۴۷ نتیجه برای پپتید
سهیلا طالش ساسانی، بهرام محمدسلطانی، مهرداد بهمنش، ناصر صفایی،
دوره ۴، شماره ۲ - ( ۷-۱۳۹۲ )
چکیده
چکیده- سوختگی غلاف برنج که توسط قارچ Rhizoctonia solani ایجاد میشودیکی ازمخرب ترین بیماری های برنج درسرتاسرجهان است. روش متداول مبارزه بااین بیماری استفاده ازقارچ کش هااست که مشکلات جدیدی درپی دارد. بنابراین آشنایی با مکانیسم های سلولی ومولکولی میانکنش ما بین پاتوژن ومیزبان درمدیریت بیماری وبه کارگیری روش های موثر کنترل بیماری ضروری می باشد. دراین تحقیق باا ستفاده ازابزار بیوانفورماتیک وRT-PCR ژن کدکننده پروتئین پیتا(Pita)درسه سویه جغرافیایی مختلف، R۱, A۲ وT۲ ازایران، شناسایی شد . توالی های ابتدای ' ۵ ازژن پیتا درسویه های موردمطالعه درنواحی اینترونی ۱۰۰٪ ودرنواحی اگزونی ۹۹٪ تشابه داشتندکه احتمال دخا لت این ژن دربیماری زایی را مطرح می سازد. ازسوی دیگر احتمال ترشحی بودن آن با استفاده از مطالعه بیوانفورماتیک و نرم افزار SignalP پیش بینی شد که باتوجه به شباهت زیاد(۹۸٪) آن با ژن پیتادر Magnaporthe oryzae احتمال افکتور بودن این ژن در ریزوکتونیا را افزایش می دهد. برای اطمینان از این امر، تعیین توالی کامل ژن ومطالعه بیان آن در میانکنش گیاه- پاتوژن پیشنهاد می شود . کلید واژگان: Rhizoctonia solani ، پپتید راهنما، بلاست برنج، افکتور
زهرا حاجی حسن، سید کاظم حسینی، علیرضا زمردی پور،
دوره ۷، شماره ۲ - ( ۷-۱۳۹۵ )
چکیده
پروتئین اکتیوینA متشکل از دو دایمر βA بصورت یک پری-پرو-پروتئین با طول ۴۲۶ آمینواسید سنتز می شود که پس ازحذف بخشهای پری و پرو، پروتئین بالغ با طول ۱۱۶ آمینواسید حاصل میشود. این پروتئین که اولین بار از مایع فولیکولی گوسفند بعنوان یک محرک قدرتمند برای تولید هورمون FSH جداسازی شد، دارای عملکردهای گوناگونی مثل حفظ و بقای سلول های عصبی، آپوپتوز، رشد و تمایز در انسان می باشد. از آنجاییکه پروتئین اکتیوینA دارای کاربردهای متعددی در زمینه پزشکی مانند تمایز سلول های بنیادی، ترمیم زخم، درمان بیماری های تحلیل عصبی مانند آلزایمر و ...است برای اولینبار در این تحقیق در سه سویهی متفاوت باکتری E.coli بیان شد. از آنجاییکه پروتئین مذکور در ساختار فعال و عملکردی خود دارای پیوندهای دیسولفیدی است، محیط احیا کنندهی سیتوپلاسم E.coli برای بیان آن مناسب نمیباشد لذا، محیط اکسید کنندهی پریپلاسم جهت تولید آن همراه با تاخوردگی صحیح مورد توجه قرار گرفت. در این تحقیق، cDNA ژن اکتیوین A انسانی بدست آمده از بانک اطلاعاتی NCBI پس از بهینهسازی رمزه به همراه پپتید نشانه تغییریافته آنزیم آلفا آمیلاز باکتری باسیلوس لیکنی فورمیس بومی ایران در وکتور بیانی pET۲۱b(+)، ساب کون و سپس به روش ترنسفورماسیون به سویههای BL۲۱(DE۳)pLysS ،BL۲۱(DE۳)Rosetta gami و BL۲۱(DE۳) انتقال یافت. پس از بیان همزمان با استفاده از القاگر IPTG ، محتوای پروتئینی استخراج شده از هر سه سویه با استفاده از تکنیکهای SDS-PAGE ، دات بلات و وسترن بلات با یکدیگر مقایسه گردید. نتایج نشان دهنده بیان در هر سه سویه باکتریایی بویژه در Rosetta gamiو DE۳ می باشد.
ریحانه چمنی، سید محسن اصغری،
دوره ۷، شماره ۲ - ( ۷-۱۳۹۵ )
چکیده
اندواستاتین رشد و پیشرفت تعداد زیادی از تومورها را از طریق اتصال به پروتئینهای موجود در سطح سلولهای اندوتلیال و ماتریکس خارج سلولی مانند اینتگرین، هپارین، ماتریکس متالوپروتئیناز۲ و ترانس گلوتامیناز۲ سرکوب مینماید. در سطح اندواستاتین یک موتیف غنی از آرژنین وجود داشته که جهت اتصال به برخی از پروتئینهای مذکور ضروری هستند. نشان داده شده است که پپتید ۲۷ آمینواسیدی مشتق از اندواستاتین مسئول اعمال ضد رگزایی و ضد توموری آن است و جهش هیستیدینهای متصل شونده به Zn فعالیت آن را تا حد زیادی کاهش میدهد. در مطالعه حاضر با توجه به اهمیت لوپ متصل شونده به Zn در انتهای آمین و آرژنین ۲۷ در انتهای کربوکسیل، پپتیدهایی مطابق با این ناحیه و یک فرم جهش یافته حاوی جهش ایزولوسین ۲۶ به آرژنین سنتز شدند و ساختار و میانکنش آنها با ماتریکس متالوپروتئیناز۲ و ترانس گلوتامیناز۲ با استفاده از روشهای طیف سنجی فلوئورسانس، شبیه سازی دینامیک مولکولی و داکینگ مولکولی بررسی گردید. هدف از این مطالعه بررسی اثر کنار هم قرار گرفتن دو آمینواسید آرژنین با بار مثبت بر ساختار و میانکنش این قطعه از اندواستاتین بود. نتایج نشان دادند که قرار گرفتن دو آرژنین کنار یکدیگر در انتهای کربوکسیل موجب افزایش نوسانات در کل ساختار پپتید، تغییر ناحیه لوپ متصل شونده به یون Zn در انتهای آمین و منفیتر شدن انرژی اتصال پپتید به ماتریکس متالوپروتئیناز۲ و ترانس گلوتامیناز۲ میگردد. میتوان چنین استنتاج نمود که دافعه آرژنینهای با بار مثبت در انتهای کربوکسیل موجب القای تغییرات کانفورماسیونی در کل ساختار و بخش لوپ انتهای آمین گردیده است.
