۲۲۷ و ۱۰۴ جفت باز نوکلئوتیدی به ترتیب جهت شناسایی گونه اسب، الاغ ، خوک و گاو/گوسفند انجام پذیرفت. استخراج DNA با استفاده از کیت استخراجی DNA سیناژن ایران انجام و سپس واکنش زنجیرهای پلیمراز مرکب برای نمونهها انجام شد همچنین برنامهای برای فرایند تکثیر در دستگاه واکنش زنجیرهای پلیمراز به کاربرده شد.
در مجموع از شش ( ۱۷ %) تقلب صورت گرفته چهار مورد (۱۱% ) مربوط به گوشت اسب و دو مورد ( ۶ %) مربوط به گوشت الاغ بوده است. اکثر تقلبات در محصولات گوشتی فراوری شده با برچسب گوشت قرمز در سوسیس ۴۰% و یا ۵۰% بوده است.
یافتههای نشان داد متاسفانه تقلب در فراوردههای گوشتی وجود دارد. وجود این امر مختل کننده سلامت جامعه، مغایر با شرع و اخلاق و برهم زننده اعتماد مردم به نظام تجارت سالم میباشد. لذا اجباری شدن رعایت استاندارد در محصولات گوشتی توسط تولیدکنندگان و نظارت جدی بر آنها ضروری است.
۱. Multiplex-PCR
دوره ۱۵، شماره ۷۵ - ( ۲-۱۳۹۷ )
چکیده
چکیده
تشخیص وجود اجزای خوکی در فرآوردههای غذایی دیگر به ویژه در کشورهای اسلامی و در غذاهای حلال اهمیت زیادی دارد. در این تحقیق از روش واکنش زنجیرهای پلیمراز زمان واقعی بر مبنای سایبرگرین جهت تشخیص DNA خوک در گوشت و مشتقات بسیار فراوری شده خوک مانند ژلاتین و محصولات حاوی ژلاتین استفاده شد. این روش از پرایمرهای جدید اختصاصی که توسط نرم افزار AlleleID۷ طراحی شدهاند را بکار میبرد که قطعهای ۱۱۴ جفت بازی از ناحیه D-loop میتوکندری خوک را تکثیر میکند. پس از بهینهسازی ترکیب مخلوط و برنامه دمایی جهت حداکثر فلوروسانس و حداقل چرخه آستانه، منحنی استاندارد سری رقت تهیه شده از DNA استخراج شده از گوشت خوک، توان تشخیص رقت ۰۰۱/۰ در مقایسه با DNA اولیه را با کارایی ۹۲% نشان داد. اختصاصی بودن روش با آزمایش DNA استخراج شده از گوسفند، گاو، مرغ و ماهی ارزیابی شده و هیچ گونه تکثیری در نمونههای کنترل منفی دیده نشد. جهت ارزیابی این روش در تشخیص مشتقات خوکی در غذاهای بسیار فرآوری شده چند نمونه پودر و ورق ژلاتین انتخاب شدند و روش واکنش زنجیرهای پلیمراز زمان واقعی بر مبنای سایبرگرین در تشخیص تمام آنها موفق بود.
دوره ۱۵، شماره ۷۹ - ( ۶-۱۳۹۷ )
چکیده
محصولات لبنی میتوانند منبع غنی از انواع باکتریهای اسید لاکتیکی با خواص کاربردی فراوان باشند که یکی از این ویژگیها تولید اگزوپلیساکارید است. اگزوپلیساکاریدها پلیمرهایی با وزن مولکولی بالا هستند که از واحدهای قندی تشکیل شدهاند و توسط میکروارگانیسمها به محیط اطراف ترشح میشوند. اگزوپلیساکاریدهای تولیدی قادر هستند به عنوان ماده افزودنی دارای اثرات سلامت بخشی و ویژگی بافت دهندگی مورد استفاده قرار گیرند. در این تحقیق باکتریهای اسید لاکتیکی تولیدکننده اگزوپلیساکارید (کلنیهای موکوئیدی و طنابی شکل) از شیر و ماست گوسفندی تهیه شده از روستای تابعه ارومیه جداسازی و شناسایی شدند. برای این منظور، باکتریهای اسید لاکتیک پس از کشت بر روی محیطهای MRS جامد و M۱۷ جامد و جداسازی بر اساس توانایی تولید اگزوپلی ساکارید جهت بررسی تنوع گونهها ابتدا توسط روشهای فنوتیپی (رنگ آمیزی گرم، تستهای بیوشیمیایی و فیزیولوژیکی) و سپس با استفاده از واکنش زنجیرهای پلیمراز (PCR) شناسایی شدند. ۷ گونه باکتریهای اسید لاکتیک جداسازی شده گرم مثبت، کاتالاز منفی بوده و قادر به تولید بیشترین میزان اگزوپلیساکارید بودند. مقادیر تولید اگزوپلیساکارید باند شده و آزاد که با روش فنل- اسید سولفوریک اندازه گیری شد، به ترتیب ۲/۰± ۲۸/۴۰ تا ۴۷/۰± ۲۶/۶۵ و ۲/۳± ۶۸/۱۰۵ تا ۲/۰± ۳۵/۱۳۶ میلی گرم بر لیتر بود. ماستهای گوسفندی که در استان آذربایجان غربی به صورت سنتی تولید میشوند، حاوی سویههایی با ویژگی تولیدکنندگی اگزوپلیساکارید هستند که میتوانند پتانسیل کاربردی در صنعت لبنیات داشته باشند.
