دوره 11، شماره 2 - ( 1399 )                   جلد 11 شماره 2 صفحات 154-145 | برگشت به فهرست نسخه ها

‎ 20.1001.1.23222115.1399.11.2.1.2

XML English Abstract Print

Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Mortazavi M, Torkzadeh-Mahani M, Hosseinkhani S, lotfi S, Rahman E. Molecular docking and bioinformatics study of rare codons in the Lampyroidea maculata luciferase gene. JMBS 2020; 11 (2) :145-154
URL: http://biot.modares.ac.ir/article-22-13152-fa.html
مرتضوی مجتبی، ترکزاده مسعود، حسینخانی سامان، لطفی صفا، امام زاده رحمان. داکینگ سوبسترایی و مطالعه بیوانفورماتیک کدون های نادر ژن لوسیفراز Lampyroidea maculata. زیست‌فناوری مدرس. 1399; 11 (2) :145-154

URL: http://biot.modares.ac.ir/article-22-13152-fa.html

داکینگ سوبسترایی و مطالعه بیوانفورماتیک کدون های نادر ژن لوسیفراز Lampyroidea maculata
مجتبی مرتضوی* 1، مسعود ترکزاده2 ، سامان حسینخانی3 ، صفا لطفی2 ، رحمان امام زاده4
1- گروه بیوتکنولوژی، پژوهشگاه ، دانشگاه تحصیلات تکمیلی صنعتی و فناوری پیشرفته کرمان ، mortezavimm@kgut.ac.ir
2- گروه بیوتکنولوژی، پژوهشگاه ، دانشگاه تحصیلات تکمیلی صنعتی و فناوری پیشرفته کرمان
3- گروه بیوشیمی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران، تهران
4- گروه زیست شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه اصفهان
چکیده:   (3405 مشاهده)
فرایند بیولومینسانس، یک پدیده گسترده در طبیعت بوده و آنزیم­های لوسیفرازی در بخش­هایی گسترده­ای از حیات شناسایی شده­اند اما آنزیم لوسیفراز شناسایی شده در خانوادهlampyrid  به دلیل ویژگی­های برتر کاربردهای زیستی گسترده­ای یافته است. به تازگی، کلونینگ یک ژن جدید از آنزیم لوسیفراز کرم شب تاب ایرانی با نام Lampyroidea maculata گزارش شده است. در این مطالعه، در این مطالعه، آنالیز کدونهای نادر از ژن لوسیفراز حشره شب­تاب ایرانی با استفاده از پایگاههای محاسباتی ATGme، RACC،LaTcOm  و Sherlocc مورد مطالعه قرار گرفت. همچنین، فرایند مدل­سازی ساختاری این آنزیم انجام شد. در ادامه، وضعیت این کدون­های نادر در این مدل ساختاری به کمک نرم­افزارهای SPDBV و PyMOL مورد مطالعه قرار گرفت. جایگاه اتصال سوبسترا در دهانه فعال آنزیم به کمک نرم­افزارهای داکینگ  AutoDock Vina بررسی شد. به کمک مدل­سازی مولکولی، برخی از کدون­های نادر شناسایی شدند که ممکن است نقش مهمی در ساختار و عملکرد این آنزیم داشته باشند. فرایند داکینگ مولکولی به کمک AutoDock Vina  انجام شد و Asp531 را که در اتصال به لوسیفرین و AMP نقش دارد شناسایی شد. این آنالیزهای بیوانفورماتیکی نقش مهمی در طراحی داروهای جدید دارد.
واژه‌های کلیدی: لوسیفراز، کدون نادر، جایگاه اتصال سوبسترا، Lampyroidea maculata
متن کامل [PDF 1195 kb]   (1722 دریافت)    
نوع مقاله: پژوهشی اصیل | موضوع مقاله: بیو انفورماتیک
دریافت: 1396/5/21 | پذیرش: 1398/10/7 | انتشار: 1399/3/17
ارسال نظر درباره این مقاله : نام کاربری یا پست الکترونیک شما:
CAPTCHA
ارسال پیام به نویسنده مسئول

بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.