دوره ۸، شماره ۳ - ( ۶-۱۳۹۸ )
چکیده
هدف مطالعه حاضر استخراج ژلاتین از پوست فیل ماهی پرورشی در درجه حرارتهای مختلف، سپس آبکافت توسط آنزیم پروتئازی آلکالاز و در نهایت سنجش دامنه وزن مولکولی پپتیدها، ترکیب اسیدآمینه و ارزیابی فعالیت ضداکسایشی آبکافت ها بوده است.
فرحنوش دوستدار، راحله اقدمی، فرامرز مهرنژاد، نادر چاپارزاده،
دوره ۹، شماره ۱ - ( ۱۰-۱۳۹۶ )
چکیده
اهداف: بهدلیل ظهور مقاومتهای دارویی در سلولهای سرطانی علیه داروهای رایج، امروزه توجه زیادی به توسعه داروهای ضدسرطان با مکانیزمهای عملکرد جدید معطوف شده است. پارداکسین یک پلیپپتید نوروتوکسیک با خاصیت دوگانهدوستی است. هدف تحقیق حاضر بررسی برهمکنش پپتید ضدمیکروبی پارداکسین با غشای دولایه DPPC (متشکل از ۱و۲- دیپالمیتوئیل-اسان-گلیسرو-۳-فسفاکولین) مدل با استفاده از شبیهسازیهای دینامیک مولکولی بود.
مواد و روشها: در مطالعه شبیهسازی حاضر شبیهسازیها برای محیطهای غشایی مختلف تحت شرایط pH خنثی طراحی شد. ابتدا سیستم عامل لینوکس برای نصب نرمافزار گرافیکی VMD ۱.۸.۶ (دینامیک مولکولی ویژوال) به کار رفت. سپس نرمافزار گرومکس ۴.۵.۵ برای انجام همه شبیهسازیها استفاده شد. ساختار pdb پپتید مورد نظر (۱XC۰) از بانک اطلاعاتی پروتئین تهیه شد و در شبیهسازی پپتید- لیپید از دولایه لیپیدی DPPC استفاده شد.
یافتهها: در مدت ۵۰۰نانوثانیه شبیهسازی، پپتید به داخل غشا نفوذ کرد. در سیستم DPPC تعداد پیوندهای هیدروژنی بین پپتید و دولایه لیپیدی ابتدا افزایش پیدا کرد و سپس تا پایان شبیهسازی تقریباً ثابت باقی ماند و متناسب با تعداد پیوندهای هیدرژنی بین پپتیدها و آب بهمرور زمان کاهش پیدا کرد. پارداکسین با سطح غشا تماس و به غشا وارد شد. در حضور پپتید، ضخامت غشا و محدوده هر لیپید کاهش ولی ضریب نفوذ غشا افزایش یافت.
نتیجهگیری: مکانیزم عمل پارداکسین به ساختار دولایه غشایی وابسته است، بهطوری که پپتید پارداکسین با سطح غشای دولایه لیپیدی DPPC تماس و به آن وارد میشود.
روح الله قاسمی، هادی هاشم زاده، حمیده رضوی، باقر یخچالی،
دوره ۹، شماره ۱ - ( ۱۰-۱۳۹۶ )
چکیده
مقدمه: هورمون رشد، یک رشته پلیپپتید غیرگلیکوزیله ترشحی از سلولهای غدد هیپوفیز همه مهرهداران است که تنوع وسیعی از فعالیتهای زیستی را دارا بوده و با توجه به اهمیت این هورمون و کاربردهای درمانی مهم و متنوع آن در پزشکی، تولید نوترکیب آن میتواند از درجه اهمیت بالایی برخوردار باشد. در دهههای اخیر، مهندسی پروتئین و مهندسی ژنتیک سبب شده است که میزان بالایی از سطح بیان و تولید این پروتئین در میزبانهای مختلفی از جمله باکتری اشریشیاکلی حاصل شود و با تکنیکهای جدید، خالصسازی و سنجش هورمون تولیدی بهآسانی انجام گیرد. بنابراین هدف پژوهش مروری حاضر، بررسی تولید هورمون رشد انسانی نوترکیب (rhGH) و چالشهای پیش رو انجام گرفت.
