جستجو در مقالات منتشر شده
۵ نتیجه برای پایگاه داده
دوره ۳، شماره ۲ - ( ۶-۱۳۹۸ )
چکیده
استفاده از ابزارهای مهندسی ژنتیک برای تولید سویه صنعتی خصوصا از میکروارگانیسمهای کمتر شناخته شده همچون سیانوباکترها همواره با محدودیتهایی مواجه است. در این تحقیق، از یک روش سیستمی به کمک دانش بین رشتهای زیستشناسی سامانهها برای طراحی محیط کشت بجای طراحی سویه استفاده شد و توانمندی آن در افزایش تولید اتانول توسط سیانوباکتر سینکوسیستیس sp. PCC ۶۸۰۳ مورد ارزیابی آزمایشگاهی قرار گرفت. در این روش، مواد با هدف تنظیم فعالیت آنزیمهای هدف نه با هدف مصرف توسط سلول به محیط کشت افزوده میشوند و بنابراین محیط کشت طراحی شده، محدودیتهای درون سلولی برای تولید محصول زیستی را برطرف میکند. یک مدل متابولیکی برای تعیین حداقل میزان ترشح اتانول و شناسایی ژنهایی که کاهش یا افزایش بیان آنها این حداقل میزان را افزایش میدهند، بکار رفت. سپس، تنظیم کنندههای آنزیمهای بیان شده توسط ژنهای هدف از پایگاه داده Brenda استخراج شد و اثر آنها بر تولید به طور تجربی ارزیابی شد و طراحی آزمایش برای بهینهسازی غلظت ترکیبات انتخاب شده انجام شد. در میان ترکیبات شناسایی شده، دو مهار کننده (اسید سالیسیک و کلرید جیوه) و یک فعال کننده (پیروات) برای افزودن به محیط انتخاب شدند و غلظت آنها با استفاده از روش طرح مرکب مرکزی بهینهسازی شد. محیط کشت تنظیمی پیشنهادی تولید اتانول توسط سینکوسیستیس را از ۳۵۲ به ۱۱۱۶ میلیگرم بر لیتر افزایش داد که نشان دهنده اثربخشی ترکیبات تنظیمی اضافه شده بر متابولیسم است. روش سیستمی پیشنهاد شده میتواند در طراحی محیط کشت دیگر محصولات مهم صنعت زیستفناوری کشور همچون پروتئینهای نوترکیب کاربرد داشته باشد.
عباسعلی امام جمعه، حسین ادیم، جواد ظهیری،
دوره ۱۰، شماره ۲ - ( ۴-۱۳۹۸ )
چکیده
مهندسی هدفدار ژنوم تغییر دقیق ژنوم در بسیاری از موجودات زنده با استفاده از نوکلئازهای مهندسیشده که امروزه بهعنوان یک تکنولوژی نوظهور با قابلیت و قدرت بالا مطرحشده، است. همه ابزارهای مهندسی ژنوم مبتنی بر ایجاد شکست دورشتهای (DSBs) در جایگاه هدف و سپس ترمیم متعاقب آن از طریق یکی از دو مسیر نوترکیبی همولوگ (HDR) یا اتصال انتهاهای غیرهمولوگ (NHEJ) هستند که از این طریق قادرند تا تغییرات ژنتیکی مورد نظر و دلخواه را ایجاد کنند. ابزارهای اصلی ویرایش ژنوم شامل اندونوکلئازهای انگشتروی (ZFNs)، اندونوکلئازهای افکتور شبهفعالکننده رونویسی (TALENs) و سیستم کریسپرکاس/Crispr)Cas۹)هستند. این قبیل ابزارها با ایجاد تغییرات دقیق در اطلاعات ژنتیکی برای اهداف مختلف، تحول بزرگی را در علوم مختلف بهخصوص پزشکی، تحقیقات بیولوژیک و بیوتکنولوژی ایجاد نمودهاند. بهبود بیماری نقص ایمنی اکتسابی (AIDS) از طریق تخریب ژن CCR۵ با میانجیگری ZFN یکی از مثالهای شاخص بهمنظور نشاندادن قابلیت بالای ZFNs در ویرایش ژنوم است. تغییر ژنوم در موجودات زنده غیرمدل با پیدایش TALENs در سال ۲۰۱۰ امکانپذیر شد. سپس در سال ۲۰۱۳، سیستم CRISPR/Cas۹ باعث شد تا دوره جدیدی از تحقیقات مربوط به ویرایش ژنوم آغاز شود، بهطوری که از آن بهعنوان انقلابی در بیولوژی یاد میشود. همچنین بهزودی ویرایش ژنوم امکان درمان بیماریهای ژنتیکی را نیز فراهم خواهد آورد. چشمانداز ویرایش ژنوم در تولید محصولات و دامهای با ویژگیهای مفید نیز امیدبخش است. بهعنوان مثال میتوان به تولید قارچ خوراکی مقاوم به قهوهایشدن اشاره نمود، که این محصول با غیرفعالکردن ژنهای کدکننده پلیفنولاکسیداز تولید شده است. تولید کلزا و برنج مقاوم به علفکش با سیستم CRISPR/Cas۹ نیز از این موارد است. این قبیل محصولات تحت عنوان محصول ویرایششدهای که تراریخته (GMOs) نیستند، شناخته شدهاند. در این مرور به ابزارهای اصلی ویرایش ژنوم، خلاصهای از کاربرد آنها در بهبود محصولات زراعی و نسل آینده اصلاح گیاهان زراعی و منابع اصلی محاسباتی آنها پرداخته خواهد شد.
