دوره و شماره: دوره 14، شماره 1 - شماره پیاپی 36، زمستان 1401 
بیوتکنولوژی صنعتی

آنالیز حرارتی اثرات اتصال دهندههای لیگنوسلولزی بر بریکت های سوختی با استفاده از ‌روش ‌TG/DTG

صفحه 1-13

علی ابیض؛ الیاس افرا؛ احمدرضا سرائیان

چکیده در تولید بریکت­های سوختی از افزودنی­های متفاوتی با هدف بهیود پارامترهای فنی استفاده می­شود. در تحقیق حاضر دو نوع بایندر لیگنوسلولزی شامل نانوسلولز و لیگنین استفاده شده است. به دلیل ساختار شیمیایی متفاوت و اختلاف ارزش حرارتی هر یک از این دو ماده (لیگنین و نانوسلولز) و اختلاف مکانیسم عملکرد آنها بر بهبود ویژگی­های حرارتی بریکت­های سوختی، به­منظور بررسی محصول نهایی از آنالیز حرارتی با استفاده از آزمون اندازه گیری ارزش حرارتی و نمودارهای TGA و DTA استفاده شده است. نتایج بدست آمده نشان دهنده اثرات مثبت کاربرد بایندرهای سلولزی در بهبود رفتار حرارتی بریکت سوختی می­باشد. آنالیز رفتار حرارتی نشان داد که تیمارهای نانوسلولز 9% و لیگنین 9% به ترتیب با MJ/Kg 85/19 و MJ/Kg 75/25 بیشترین مقدار ارزش حرارتی را نسبت به نمونه شاهد دارند. منحنی بدست آمده از آنالیز توزین حرارتی (TGA) نمونه شاهد و نمونه های تیمار شده با لیگنین و نانوسلولز نشان می دهد که نمونه های تیمار شده دارای نرخ از دست دادن وزن کمتر، نرخ سوختن بیشتر و دمای سوختن بالاتر می­باشند.

بیو انفورماتیک

پیشگویی اثر برازئین وحشی و جهش‌یافته‌های‌ آن در موقعیت آسپارتات 40 بر روی TLR5 با استفاده از روش‌های مدل‌سازی بر مبنای داکینگ مولکولی

صفحه 142-153

وهب جعفریان؛ الهه کریم پور

چکیده امروزه از پپتیدها و پروتئین­های دارای خواص ضدسرطانی، ضد آلرژی و ضدالتهابی برای درمان استفاده می­کنند. برازئین پروتئینی شیرین با 54 باقی­مانده آمینواسیدی است که طبق گزارش‌ها دارای ویژگی­ ضد سرطانی مبتنی بر توالی و ساختار دارد. در این پژوهش نقش آسپارتات موقعیت 40 در ساختار و عملکرد پروتئین برازئین وحشی و جهش‌یافته‌ها و نیز ویژگی ضدسرطانی پپتیدهای حاصل شده بر روی گیرنده TLR5 بررسی شد. ازاین‌رو، چندین مدل از فرم­های جهش­یافته با استفاده از نرم‌افزار Modeller.v.9.20 طراحی و ساخته شد. سپس صحت مدل­ها و ویژگی­های فیزیکی-شیمیایی نوع وحشی و جهش­یافته­های D40N ، D40R و D40Deletion با استفاده از سرور­ها و نرم‌افزارهای بیوانفورماتیکی مختلفی از جمله ProtParam ، ProtScale،SAVES ،PIC ، ModEval، و PredyFlexy مورد ارزیابی قرار گرفت. توالی پروتئین‌ها جهت پیش­بینی خاصیت ضدسرطانی با استفاده از سرورهای ACPred و iACP مورد بررسی و مقایسه قرار گرفت. کیفیت و تحلیل اتصالات پروتئین وحشی‌ و جهش‌یافته­ها به‌عنوان لیگاند با گیرنده TLR5 ایجادکننده مسیر سیگنالینگ ضدسرطانی، به کمک داکینگ مولکولی و با استفاده از نرم­افزار HADDOCK بررسی شد. نتایج بررسی فراسنجه­های بیوانفورماتیکی نشان­دهنده احتمال بهبود پایداری ساختار و عملکرد پروتئین برازئین و احتمال افزایش سطح در دسترس جهت اتصال با گیرنده می­باشند. همچنین بنا بر نتایج حاصل از بررسی داکینگ مولکولی، احتمال اتصال پروتئین برازئین جهش­یافته D40R به گیرنده TLR5 نسبت به دیگر پروتئین­ها بیشتر است و این نشان­دهنده احتمال افزایش خاصیت ضدسرطانی این جهش­یافته می­باشد؛ بنابراین پژوهش، قابلیت ارتقای کارکرد زیستی و دارویی برازئین با ایجاد جهش­های گوناگون در موقعیت آسپارتات 40 وجود دارد.