نتیجهگیری: از جمله مشکلاتی که در مسیر بیان و تخلیص هورمون رشد انسانی میتوان به تولید اجسام تودهای در بیان پروتئینهای نوترکیب در سیتوپلاسم سلولها، آلودگیهای ناشی از پروتئینهای میزبان، ریکاوری پایین پروتئین از این تودهها، ترشح کم پروتئینها به فضای پریپلاسمی، هزینه بالای تولید مخصوصاً در مرحله تخلیص و غیره اشاره کرد. بهعلت عدم نیاز به گلیکوزیلهشدن این هورمون و نیز راندمان بالا و سادگی کار، سیستمهای باکتریایی مخصوصاً اشریشیاکلی اقتصادیترین و موثرترین سیستمها در بیان پروتیئنهای هترولوگ هستند و میتوان عنوان کرد که باکتری اشریشیاکلی کارآمدترین میزبان برای تولید هورمون رشد انسانی نوترکیب است. مرحله خالصسازی هورمون معمولاً پرهزینهترین مراحل تولید محسوب میشود. از این رو یک طراحی مطلوب بهمنظور داشتن بالاترین میزان ریکاوری پروتئین هدف همراه با حذف همه آلودگیها از محصول نهایی و کاهش مراحل تخلیص مورد نیاز است.
سروش موسسغفاری، مریم نیکخواه، شادی هاتمی، سامان حسینخانی،
دوره ۱۰، شماره ۱ - ( ۱۲-۱۳۹۷ )
چکیده
یکی از چالشهای اصلی درمان بیماریها با نقص ژنتیکی از جمله سرطان، انتقال ناکارآمد مولکولهای دارویی و عدم توانایی آشکارنمودن و ردیابی داروی انتقالیافته به جایگاه هدف است. بنابراین یافتن نانوحاملهایی با اثرات دوگانه انتقال دارو به هسته و ردیابی مولکول درمانگر، اخیراً در اولویت تحقیقاتی محققان این حوزه قرار گرفته است. هدف از این مطالعه، طراحی نانوذرات فتولومینسنت مبتنی بر نقاط کوانتومی گرافن فاقد سمیت و پپتیدهای کایمریک MPG-۲H۱ با قابلیت دوگانه ورود عوامل ژنتیکی کوچک به درون هسته و ردیابی آنها است. در این مطالعه نقاط کوانتومی گرافن (GQD) دارای رنگ نشری سبز توسط روش هامر و سالوترمال سنتز شدند و از طریق اسپکتروسکوپیهای UV-Vis، فتولومینسنت (PL)، رامان و میکروسکوپی SEM مورد بررسی قرار گرفتند. GQDها از طریق میانکنشهای غیرکووالان به پپتیدهای کایمریک MPG-۲H۱ متصل شدند. اتصال به پپتید سبب تغییر پتانسیل زتا به مقادیر مثبتتر شد (از ۶/۳۸- به ۱/۱۱- در کمپلکس ۱، ۶/۹- در کمپلکس ۲ و ۷۴/۵- در کمپلکس۳). نتایج سنجش تاخیری ژل آکریل آمید حاکی از برقراری اتصال بین پپتید و GQDها است. سمیت سلولی GQD و MPG-۲H۱ توسط سنجش MTT بررسی و در نهایت تصویربرداری سلولی انجام شد. نتایج حاکی از پتانسیل بالای ورود کمپلکسهای فاقد سمیت MPG-۲H۱/GQD به سلول بود، در حالی که GQDهای آزاد ورود چشمگیری به درون سلول نشان ندادند.
مریم منصفی، حمید عرفاننیا، رحیم قدری،
دوره ۱۰، شماره ۱ - ( ۱۲-۱۳۹۷ )
چکیده
اهداف: مطالعه برهمکنشهای آنالیت- زیستپذیرنده در سطح مولکولی در راندمان طراحی زیستحسگرها نقش اساسی دارد. زیستحسگرهایی که از آپتامرها بهعنوان پذیرنده زیستی استفاده میکنند، بسیار کارآمد بوده و دارای اختصاصیت بالا و قابلیت استفاده مجدد هستند. آپتاحسگرها میتوانند در شرایط مختلف داخل بدن یا در شرایط آزمایشگاهی استفاده شوند. هدف از تحقیق حاضر، بررسی تاثیرات غلظت یونی حلال محیطی در اتصال پپتید MUC۱-G و آپتامر anti-MUC۱ است.
مواد و روشها: روش شبیهسازی دینامیک مولکولی برای بررسی تغییر برهمکنشهای مولکولی بهعلت تغییرات انتخابی در شرایط حلال، به کار گرفته شده است. نتایج میتواند برای منعکسکردن محیطهای مختلف در آپتاحسگری که از آپتامر anti-MUC۱ S۲.۲ بهعنوان زیستپذیرنده و از پپتید MUC۱–G بهعنوان زیستشناساگر استفاده میکند، به کار گرفته شوند.
یافتهها: براساس انرژیهای اتصال محاسبهشده، آپتامر anti-MUC۱ S۲.۲ بالاترین تمایل به پپتید MUC۱–G را در محیط ۰/۱۰مولار سدیمکلرید در میان غلظتهای مطالعهشده سدیمکلرید نشان داده و اسیدآمینه آرژنین در اتصال پپتید-آپتامر نقش کلیدی ایفا مینماید.
نتیجهگیری: نتایج شبیهسازیهای دینامیک مولکولی نشان داد که افزایش غلظت حلال سدیمکلرید در محیط باعث کاهش انرژیهای اتصال می شود و بنابراین تمایل اتصال آپتامر anti-MUC۱ به پپتید MUC۱–G با افزایش غلظت کمتر میشود. دیدگاه بهدستآمده از مدلسازی حاضر انتخابپذیری و حساسیت نسبت به شرایط حلال در مورد MUC۱ را نشان میدهد که در توسعه زیستحسگرها باید ملاحظه شود.
