پیشگویی انعطاف پذیری قطعات پروتئینی با استفاده از پروفایل انرژی

عرب, سید شهریار; صادقی, مهدی; اصلاح چی, چنگیز; پزشک, حمید

پیشگویی انعطاف پذیری قطعات پروتئینی با استفاده از پروفایل انرژی

نویسندگان

سید شهریار عرب ¹

مهدی صادقی ²

چنگیز اصلاح چی ³

حمید پزشک ⁴

¹ نیاوران - میدان شهید باهنر - پژوهشگاه تحقیقات بنیادی (IPM) - پژوهشکده کامپیوتر - گروه بیوانفورماتیک

² اتوبان تهران - کرج - پژوهشگاه ژنتیک - صندوق پستی ۱۴۱۵۵-۶۳۴۳

³ دانشگاه شهید بهشتی دانشکده ریاضی صندوق پستی ۱۹۸۳۹۶۳۱۱۳

⁴ دانشگاه تهران، دانشکده ریاضی آمار و علوم کامپیوتر، قطب بیومت

چکیده

در این مقاله پیشگویی انعطاف پذیری قطعات پروتئینی بر پایه توالی اسید های آمینه آن ارائه خواهد شد. برای تعریف فاکتوری به منظور تشخیص میزان انعطاف پذیری از انرژی دو اسید آمینه متوالی استفاده شد. با استفاده از تحلیل‌ های آماری برروی این انرژی، عددی بین صفر و صد به هر جفت اسید آمینه تعلق می‌گیرد که آنرا عدد انعطاف پذیری می‌ نامیم. در نظر گرفتن اثرات همسایه‌ ها تا چهار همسایه اسید آمینه باعث بهبود پیشگویی انعطاف پذیری قطعات پروتئین می‌گردد. برای ارزیابی پیشگویی انعطاف پذیری قطعات پروتئینی از پروتئین‌ هایی که ساختمان آنها توسط NMR تعیین ساختار شده بود استفاده شد. عدم قطعیت در تعیین ساختار مناطقی که انعطاف پذیری بالایی دارند، مثل سر و ته زنجیره و حلقه‌ها باعث ایجاد مدل‌های مختلف ساختمانی می‌شود. مقایسه بین پیشگویی و پراکندگی زوایا در مدل‌های مختلف همبستگی بالایی را نشان می‌دهد که حاکی از دقت قابل اعتماد روش پیشگویی می‌باشد.

کلیدواژه‌ها

انعطاف پذیری ساختمانی

پیشگویی عملکرد پروتئین

پیشگویی انعطاف پذیری قطعات پروتئین

پیشگویی ساختمان پروتئین