بیوتکنولوژی مولکولی

بررسی میزان بیان,miR-22 ,miR-194 در نمونه های بافت سرطان کلون و ارتباط انها با lncRNA MINCR

صفحه 28-36

سجاد چراغی؛ حمید اسدزاده

چکیده مقدمه: سرطان کولورکتال (CRC) [1]یکی از مهمترین سرطان ها و دومین علت اصلی مرگ و میر ناشی از سرطان در ایران است. CRCاز طریق تغییرات ژنتیک و اپی ژنتیک گسترش می یابد. شناخت مسیرهای ملکولی در این تغییرات ژنتیکی و اپی ژنتیکی می تواند چشم انداز روشنی را در درمان سرطان ایجاد کند

مواد و روش ها: این مطالعه برروی 40 نمونه زوائد اولیه توموری روده (پولیپ) ، 30 نمونه توموری و40 بافت نرمال مجاور تومورانجام گرفت.استخراج RNA و DNA بافتی، بررسی بیان ژنهای ,miR-22 ,miR-194 LncRNA MINCR با استفاده از روش Real time PCRانجام شد.

نتایج: در این مطالعه میزان بیان LncRNA MINCR در نمونه های تومور و پولیپ نسبت به بافت نرمال مجاورشان افزایش و میزان بیان miR-194 miR-22, وکاهش یافته بود. بین میزان بیان,miR-22 ,miR-194 و MINCR ضریب همبستگی منفی مشاهده شد و همچنین بین بیان این lncRNA و microRNA ها ارتباط معنی داری مشاهده می شود.

بحث : با توجه به نتایج به دست آمده و معناداری این متغیرها می توان نقش تشخیص زود هنگام را در درمان بیماران مبتلا به سرطان کولورکتال اساسی دانست . همچنین می توان از بیان microRNA های غالب برای طبقه بندی سرطان ها استفاده کرد. .با توجه به این که MINCR یکی از lncRNA هایی است که به تازگی کشف شده ودر سرطان کلون تا به حال مورد بررسی قرار نگرفته است


[1] Colorectal cancer

بیو انفورماتیک

پیش‌بینی بیوانفورماتیکی توالی‌های حفاظت شده میکروآرانای و مطالعه روند ایجاد و از بین رفتن آنها در بقولات

صفحه 12-27

بهزاد حاجی اقراری؛ مجاهد کمالی زاده

چکیده چکیده

خانواده بقولات یکی از مهمترین خانواده­های گیاهان به شمار می­آید. در این تحقیق توالی­های پیش­ساز میکروآرانای در هفت گونه از بقولات شامل Arachis hypogaea ، Glycine max، Glycine soja، Lotus japonicus، Medicago truncatula، Phaseolus vulgaris و Vigna unguiculata به شیوه جستجوی توالی‌های پیش‌ساز حامل توالی­های همولوگ میکروآرانای بالغ در میان توالیهای نسخهبرداری شونده و با در نظر گرفتن مشخصات اختصاصی توالی و ساختمان دوم توالی پیشساز در میکروآرانای‌های شناسایی شده، پیش بینی و مشخصات آنها مورد توجه قرارگرفت. همچنین جایگاه ژنومی توالیهای پیشساز تعیین گردید. در این مطالعه، 414 توالی پیشساز میکروآرانای متعلق به 130 خانواده در هفت گونه مذکور که مشخصات توالی و ساختار دوم آنها با مشخصات توالی های پیش­ساز میکروآرانای گیاهی همخوانی داشت، پیش‌بینی و مشخصات آنها گزارش گردید. روابط بین گونه­ها براساس روند ایجاد و از بین رفتن خانواده­های میکروآرانای در هرگونه بر اساس بیشینه پارسمیونی به شیوه دولو بدست آمد و از این طریق درخت فیلوژنتیکی ارتباط گونه­ها ترسیم شد. خانواده­های میکروآرانای به وجود آمده و از بین رفته در گونه­های مورد مطالعه در طول پیدایش و تکامل گونهها مشخص و گزارش شد. نتایج نشان داد روند ایجاد خانواده­های میکروآران­ای در این خانواده اخیرا از شدت زیادی برخوردار بوده است. روابط بین گونه‌ها بر اساس روند ایجاد و از بین رفتن خانواده‌های میکروآران­ای به شیوه مدل بیشینه پارسیمونی همخوانی با روابط فیلوژنی ندارد. در این مطالعه تعدادی از خانواده­های میکروآران­ای به عنوان خانواده­های اختصاصی گونه و اختصاصی گروه شناسایی گردید که امکان استفاده از آنها به عنوان شناسه­گر گونه/گروه وجود دارد.