دوره ۱۰، شماره ۲ - ( ۲-۱۴۰۰ )
چکیده
پیسیدین در از بین بردن میکروارگانیسم ها اعم از باکتری، قارچ، ویروس، انگل طیف گسترده ای دارد و دارای فعالیت قوی ضدتوموری است و در افزایش ایمنی ذاتی نقش دارد و لذا در برابر باکتری ها مقاومت ایجاد نمی کند؛ بنابراین از اهمیت بالایی در آبزی پروری برخوردار است. در این پژوهش کلونینگ ژن پیسیدین ماهی شانک سر طلایی (Sparusaurata) در وکتور pTZ۵۷R/T صورت گرفت. محصول اتصال به سلول های مستعد باکتری E. coli سویه DH۵α منتقل شدند. از تک کلنی های مشاهده شده در پلیت آمپی سیلین، استخراج پلاسمید انجام گرفت. تاءیید صحت تک کلنی های رشد یافته در این پژوهش، با روش های PCR مستقیم و تعیین توالی انجام گردید. قطعه تکثیر شده cDNA ژن پیسیدین ماهی شانک سرطلایی متشکل از ۳۱۰ نوکلئوتید و ۵۷ آمینواسید است. نتایج حاصل از این پژوهش نشان داد که ژن پیسیدین در وکتور pTZ۵۷R/T با موفقیت کلون گردیده است. مقایسه توالی نوکلئوتیدی ژن پیسیدین در این پژوهش شباهت بالایی را با پیسیدین ۵ گونه Morone chrysops نشان داد. مقایسه توالی آمینواسیدی سیگنال پپتید پیسیدین کاملا مشابه با Dicentracin-like همین گونه ثبت شده در بانک ژنی بوده و توالی پپتید بالغ پیسیدین تنها در سه آمینواسید با Pleorocidin-like گونه Poesila farmosa و Dicentracin-like گونه Sphaeramia orbicularis شباهت دارد. این پژوهش می تواند گامی برای مطالعات بعدی پپتید پیسیدین باشد.
دوره ۱۰، شماره ۲ - ( ۲-۱۴۰۰ )
چکیده
در این تحقیق ضایعات سر میگوی وانامی تهیه و بصورت آنزیمی با کمک آنزیم آلکالاز (L ۴/۲( هیدرولیز و با اولترافیلرهای با اندازه چشمه ۱۰ کیلو دالتون فرکشن بندی شد. فرکشن مورد نظر بر اساس روش ژلاسیون یونی (کیتوزان و تری پلی فسفات) در کپسول های نانوکیتوزان بر اساس غلظت های ۱ و ۲ میلیگرم بر میلی لیتر کیتوزان، نسبت های مختلف کیتوزان:تری پلی فسفات و غلظت های مختلف فرکشن پپتیدی شامل ۱، ۵ و ۱۰ میلی گرم در میلی لیتر بهینه سازی شد. درجه هیدرولیز و طول پپتیدهای بدست آمده از هیدرولیز آنزیمی محاسبه شد. اندازه، پتانسیل زتا و متوسط قطر و توزیع اندازه ذرات توسط دستگاه انکسار نور پویا بررسی شدند. ساختار و شکل نانوکپسول ها شامل عکس برداری میکروسکوپ الکترونی روبشی (SEM) و طیف مادون قرمز (FTIR) انجام شد. اندازه ذرات در غلظت ها و تمیار های مختلف متنوع و در محدوده ۳۰ تا ۱۵۰ نانومتر بود. بهترین نتیجه حاصل از بهینه سازی کپسولیشن در تیمار نسبت ۲:۱ کیتوزان به پلی فسفات و غلظت ۱۰ میلی گرم بر میلی لیتر بدست آمد. اندازه، شاخص پراکندگی، پتانسیل زتا و اندازه نانوکپسول ها در شرایط بهینه مورد نظر به ترتیب ۰٫۳۷۵،۲۰۲ و ۱۳/۳۰ نانومتر بودند و شرایط نگهداری در دمای ۲۰- درجه سانتیگراد تاثیر چندانی بر کیفیت نانوکپسول ها نداشت. با توجه به کارایی بالا (۱۸/۰±۰۴/۹۱ درصد) کیتوزان می تواند برای نانکپسوله کردن فرکشن پپتیدی کوچکتر از ۱۰ کیلودالتون مورد استفاده قرار گیرد.
زهره سفری، سارا صعودی، احمد زوارانحسینی، حسن بردانیا، مجید صادقیزاده،
دوره ۱۰، شماره ۴ - ( ۹-۱۳۹۸ )
چکیده
اهداف: یکی از مهمترین اهداف پزشکی بازساختی، تولید بافتهای جایگزین با عملکرد صحیح است. سلولهای فیبروبلاستی یکی از مهمترین انواع سلولها در فرآیند ترمیم هستند که در تشکیل عروق خونی نیز نقش دارند. تحریک سلولهای فیبروبلاستی برای شروع تکثیر و فراخوان دیگر سلولها و همچنین آنژیوژنز نیاز به سیگنالهای بیرونی مناسب دارد. هدف از مطالعه حاضر بررسی اثرات باکتریوفاژ M۱۳ در ترکیب با پپتید RGD روی سلولهای فیبروبلاستی است.
مواد و روشها: برای این مطالعات، ابتدا باکتریوفاژ M۱۳ تکثیر و جداسازی شد. سپس پپتید RGD سنتز و خالصسازی شد در ادامه سلولهای فیبروبلاستی جداسازیشده از موش، روی سطوح پوشش دادهشده با باکتریوفاژ M۱۳، باکتریوفاژ M۱۳ و RGD، ژلاتین و سطوح کنترل بهمدت ۴۸ساعت کشت داده شد. سپس برای اندازهگیری میزان تکثیر و بقای سلولها تست MTT صورت گرفت و پس از آن میزان بیان ژنهای FGF-۲، TGF-β۱ و VEGF-A بهوسیله واکنش زنجیرهای پلیمراز در زمان واقعی (Real-Time PCR) اندازهگیری شد.