دوره ۱۶، شماره ۸۹ - ( ۴-۱۳۹۸ )
چکیده
مطالعه جمعیت میکروبی مواد غذایی از نظر بهداشت، فساد و فناوری تولید مواد غذایی، مهم میباشد. از آنجایی که برداشت، درجهبندی و بستهبندی خرما (Phoenix dactylifera L.) اغلب به صورت دستی انجام میشود، حضور باکتریهای با منشاء انسانی در آن دور از ذهن نیست. از طرف دیگر میکروبهای موجود در خرما، بخصوص ارقام با رطوبت بالا، علاوه بر اینکه میتوانند عاملی برای ترشیدگی تلقی شوند، ممکن است در تخمیر و تولید سرکه مفید باشند. در این پژوهش هفت رقم خرما از جنبه جمعیت میکروبی و ویژگیهای شیمیایی بررسی شد. ماده خشک و اسیدیته ارقام مختلف خرما به ترتیب بین ۷۲ تا ۸۶ درصد و ۰۶/۰ تا ۷۸/۰ درصد متغیر بود. باکتریهای جدا شده، با کمک تکثیر ناحیه ۱۶S rDNA، تحلیل برش آنزیمی DNA ریبوزومی تکثیر یافته (ARDRA)، توالییابی و در نهایت مقایسه ژنهای ۱۶S rRNA، شناسایی شدند. نتیجه این پژوهش بر حضور استافیلوکوکوس اپیدرمیدیس، ائروکوکوس، باسیلوس و لوکونوستوک مزنترویدس در ارقام خرمای محلی دلالت داشت.
دوره ۱۸، شماره ۱۱۷ - ( ۸-۱۴۰۰ )
چکیده
فساد در محصولات لبنی میتواند توسط انواع مختلف میکروارگانیسمها از جمله باکتریها، مخمرها و کپکها صورت گیرد. با توجه به تولید مایکوتوکسینها توسط برخی از کپکها در محصولات لبنی، شناسایی نوع فساد کپکی به منظور اتخاذ روش مناسبی جهت جلوگیری از بروز چنین فسادی بسیار حائز اهمیت است؛ لذا در مطالعه حاضر، ۳۰ نمونه دوغ آلوده با علائم فساد مانند تورم، بوی بد و طعم تلخ از یک کارخانه لبنی در طی یک سال جمع آوری شد. براساس نتایج بدست آمده بر پایه روشهای مبتنی بر کشت، تنها در دو نمونه، آلودگی به کپک مشاهده گردید. در مجموع ۴ جدایه کپکی، پس از خالصسازی، براساس مشاهدات ماکروسکوپی، مشخصات میکروسکوپی و نیز روش مولکولی PCR شناسایی شدند. ۳ جدایه آسپرژیلوس فلاووس، و یک جدایه به عنوان پنیسیلیوم کریزوژنوم تشخیص داده شدند. با توجه به قابلیت توکسینزایی گونههای شناسایی شده، پایش نقاط بحرانی خط تولید دوغ به منظور کنترل فرایند تولید و جلوگیری از آلودگیهای ثانویه به منظور دستیابی به محصولی سالم بسیار حائز اهمیت خواهد بود.
دوره ۲۰، شماره ۸ - ( ۵-۱۳۹۹ )
چکیده
تحقیقات بر روی DNA در تشخیص، کنترل و درمان بسیاری از بیماریها ازجمله سرطان اهمیت ویژهای دارد. امروزه استفاده از واکنش زنجیرهای پلیمراز دیجیتال قطرهای (ddPCR) برای آزمایشات مختلف بر روی DNA توجه محققان زیادی را جلب کرده است. برای انجام ddPCR به تعداد زیادی قطره با ابعاد میکرونی نیاز است. در مطالعه حاضر، یک سیستم ddPCR با استفاده از تراشه میکروفلوئیدیکی طراحی، ساخته و ارزیابی شد. این سیستم شامل یک تراشه میکروفلوئیدیکی برای تولید قطره و یک دستگاه تامینکننده چرخههای حرارتی مورد نیاز در PCR است. تولید قطره در ریزتراشه بهصورت سهبعدی شبیهسازی شد. نتایج شبیهسازی اعتبارسنجی شد. خطای متوسط در شعاع قطرات تولیدشده حدود ۵% است. دستگاه چرخه حرارتی ساختهشده، دمای تراشه را با دقت ۱/۵±درجه سانتیگراد کنترل میکند. فرآیند PCR درون تراشه با اعمال ۲۵ چرخه حرارتی با موفقیت انجام شد. در اکثر قطرات خاصیت فلورسنت مشاهده شد که اثبات میکند دستگاه چرخه حرارتی شرایط تکثیر DNA را در آزمایشگاه بهخوبی فراهم کرده است. تصاویر پردازش و سطوح مختلف نور فلورسنت در قطرات شناسایی شد. ضریب تغییرات قطرات انتخابشده در برنامه پردازش، برابر با ۲/۵% است که در مقایسه با حالت قابل قبول برای این نوع سیستمها (کمتر از ۸%) دقت مطلوبی را ارایه میدهد. نتایج بهدستآمده از این دستگاه کاملاً بومی، میتواند در زمینههای متعددی ازجمله تشخیص سرطان، بررسی بافت سرطانی و ارزیابی موفقیت عمل بافتبرداری استفاده شود.