نانو بیوتکنولوژی

نانوکپسولاسیون لیپیدی زگزانتین و ارزیابی مقاوت سرمایی آن در مدل غذایی شیر

صفحه 37-48

رویا اصانلو؛ مژگان امتیازجو؛ محمدعلی حصاری نژاد؛ فاطمه اشرفی

چکیده غنی کردن غذای انسان با استفاده از فناوری‌نو مثل نانوحامل‌های لیپیدی ، یک ابزار ساده و قابل‌دسترس است. بر این اساس، مطالعه حاضر به هدف ارزیابی حسی و تولید فراورده غذایی سالم و مفید به بررسی غنی سازی شیر با نانوکپسول های لیپیدی زیگزانتین و ارزیابی محافظت سرمایی آن پرداخته شد. طی تحقیق تجربی- آزمایشگاهی، استخراج زیگزانتین از اسپیرولینا پلاتنسیس، نانوحامل‌های تولید شده برای غنی سازی شیر به‌عنوان یک سیستم مدل غذایی استفاده شد. سه نمونه شیر خام، شیر غنی شده با نانوحامل لیپیدی حاوی زیگزانتین و شیر غنی شده با نانوحامل لیپیدی به صورت مستقیم (در غلظت مشابه نانوحامل) مورد بررسی قرارگرفت. به منظور بررسی کارایی نانوحامل های تولید شده، ترکیب های محافظ سرما (گلوکز، سوربیتول، گلیسرین، لاکتوز و ساکارز)، به شیر اضافه شد. ساکاروز بهترین محافظ سرما شناخته شد. ارزیابی حسی شیر غنی شده در مقیاس هدونیک پنج نقطه‌ای صورت پذیرفت و پارامترهای حسی مختلف مورد بررسی قرار گرفت. داده‌ها با استفاده از نرم افزار2016 Mini-tab آنالیز شد. نتایج تفاوت معنی داری بین ویژگی های حسی شیر شاهد با شیر غنی شده با نانوحامل ها (05/0>P) مشاهده نشد. کمترین اندازه ذرات و شاخص بس پاشیدگی در پوشش نانوحامل های با ترکیبات محافظ سرما، به ترتیب، 82/320 و 26/0 تا 31/0 بدست آمد. پتانسیل زتا ، 03/6- گزارش شد. با استفاده از غنی سازی شیر با نانوحامل‌های حاوی زیگزانتین، علاوه بر سلامت بینایی و پوست می توان مشکلات مربوط به کمبود افزودنیهای طبیعی مفید و عدم حلالیت فراورده غذایی را رفع نمود.

بیوتکنولوژی صنعتی

بهینه سازی تولید 2و6 دی متوکسی بنزوکینون جوانه گندم تخمیر شده با مخمر نانوایی صنعتی در بیوراکتور آزمایشگاهی