یافتهها: نتایج مطالعه حاضر نشان داد که سطح باکتریوفاژ M۱۳ و RGD موجب افزایش تکثیر سلولی و میزان زندهماندن سلولهای فیبروبلاست گشته است. علاوه بر این، بیان ژنهای FGF-۲، TGF-β۱ و VEGF-A در سلولهای فیبروبلاست کشت دادهشده روی سطح باکتریوفاژ M۱۳ و RGD بهطور معنیدار افزایش یافت.
نتیجهگیری: تحقیق حاضر نشان داد که داربستهایی از جنس باکتریوفاژ M۱۳ و پپتید RGD بهدلیل عدم سمیت و زیستسازگاربودن میتوانند کاندید مناسبی برای القای ترمیم و آنژیوژنز در مهندسی بافت باشند.
مینا بحری، صادق حسننیا، بهاره دبیرمنش، همایون حسینزاده،
دوره ۱۰، شماره ۴ - ( ۹-۱۳۹۸ )
چکیده
مقدمه: امروزه ترمیم بافت استخوانی با افزایش اختلالات و آسیبهای استخوانی از اهمیت خاصی برخوردار است. مهندسی بافت استخوان، راهکارهای ویژهای را برای رفع این مشکلات فراهم کرده است. مطالعه حاضر با هدف تخلیص فیوژن پپتید نوترکیب حاوی تگ تمایلی به هیدروکسیآپاتیت با کمک ستون کروماتوگرافی سرامیکی انجام شد.
مواد و روشها: در مطالعه حاضر، نوعی پپتید فیوژن طراحی شد که از یکسو حاوی توالی دمین اتصالی به هپارین بود که میتواند به انواع مختلفی از فاکتورهای رشد دخیل در ترمیم بافت متصل و باعث بهدامانداختن این فاکتورها در محل ضایعه شود و از سوی دیگر حاوی یک تگ بود که شامل توالی بهدستآمده از یک مطالعه آزمایشگاهی مبتنی بر بیان فاژی است. علت قراردادن این تگ، اتصال پپتید به داربست حاوی هیدروکسیآپاتیت و تخلیص پپتید نوترکیب توسط ستون هیدروکسیآپاتیت بود. بنابراین توالی ژن برای بیان در میزبان پروکاریوتی E. coli ﺳﻮﻳﻪ BL۲۱ بهینهسازی و سنتز شد. سپس توسط هضم دوگانه با آنزیمهای SacI و BamHI در وکتور بیانی pET-۲۱a(+) سابکلون شد. بیان پپتید نوترکیب از طریق روشهای SDS-PAGE و وسترنبلات بررسی شد. برای بهینهکردن شرایط تخلیص، با اعمال تغییرات اساسی در روش کار اصلی شرکت سازنده، تخلیص دو مرحلهای انجام شد. این پپتید با تمایل بالایی به ستون متصل و با خلوص قابل قبولی تخلیص شد. در نهایت وجود تجمعات پپتیدی از طریق روش DLS بررسی شد.
یافتهها: نتایج کلونی PCR، هضم آنزیمی با استفاده از آنزیمهای SacI و BamHI و تعیین توالی حاکی از صحت فرآیند کلونینگ بود. از طرفی بیان پپتید فیوژن توسط روشهای SDS-PAGE و وسترنبلات تایید و مهاجرت آن روی ژل باعث ظاهرشدن باندی در حدود ۱۲کیلودالتون شد. تغییرات ایجادشده در روش کار شرکت سازنده باعث شد فرآیند تخلیص بهصورت مطلوبی انجام شود و در نهایت نتایج روش DLS هم خلوص پپتید تخلیص شده را نشان داد.
نتیجهگیری: نتایج نشاندهنده بیان مطلوب و خلوص قابل توجه پپتید فیوژن طراحیشده در این مطالعه است.
دوره ۱۱، شماره ۰ - ( ۶-۱۳۸۷ )
چکیده
هدف: واکسن های DNAیی برای ایجاد ایمنی در مقابل عوامل بیماری زای مختلف اعم از انگل ها و ویروس ها به طور گسترده مورد استفاده قرار گرفته اند. توانایی DNA واکسن برای القای پاسخ ایمنی قوی بستگی به میزان بیان پروتئین کد شده در سلول های یوکاریوتی دارد. بنابراین بهینه سازی روش انتقال DNA پلاسمیدی به عنوان یکی از مراحل مهم در افزایش بیان پروتئین مورد نظر برای پیشبرد واکسیناسیون DNAیی مهم است. اخیراً ناقلین غیرویروسی از قبیل پلیمرها و پپتیدهای کاتیونی به عنوان سیستم های انتقال ﻣﺆثر ژن به داخل سلول های یوکاریوتی شناخته شده اند. در این بررسی، کارایی ترانسفکشن ژن E۷ ویروس پاپیلومای انسانی نوع ۱۶ توسط دو ناقل غیرویروسی در شرایط آزمایشگاهی ارزیابی شد.
مواد و روش ها: ساختار DNAیی کدکننده ژن E۷ ویروس پاپیلومای انسانی نوع ۱۶ (pEGFP-E۷) در مقیاس زیاد با خلوص بالا تهیه شد. سپس از دو سیستم انتقالی شامل پلیمر پلی اتیلن ایمین با وزن ملکولی ۲۵ کیلودالتون و هیبرید پلیمر- پپتید به صورت کونژوگه PEI۶۰۰-Tat برای ترانسفکشن DNA پلاسمید حاوی ژن E۷ در شرایط آزمایشگاهی استفاده شد.
نتایج: در این تحقیق مشخص شد ترانسفکشن ژن E۷ که توسط هر دو سیستم انتقالی پلی اتیلن ایمین ۲۵ کیلودالتونی و PEI۶۰۰-Tat انجام می شود. مقایسه میزان سلول های COS-۷ ترانسفکت شده توسط این دو سیستم انتقالی نشان داد که کارایی پلی اتیلن ایمین به صورت مجزا بیشتر از فرم کونژوگه آن با پپتید Tat است.