دوره ۱۴، شماره ۳ - ( ۹- )
چکیده
در عصر اطلاعات، دادهها که سرمایههای ارزشمند افراد، سازمانها و دستگاهها محسوب میشوند از چنان پیچیدگیهایی برخوردار شدهاند که رهیافتها و روشهای مرسوم سنّتی دیگر قابل استفاده نبوده، یا حداقل کارامد نیستند. این قبیل پیچیدگیها که به نام مسئله کلان داده شناخته میشود، استخراج مقرونبهصرفه ارزش نهفته در مجموعه دادههایی است که کابردهای نوین (نظیر کسبوکار الکترونیک، پژوهشهای علمی، پایش، موتورهای جستجو، شبکههای اجتماعی، و مراقبت سلامت) با آنها مواجه هستند. پیچیدگیهای کلان دادهها با سه بُعد اصلی زیر معرفی میشود: حجم بالا، تنوع بالا، و سرعت بالا (که به ۳Vs هم مشهور است). اولین و اساسیترن گام در مدیریت دادهها (از جمله مدیریت کلان دادهها) طراحی و بهکارگیری یک مدل داده مناسب، به عنوان سنگِبنای سایر اقدامات مدیریت دادهها (نظیر تحقیق و توسعه زبانهای پایگاه داده، سیستم مدیریت پایگاه داده، ابزراها، روشها، الگوریتمها و غیره) میباشد.
در این مقاله، یک مدل داده مناسب برای کلان دادهها طراحی و ارائه شده است که در آن ویژگیها و خصیصههای لازم برای مسئله کلان دادهها (شامل یکپارچگی، کاملبودن، مقیاسپذیری، انعطاف، سازگاری، و موثربودن) لحاظ شدهاند. به عنوان یک مدل داده، بازنمایش دادهها طراحی شده و قیدهای جامعیت ضمنی برای مدل داده ابر گراف تودرتو HNG) ) ارائه شده است. نتایج ارزیابی عملی نشان میدهد که مدل داده پیشنهادی از مدلها دادهای که در حال حاضر استفاده میشوند (نظیر مدل سندمبنا، گرافی، و گرافی سندمبنا) از نظر زمانپاسخگویی عملکرد بهتری دارد.
محمد ستاری کیکله، محمد ناصح طالبی، مهدی فخیمی کامران، فرزانه زرین، شادی اکبری،
دوره ۱۴، شماره ۴ - ( ۶-۱۴۰۲ )
چکیده
با گسترش روزافزون امواج الکترومغناطیسی در محیط زندگی، نگرانی در مورد اثرات مضر این امواج بر سلامت انسان افزایش یافته است. هرچند، مطالعات زیادی در مورد اثرات زیستی پرتوهای غیریونیزان انجام شده است، اما هنوز در مورد اثرات این تابشها به طور ویژه بر سیستم عصبی قطعیت وجود ندارد. نتایج بدست امده از مطالعات در مورد اثرات این تابش ها اختلاف زیادی دارند وحتی نتایج متضاد هم گزارش شده است. بر اساس نتایج منتشر شده، هنوز نمیتوان نتیجه گرفت که آیا پرتوهای الکترومغناطیسی غیریونیزان به سیستم عصبی آسیب میرساند یا خیر. هدف از این مطالعه بررسی و تحلیل مقالات منتشر شده درباره اثرات تابش الکترومغناطیسی غیریونیزان بر سیستم عصبی جهت استخراج دادههای کمی از اثرگذاری این امواج میباشد. در ابتدا مقالات منتشر شده در پایگاه داده ORSAA بررسی شده و به دو دسته پارامترهای سلولی و مولکولی و پارامتر های عصبی و شناختی تقسیم شدند. نتایج به دست امده از بررسیهای و آنالیزهای کمی مقالات موجود در پایگاه دادهORSAA نشان داد، در دسته پارامترهای سلولی و مولکولی امواج الکترومغناطیس غیر یونیزان بیشترین اثر گذاری را بر تغییر فعالیت آنزیمها و آسیب به پروتئین ها با ۴۱۸ مورد دارند. همچنین در دسته پارامتر های عصبی و شناختی امواج بیشترین اثر گذاری را بر رفتار و اثرات شناختی با ۱۷۱ مورد گزارش شده، دارند.
دوره ۱۵، شماره ۴ - ( ۱۱- )
چکیده
در این کار، ما روش MRE۲C برای طبقهی بندی دادههای چند رابطهای تعریف کردهایم. دادههای چندرابطهای در پایگاهدادههای رابطهای ذخیره میشوند که شامل چندین رابطه میباشد که به یکدیگر بوسیلهی اتصالات ارتباط-موجودیت متصل شدهاند. MRE۲C چندین زیر مجموعه از ویژگیها را از پایگاه دادههای رابطهای میسازد و سپس طبقهبندهای سنتی را به عنوان طبقهبند پایه اعمال میکند. در نهایت با استفاده از یک روش دو مرحلهای ترکیب طبقه بندها، نتایج طبقهبندهای پایه را با هم ترکیب میکند. در گام اول ترکیب، از یک روش رایگیری محلی استفاده میکند تا ویژگیهای متا را ایجاد کند و سپس طبقه بند متا را یاد میگیرد تا نتایج طبقهبندهای پایه را با هم ترکیب کند. تست روی دو پایگاه دادهها و شش کار یادگیری انجام میشود. روش پیشنهادی با روشهای طبقه بند چند رابطهای معروف که هر یک از رویکردهای متفاوت استفاده میکنند تا به تنظیمات دادههای چند رابطهای رسیدگی کنند، مقایسه میشود. در نهایت نشان داده خواهد شد که روش پیشنهادی نتایج امیدبخشی در این تجربهها بدست میآورد