صفحه 60-72

سیده هاجر حسنی؛ حسن فیروزی برشنه؛ ولی الله بابایی پور

چکیده

در این مطالعه، تخمیر جوانه گندم با پودر مخمر نانوایی صنعتی برای تولید FWGE با محتوای بالای 2،6-DMBQ با رویکرد افزایش مقیاس در مقیاس بیوراکتور Bench انجام شد. محتوی 2,6-DMBQ جوانه گندم تخمیر شده با بهینه‌سازی سه متغیر pH اولیه، دمای تخمیر و سرعت هم‌زدن در دو سطح با استفاده از روش تاگوچی در بیوراکتور همزن­دار افزایش داده شد. محتوای 2،6-DMBQ نمونه ها طی 14، 16 و 18 ساعت پس از تخمیر تعیین شد و سپس نتایج توسط نرم افزار Qualitek تجزیه و تحلیل شد. سپس اثر دور سانتریفیوژ روی میزان کدورت و تعداد مخمر موجود در سوپرناتانت نهایی بررسی شد. در انتها، سوپرناتانت توسط خشک کن پاششی با دمای ورودی C°120 و دمای خروجی C° 69-70 خشک شد و میزان ماده موثر 2,6-DMBQ، pH، رطوبت وخاکستر تعیین شد. در شرایط بهینه: pH اولیه 6، دمای تخمیر C°32 و سرعت هم زدنrpm 80، حداکثر 527/1 میلی گرم 2،6-DMBQ در هر گرم FWGE به دست آمد. نتایج جداسازی نشان داد که سرعت سانتریفیوژ تأثیر معنی‌داری بر کدورت نهایی و تعداد مخمرهای باقی‌مانده ندارد و بنابراین g3000 بعنوان سرعت بهینه انتخاب شد. با این حال، به دلیل محتوای بالای مخمر در مایع رویی، فیلتراسیون پس از سانتریفیوژ مورد نیاز بود. به دلیل سرعت بالای خشک شدن نمونه، رطوبت کم محصول نهایی و راندمان بالا در مقیاس صنعتی، نمونه ها با استفاده از خشک کن اسپری خشک شدند. در نهایت رطوبت، پروتئین، خاکستر و pH محصول نهایی اندازه گیری شد.

بیوتکنولوژی دارویی

مقایسه تیتر و خنثی سازی آنتی بادی , پروتیئن اسپایک SARS-CoV-2 بیان شده در سلول های یوکاریوت و پروکاریوت

صفحه 130-141

سحر کریمی؛ شهرام نظریان؛ فتاح ستوده نژاد نعمت الهی؛ روح الله درستکار؛ جعفر امانی

چکیده با توجه به همه گیری کووید19 به عنوان یک بحران جهانی طراحی واکسن به منظور پیشگیری حایز اهمیت است. این ویروس جز خانواده بتا کرونا ویروس بوده و بر سطح غشای ویروس گلیکوپروتئین اسپایک ساختارهای زائده مانندی را تشکیل می دهد . مطالعات روی SARS-CoV-1 و واکسن‌های MERS-CoV مربوطه نشان داد که پروتئین اسپایک روی سطح ویروس یک هدف مناسب برای واکسن است. در این پژوهش تجربی، ما قطعات پروتیئن اسپایک نوترکیب recombinant fragment of spike protein (rfsp)را که در میزبان یوکاریوتی سلول CHO-K1 و پروکاریوتی E. coli بیان شده است را از نظر قدرت ایمنی زایی, فعالیت خنثی سازی , توانایی شناسایی اپیتوپ های مشابه با سویه ویروس و توانایی اتصال به سرم بیماران بهبود یافته کووید 19 از دو نوع واریانت آلفا و دلتا مقایسه کردیم. نتایج نشان داد که هر دو پروتئین rfSP یک کاندید آنتی ژن بالقوه جدید برای توسعه واکسن کووید19 هستند. اما سلول CHO با انجام فرآیند تغییرات پس از ترجمه مانند گلیکولیزاسون سبب حفظ فعالیت بیولوژیکی پروتئین میشود. وهمین امر احتمال ایجاد اپی توپ های مشابه با سویه ویروس را بالا میبرد. و افزایش تیتر آنتی بادی های ویژه rfsp در سرم موش های ایمن شده را در سطح بالاتری قرار میدهد. لذا اولویت به rfsp بیان شده در سلول CHO برای ارزیابی کارایی واکسن داده میشود.