نتیجه گیری: در این بررسی نشان داده شد که کارایی ترانسفکشن ژن E۷ با سیستم انتقالی پلی اتیلن ایمین در مقابل سیستم PEI-Tat در شرایط آزمایشگاهی بیشتر است اما باید در نظر داشت که سمیت پلی اتیلن ایمین مانع استفاده از آن در شرایط زنده می شود. بنابراین با توجه به سمیت کمتر سیستم انتقالی PEI۶۰۰-Tat و انتقال ﻣﺆثر DNA پلاسمید توسط آن، بررسی کارایی این سیستم جدید در شرایط زنده دارای اهمیت زیادی است.
دوره ۱۱، شماره ۲ - ( ۳-۱۴۰۱ )
چکیده
در این تحقیق، در ابتدا ماهی پنجزاری باله نارنجی (Leiognathus bindus) توسط آنزیم آلکالاز با نسبت آنزیم به سوبسترای ۱۰۰:۱ به مدت ۳۰۰ دقیقه هیدرولیز و درجه هیدرولیز طی ۵ ساعت اندازهگیری شد. همچنین نمونه هیدرولیز شده در زمان ۲۴۰ دقیقه هیدرولیز توسط غشاهای الترافیلتر با وزنهای ۳، ۱۰ و ۳۰ کیلودالتون جداسازی شد و ۴ جزء پپتیدی بهدست آمد. در ادامه، خاصیت ضداکسیدانی (مهارکنندگی رادیکالهای آزاد DPPH و ABTS) پروتئین هیدرولیز شده در زمانهای مختلف هیدرولیز و همچنین فراکسیونهای پپتیدی اندازهگیری شد. درجه هیدرولیز در زمان ۲۴۰ دقیقه پس از هیدرولیز بالاترین میزان را به خود اختصاص داد (۱۱/۲± ۴۳/۵۵%). پروتئین هیدرولیز شده ماهی دارای مقدار بالایی از اسیدهای آمینه آبگریز بود (۶/۵۰%) که عامل ایجاد خاصیت ضداکسیدانی میباشند. نتایج مهار رادیکال DPPH نیز نشان داد که بالاترین میزان مهارکنندگی در زمان ۲۴۰ دقیقه هیدرولیز مشاهده شد (۴۶/۱± ۵۹/۷۵%). همچنین، جزء پپتیدی با وزن مولکولی ۱۰-۳ کیلودالتون دارای خاصیت مهارکنندگی بالاتری نسبت به سایر فراکسیونها بود (۹۶/۲± ۵۸/۸۰% در غلظت ۵ میلیگرم بر میلیلیتر). بر اساس میزان مهار رادیکال آزاد ABTS، بالاترین میزان مهارکنندگی در زمان ۲۴۰ دقیقه هیدرولیز با میزان ۶۳/۰± ۵۴/۵۰% گزارش شد. همچنین در بین همه اجزای پپتیدی، جزء پپتیدی با وزن مولکولی ۱۰-۳ کیلودالتون به طور معنیداری دارای قدرت مهارکنندگی بالاتری نسبت به سایر اجزای پپتیدی بود (درصد مهارکنندگی ۴۴/۰± ۵۸/۸۴% در غلظت ۵ میلیگرم بر میلیلیتر). نتایج این بررسی نشان داد که پپتیدهای حاصل از هیدرولیز آنزیمی ماهی پنجزاری باله نارنجی میتواند به عنوان یک ضداکسیدان طبیعی در فرمولاسیون غذاداروها مورد استفاده واقع گردد.
دوره ۱۲، شماره ۱ - ( ۱۰-۱۴۰۱ )
چکیده
در مطالعه حاضر، کیسپپتین-۱ ماهی قرمز با استفاده از روش سنتز فاز جامد و بر اساس به توالی ژن کیس-۱ ماهی قرمز (Carassius auratus سنتز شد. سپس جهت بهبود فعالیت زیستی، گروه استیل به باقیمانده تیروزین انتهای آمینی اضافه شد. پپتید سنتز شده (موسوم به ACKiss۱) به روش RP-HPLC خالصسازی و ساختمان آن با استفاده از طیف سنجی جرمی ESI تأیید شد. جهت تعیین فعالیت زیستی، پپتید ACKiss۱، کیسپپتین طبیعی (KISS۱) و هورمون GnRH تجاری رایج به ماهی قرمز تزریق شده و برخی از پارامترهای مهم فیزیولوژی تولیدمثل این ماهی مورد مطالعه قرار گرفت. ACKiss۱ و Kiss۱ با دوز ۱۰۰ میکروگرم بر کیلوگرم وزن بدن ماهی و هورمون GnRH با دوزهای ۱۰۰ و ۲۰۰ میکروگرم بر کیلوگرم وزن بدن تزریق شدند. ۶ ساعت بعد از تزریق خونگیری انجام شد و هورمونهای جنسی در پلاسما اندازهگیری شدند. ۲۴ ساعت بعد از تزریق در یک گروه از ماهیها شاخصهای تولیدمثلی اندازهگیری شد. در گروه دیگری از ماهیها ۲۴ ساعت بعد تزریق بافت تخمدان و مغز برای مطالعات بافتشناسی و بیان ژنهای (cyp۱۹b، gpr۵۴a و kiss۱) جدا گردید. نتایج نشان داد که تغییرات قابلتوجهی در پارامترهای بیوشیمیایی رخ داده است. همچنین، بیان ژنهای kiss۱، cyp۱۹b و gpr۵۴a در نمونه های بافت مغز و هم در بافت تخمدان در تیمار ACKISS۱ نسبت به تیمار Kiss۱ افزایش قابل توجهی را نشان داد. همچنین در بافتشناسی تخمدان مشخص شد که تحت تأثیر کیسپپتین و GnRH تعداد اووسیتهای رسیده بهصورت معنیداری افزایش پیدا کرده است.