بیوتکنولوژی کشاورزی

اثر براسینواسترویید بر تحریک گل‌دهی و تغییر بیان ژن هم ساخت APETALA1 (AP1) در اندام‌های مختلف منداب (Eruca sativa)

صفحه 117-129

فرخنده رضانژاد؛ الهه ابوالحسنی؛ فرزاد گنجعلیخانی حاکمی

چکیده در چرخه‌ زندگی نهاندانگان، گذر از فاز رویشی به زایشی یک مرحله‌ نموی مهم است که تحت کنترل شدید ژنتیکی است. این تغییر فاز نیازمند فعال‌شدن مجموعه‌ای از ژن‌ها در مریستم رأس شاخساره است که بیان آن‌ها مریستم را از رویشی به زایشی تبدیل می‌کند. ژن APETALA1 (AP1) در پیشبرد مرحله‌ گذر و نیز تعیین هویت مریستم گل نقش مهمی ایفا می‌کند. در این مطالعه، بیان این ژن در اندام‌های مختلف گیاه منداب (Eruca sativa) و نیز اثر براسینواستروئید بر گل‌دهی و بیان ژن، بررسی شد. RNA کل استخراج و برای ساخت cDNA استفاده گردید. آغازگر‌های اختصاصی براساس هم‌راستایی توالی ژن‌های هم‌ساخت AP1 در گیاهان هم‌خانواده، طراحی و برای واکنش RT-PCR استفاده گردیدند. در مرحله رویشی، هیچ بیانی در اندام‌های مختلف مشاهده نشد. تیمار براسینواستروئید از 28 روزگی (مرحله رویشی) تا ظهور غنچه‌های گل، سبب گل‌دهی زودرس و دوره‌ رویشی کوتاه‌تر شد بطوری که گیاهان تحت تیمار، حدود 10 روز زودتر از شاهد گل دادند. همچنین اندازه گیاه و اجزای آن در گیاهان تیمار شده با براسینواستروئید بزرگ‌تر بودند. بررسی بیان ژن EvsAP1، در فاز زایشی حاکی از بیان آن در غنچه‌ گل، کاسبرگ و گلبرگ و عدم بیان آن در ریشه، ساقه، برگ، پرچم و مادگی بود. همچنین، شروع بیان این ژن، زودتر مشاهده شد که نشان‌دهنده این است که گذر به گل‌دهی و تشکیل غنچه گل در گیاهان تحت تیمار سریع‌تر رخ می‌دهد، در نتیجه، بیان هم زودتر رخ می‌دهد اما آنالیز آماری نشان داد که میزان بیان، تحت تاثیر براسینواستروئید قرار ندارد و تفاوت معنی‌داری دیده نشد.

بیوتکنولوژی کشاورزی

ارزیابی انتقال چند ژنی یک پروتئین کیناز سرین/ترئونین به همراه ژنی از خانواده سیتوکینین اکسیداز/دِهیدروژناز و فاکتور رونویسی القا شونده در شرایط تنش از خانواده NAM-ATAF-CUC به برنج

صفحه 73-88

لیلا پورهنگ؛ زهرا قربانزاده؛ مهربانو کاظمی الموتی؛ سید محمد موسوی پاکزاد؛ الهه معتمد؛ مونا ماپار؛ علی اکبر عبادی؛ محمد رضا غفاری؛ کتایون زمانی؛ قاسم حسینی سالکده؛ بهزاد قره یاضی؛ مطهره محسن پور

چکیده تولید گیاهان متحمل به خشکی با بهبود ساختار ریشه به دلیل بحران کم آبی حائز اهمیت خواهد بود. در این پژوهش سه ژن تاثیر گذار در بهبود ساختار ریشه، مقاومت به خشکی و افزایش جذب فسفر با ساخت سازه‌های ترکیبی دو و سه ژنی برای انتقال به گیاه برنج استفاده شدند. یک پروتئین کیناز سرین/ترئونین موثر در افزایش جذب عناصر غذایی به ویژه فسفر (PSTOL1)، ژنی از خانواده سیتوکینین اکسیداز/دِهیدروژناز (OsCKX4) و یکی از ژن‌های کدکننده فاکتور رونویسی القا شونده در شرایط تنش از خانواده NAM-ATAF-CUC (OsNAC5) برگرفته از ارقام وحشی برنج تحت نواحی تنظیمی جداگانه در ناحیه T-DNA ناقل دوگانه اگروباکتریومی قرار داده شدند. ژن OsNAC5 تحت پیشبر مختص ریشه RCc3 و ژن PSTOL1 تحت پیشبر یوبیکوئیتین همسانه‌سازی شدند. همچنین ژن OsCKX4 یک بار تحت پیشبر یوبی‌کوئیتین و یک بار تحت پیشبر RCc3 همسانه‌سازی شد. دو سازه چند ژنی حاصل موسوم به pUhrN5CkPstol و pUhrCkPstol برای انتقال ژن به برنج رقم هاشمی مورد استفاده قرار گرفتند. انتقال ژن به کالوس حاصل از بذر رسیده برنج انجام شد. گیاهان تراریخته احتمالی توسط واکنش زنجیره‌ای پلیمراز مورد تایید قرار گرفتند. از تعداد 107 گیاه باززاشده‌ای که حضور تراژن‌ها در آنها به اثبات رسید، در نهایت تعداد 14 رخداد تراریخته حاصل شد. مقایسه فنوتیپ ریشه‌ی گیاهان تراریخته در نسل T0 با گیاه شاهد تفاوت ظاهری قابل ملاحظه‌ای در ساختار ریشه نشان داد. امید است تولید برنج با بهبود ساختار ریشه منجر به تحمل خشکی، کاهش مصرف آب و عملکرد بهتر در شرایط تنش شود.

بیوتکنولوژی میکروبی

بهبود حذف فنل در پساب‌های شور به کمک باکتری تثبیت شده

صفحه 89-98

زینب ونک؛ صدیقه اسد؛ سیدمحمدمهدی دستغیب

چکیده فنل‌ها ترکیبات آلی و بسیار سمی هستند که با توجه به کاربرد گسترده، معمولاً در پساب صنایع مختلف یافت می‌شوند. اثر بازدارندگی فنل در غلظت‌های بالا و همچنین شوری بالای پساب‌های صنعتی، یک چالش جدی برای تصفیه پساب توسط میکروارگانیسم‌ها می‌باشد. یکی از رایج‌ترین رویکردها جهت غلبه بر این مشکل، تثبیت میکروارگانیسم‌های تجزیه کننده فنل می‌باشد. هدف از این مطالعه، مقایسه حذف فنل یک باکتری بومی تحمل‌کننده نمک از جنس Janibacter به صورت آزاد و تثبیت‌شده است. به این منظور، فرایند تثبیت باکتری روی بستر میکا انجام شد و کارایی تثبیت به روش پروتئین سنجی محاسبه شد. همچنین حذف فنل توسط سلول آزاد و تثبیت شده مقایسه شد و اثر پارامترهای مختلف بر میزان حذف فنل مورد بررسی قرار گرفت. براساس اندازه‌گیری غلظت پروتئین، کارایی تثبیت روی میکا، 75/68 % به دست آمد. مدت زمان حذف 100 میلی‌گرم در لیتر فنل توسط سلول‌های آزاد 88 ساعت و سلول‌های تثبیت‌شده روی میکا، 40 ساعت اندازه‌گیری شد. سلول‌های تثبیت‌شده، برخلاف سلول‌های آزاد قادر به حذف فنل در دماهای پایین تا 16℃ ، غلظت نمک بیش از 5/7% و pHهای کمتر از 5/7 و بیش از5/8 بودند. نتایج مشابهی مبنی بر عملکرد بهتر سلول‌های تثبیت شده در مطالعات دیگر نیز به دست آمده است. در نتیجه، فرایند تثبیت به جهت محافظت از سلول‌ها در برابر اثرات سمی فنل، کارایی حذف فنل سلول‌ها را به طور چشمگیری افزایش می‌دهد و آن‌ها را نسبت به شرایط سخت محیطی مقاوم می‌سازد.

بیو انفورماتیک

تجزیه و تحلیل شبکه mRNA ها و Non_coding RNA های مرتبط در سرطان تخمدان و نقش بالقوه آن ها در فنوتیپ مقاومت به داروی سیس پلاتین

صفحه 49-59

زینب کربلایی پازکی؛ امیر رضا جوانمرد؛ سید مصطفی حسینی؛ شیوا ایرانی؛ بهرام محمد سلطانی