نجمه دهقان بنادکی، مجید تقدیر، رضا حسن ساجدی، حسین نادری منش،
دوره ۱۲، شماره ۳ - ( ۶-۱۴۰۰ )
چکیده
خلاصه. گیرنده فریزلد۷ FZD۷)) بهعنوان یک هدف نوظهور برای درمان سرطانهایی است که در آنها مسیر Wnt وابستهبه بتاکاتنین به طور نابه جا فعال میشود. این گیرنده تراغشایی، در بسیاری سرطانها چون سرطان پستان و سرطان تخمدان دچار افزایش بیان میشود و بنابراین هدفگیری اختصاصی آن دارای اهمیت است. از سوی دیگر، یکی از مکانیسمهای پیشنهادی برای تأثیرات ضد سرطانی پپتید نیتریورتیک دهلیزی (ANP) که در ابتدا به عنوان یک هورمون قلبی شناخته شده بود، مهار مسیر Wnt وابستهبه بتاکاتنین از طریق یک فرآیند وابستهبه FZD است، این در حالی است که مکانیسم مولکولی این مهار مشخص نیست. در این مطالعه، ما با استفاده از روشهای محاسباتی شامل مدلسازی، داکینگ و شبیهسازی دینامیک مولکولی و همچنین طراحی یک سیستم سلولی با قابلیت ردیابی سینتیک مسیر Wnt وابستهبه بتاکاتنین، توانستیم مکانیسم تأثیر این پپتید را بررسی کنیم. نتایج محاسباتی ما نشان میدهد ANP میتواند بهطور مستقیم با گیرنده FZD۷ میانکنش دهد و همچنین، جایگاه اتصال آن با دمین انتهای کربوکسیل لیگاند Wnt (Wnt-CTD) دارای همپوشانی است. یافتههای مطالعات خاموشسازی ژن، وابستگی فعالیت مسیر Wnt-بتاکاتنین را در سیستم سلولی به گیرنده FZD۷ تایید میکند. از طرف دیگر، کاهش محتوای بتاکاتنین و در واقع فعالیت مسیر Wnt-بتاکاتنین در سلولهای تیمارشده با Wnt و ANP در مقایسه با کنترل معنیدار است. در نهایت، نتایج ما نشان میدهد پپتید ANP این قابلیت را دارد تا بهعنوان یک چارچوب برای طراحی پپتیدهای اختصاصی، علیه گیرنده FZD۷ به کار رود.
دوره ۱۲، شماره ۴۶ - ( ۲-۱۳۹۴ )
چکیده
چکیده در پژوهش حاضر پروتئین هیدرولیز شده، از امعاء و احشاء گوسفند (معده و روده) با به کارگیری آنزیم آلکالاز (۲,۴ L) تولید شد. اثر متغیرهای دما (۴۰، ۴۵، ۵۰ و ۵۵ درجه سانتیگراد)، زمان (در شش سطح) و نسبت آنزیم به سوبسترا (۳۰، ۶۰ و ۹۰ واحد آنسون)، بر میزان درجه هیدرولیز و فعالیت آنتی اکسیدانی در قالب آزمون فاکتوریل بررسی شد. بیشترین میزان درجه هیدرولیز در ۴۵ درجه سانتیگراد، زمان هیدرولیز ۱۸۰ دقیقه و میزان آنزیم ۹۰ واحد آنسون/ کیلوگرم سوبسترا حاصل شد (p< ۰.۰۵). میزان درجه هیدرولیز تحت شرایط حاصل ۹۲/۳۶% بود. برای ارزیابی فعالیت آنتی اکسیدانی، فعالیت مهار رادیکال آزاد DPPH، قدرت احیاء کنندگی یون فریک و اثر پروتئین هیدرولیز شده بر پایداری روغن سویا اندازهگیری شد.آزمونهای اندازهگیری فعالیت آنتی اکسیدانی در دمای ثابت ۴۵ درجه سانتیگراد انجام شدند. بیشترین میزان فعالیت مهار رادیکال آزاد DPPH و قدرت احیاء کنندگی یون فریک به ترتیب در زمان های ۱۵۰ و ۱۸۰ دقیقه و میزان آنزیم ۹۰ واحد آنسون به دست آمد (P< ۰.۰۵). نتایج نشان می دهد که پروتئین هیدرولیز شدهی امعاء و احشاء گوسفند میتواند به عنوان یک منبع آنتی اکسیدان طبیعی، جایگزین مناسبی برای آنتی اکسیدانهای سنتزی قلمداد گردد.