چکیده مقاومت به داروهای شیمی درمانی همواره مانعی در درمان قطعی سرطان ها بوده است. بنابراین، کشف وقایع مولکولی منجر به مقاومت دارویی، روشهای درمانی را ارتقاء می بخشد. RNA های غیر کد کننده (ncRNAs) دسته ایی از مولکولهای تنظیم کننده وقایع درون سلولی و از جمله مسیرهایی سرطانزایی و مقاومت دارویی هستند. مثلا، شبکه رقابتی ncRNA های درون زا ( ceRNA ) با اتصال به miRNA ها و محدود کردن اثر تنظیمی آنها، بیان mRNA ی ژن های هدف را تنظیم میکنند. تاکنون مطالعات محدودی در مورد نقش ceRNA در ایجاد مقاومت دارویی در سرطان تخمدان گزارش شده است. در این مطالعه، اطلاعات توالی‌یابی حجیم RNAseq بدست آمده از سلولهای مقاوم و حساس به سیس پلاتین استفاده شد تا ceRNA‌ هایی که تنظیم‌کننده‌های احتمالی مقاومت دارویی در سرطان تخمدان هستند، جستجو شوند. بدین منظور رده سلولی تخمدانی حساس و مقاوم به سیس پلاتین بنام A2780 انتخاب، و داده های SRA تهیه شده به روش RNAseq غربالگری شد. طی این روند، lncRNA ها، microRNA ها و mRNA های دارای تغییرات بیانی تفکیک و طبقه بندی شدند. در تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک سلولهای مقاوم نسبت به حساس، 16 عدد mRNA، 10 عدد lncRNA و 149 عدد miRNA دچار بیش بیان و 622 عدد mRNA، 263 عدد lncRNA و 177 عدد miRNA دچار کاهش بیان بودند. این ژن ها در 57 مسیر سلولی درگیر بودند و با ترسیم شبکه ceRNA تنظیمی، دو محور ZNRF3-AS1-miR-33-DUSP1 و ZNRF3-AS1-miR33-HSPA2 به عنوان شبکه های ceRNA بالقوه درگیر در سرطان تخمدان مقاوم به سیس پلاتین پیش بینی شدند.

بیوتکنولوژی مولکولی

مروری بر کاربرد آپتامرهای تشخیصی در کیت های نواری

صفحه 99-116

فاطمه بزرگمهر؛ مهدی زین الدینی؛ عباس عظیمی فرد؛ نور محمد دانش

چکیده آپتامرها یا پادتن‌های شیمیایی اغلب توالی­های اسیدنوکلئیکی هستند که قادر به اتصال به طیف وسیعی از اهداف متنوع شامل مولکول­های کوچک، مولکول­های بزرگ و سلول­ها هستند. از جمله مزایای آپتامرها نسبت به پادتن‌ها می­توان به فرآیند تولید برون تنی، امکان انتخاب آپتامرها در برابر مولکول‌های سمی و غیرایمونوژن، ذخیره در بازه­های زمانی طولانی و هزینه تولید به‌مراتب کمتر نام برد. آپتامرها همچنین می‌توانند به‌راحتی اصلاح‌ و یا تثبیت شوند و سنتز آن­ها با خلوص و تکرارپذیری بالا همراه است، به طور شیمیایی پایدار بوده و به دلیل ماهیت نوکلئیک­اسیدی خود بسیار انعطاف‌پذیرتر از پادتن‌ها بوده و می‌توانند در قالب پروب فانوس مولکولی، ترکیبی از برهم‌کنش هدف - آپتامر و تکثیر اسیدنوکلئیک را برای دستیابی به محدوده‌های تشخیصی خیلی حساس بکار گیرند. این ویژگی­های جالب‌توجه، آپتامرها را به‌عنوان عناصر تشخیصی منحصربفرد برای ابزارهای تحلیلی همچون حسگرهای زیستی، روش­های رنگ­سنجی، تشدید پلاسمون سطحی و آزمایشگاه روی تراشه تبدیل کرده است. بااین‌حال، تمام این روش‌ها به کارکنان ماهر و ابزار دقیق مستقر در آزمایشگاه نیاز دارند در نتیجه کاربرد آن‌ها را محدود می‌کند. دراین‌خصوص سنجش‌های جریان جانبی یا کیت­های نواری و کاغذی نتایج سریع و قابل‌اطمینان را ارائه می‌دهند و تنها نیازمند مداخله کاربر در مرحله افزودن نمونه است. به دلیل سادگی آن‌ها، به طور گسترده در زمینه‌های مختلف از جمله پزشکی، رصد و پایش کیفیت محصولات غذایی و ایمنی محیطی استفاده می‌شود. در این تحقیق ضمن معرفی آپتامرها، مروری برکاربرد منحصربه­فرد آن در سنجش جریان جانبی و آینده این فناوری مورد بررسی قرار می گیرد.