دوره ۱۳، شماره ۱ - ( ۱۱-۱۴۰۲ )
چکیده
در مطالعه حاضر، ابتدا ضایعات میگوی ببری سبز (Penaeus semisulcatus) توسط آنزیم آلکالاز با نسبت آنزیم به سوبسترای ۱۰۰:۱، تحت شرایط بهینه دمایی (۵۵ درجه سانتیگراد) وpH (۷,۵) به مدت ۱۶ساعت تهیه شد و شاخص درجه هیدرولیز مورد بررسی قرار گرفت. همچنین نمونه هیدرولیز شده در زمان ۳۰۰ دقیقه هیدرولیز توسط غشاهای الترافیلتراسیون با وزنهای ۳، ۱۰ و ۳۰ کیلودالتون جداسازی شد و ۴ جزء پپتیدی بهدست آمد. در ادامه، خاصیت ضداکسیدانی (مهارکنندگی رادیکالهای آزاد DPPH و ABTS) و خاصیت ضد فشار خون پروتئین هیدرولیز شده و فراکسیونهای پپتیدی در غلظتهای مختلف اندازهگیری شد. درجه هیدرولیز طی ۶۰ دقیقه اول پس از هیدرولیز بالاترین میزان را به خود اختصاص داد (۹۵/۰±۸۶/۳۱%). نتایج مهار رادیکال DPPH نیز نشان داد که بالاترین میزان مهارکنندگی برای نمونهی زیر ۳۰ کیلودالتون در غلظت ۱۰ میلیگرم بر میلیلیتر در حدود (۱۵/۰± ۶۱/%۶۹) بود. بالاترین میزان تخریبکنندگی رادیکال ABTS نیز برای نمونهی زیر ۳۰ کیلودالتون در غلظت ۲ میلیگرم بر میلیلیتر (۱۵/۰± ۳۸/۹۹%) مشاهده گردید. سنجش فعالیت مهارکنندگی آنزیم مبدل آنژیوتنسین I(ACE-I) نیز آشکار ساخت اگرچه همه نمونهها توانایی مهارکنندگی ACE را دارا بودند (فعالیت بازدارندگی بین ۵۳-۱۲%)، بیشترین میزان مهارکنندگی متعلق به جزء پپتیدی زیر۳۰ کیلودالتون بود (۵۳,۲۳%). بطور کلی نتایج این بررسی نشان داد که پپتیدهای حاصل از هیدرولیز ضایعات میگوی ببری سبز میتواند به عنوان یک ضداکسیدان طبیعی در فرمولاسیون غذاداروها مورد استفاده واقع گردد.
دوره ۱۳، شماره ۲ - ( ۷-۱۳۸۹ )
چکیده
هدف: واکسنهای متعددی علیه ویروس نقص ایمنی اکتسابی انسان بررسی شدهاند؛ اما هیچکدام از واکسنها بهعنوان واکسن ضد ایدز مورد تأیید قرار نگرفتهاند. یک راهکاری که بتوان پاسخ ایمنی را علیه بیماریزاها تقویت نمود، بهکارگیری یک واکسن چند اپیتوپی است. این استراتژی علیه واکسنهای متعددی بهکار گرفته شده است و پاسخهای ایمنی را بهبود بخشیده است.
مواد و روشها: در این تحقیق یک پپتید الحاقی چند اپیتوپی شامل قسمتهایی از P۲۴ و Nef ویروس نقص ایمنی اکتسابی انسان بهعنوان کاندید واکسن به موشها تزریق شد و سپس پاسخهای ایمنی همورال با سنجش تیتر آنتیبادی کل و تعیین زیرکلاسهای IgG به کمک الایزا مشخص شد. همچنین سنجش پاسخهای ایمنی سلولی با بررسی پاسخهای تکثیری سلولهای طحالی با استفاده از MTT و سلولکشی با روش آزمایش لاکتات دهیدروژناز بررسی شد. در نهایت الگوی سیتوکینهای اینترفرون گاما و اینترلوکین-۴ نیز به کمک الایزا مشخص شد.
نتایج: نتایج پژوهش حاضر بیانگر آنست که واکسن کاندید باعث تحریک پاسخ تکثیری لنفوسیتهای طحالی موش شده و همچنین پاسخهای سلولکشی قدرتمندی را نیز القا نموده است. بررسی پاسخ ایمنی همورال نشان داده است که واکسن کاندید باعث تولید آنتیبادی اختصاصی شده که اغلب از زیرکلاس IgG۲a است. همچنین بررسی الگوی سیتوکینی نشان داده است که ترشح اینترفرون گاما پاسخ غالب بوده است.
نتیجهگیری: بهکارگیری اپیتوپهای ایمونوژن و حفاظت شده از P۲۴ و Nef موجب القای پاسخهای ایمنی همورال و سلولی قدرتمندی شده است و میتوان کاندیدی برای مطالعات بیشتر در مدلهای حیوانی
دوره ۱۳، شماره ۶۱ - ( ۱۲-۱۳۹۵ )
چکیده
چکیده هدف از این پژوهش هیدرولیز آنزیمی پروتئین کنجاله روغنی دانه کدو (Cucurbitapepo)توسط آنزیم پپسین به منظور دستیابی به پپتیدهای زیست فعال دارای حداکثر قدرت ضداکسایش بود. به این منظور در این مطالعه از روش سطح پاسخ[۱] و طرح مرکب مرکزی[۲] با سطوح متغیرهای مستقل: غلظت آنزیم ۲-۱%، زمان هیدرولیز ۵-۲ ساعت و دمای ۴۰-۳۰ درجه سانتیگراد استفاده شد. نتایج نشان داد که پپتیدهای تولیدی در شرایط غلظت ۱% آنزیم، دمای ۳۰ درجه سانتیگراد و زمان هیدرولیز ۲ ساعت نسبت به سایرین قدرت ضداکسایش بیشتری داشتند. میزان خاصیت ضداکسایش پپتیدهای تولیدی در شرایط بهینه (۰۷/۸۲%) تا حدود زیادی مشابه با میزان ارائه شده توسط نرمافزار (۳۱/۸۰%) بود. مقدار R۲ و R۲تعدیل شده برای خاصیت مهار رادیکال ۲و۲ دی فنیل-۱-پیکریل هیدرازیل (DPPH)[۳] به ترتیب ۹۵۲۲/۰ و ۹۰۹۲/۰ توسط نرم افزار تخمین زده شد. بر اساس نتایج بدست آمده، از طریق بهینه سازی شرایط هیدرولیز پروتئین دانه کدو میتوان به پپتیدهای زیست فعال با قابلیت بالای مهار رادیکال DPPH دست یافت.
[۱] .Response Surface Method [۲].Central Composite Design [۳] ,۲,۲-diphenyl-۱-picrylhydrazyl