دوره و شماره: دوره 11، شماره 1 - شماره پیاپی 24، زمستان 1398 
بیوتکنولوژی دارویی

جهش‌زایی هدفمند پروتئین CD80 به‌منظور افزایش تمایل اتصال آن به گیرنده‌ CD28

صفحه 1-11

نسا پسران‌افشاریان؛ زهرا حاجی‌حسن؛ ناصر انصاری‌پور

چکیده پروتئین CD۸۰ به‌عنوان عضوی از ابرخانواده ایمنوگلوبولین‌ها، یک پروتئین تراغشایی است که در سطح سلول‌های ارایه‌کننده آنتی‌ژن (APC) بیان می‌شود. این پروتئین دارای دو گیرنده CTLA-۴ و CD۲۸ در سطح سلول‌های T است. بر اثر اتصال این پروتئین به این گیرنده‌ها به ترتیب مسیر مهاری و تحریکی در سلول‌های T آغاز می‌شود. در حالت طبیعی، پروتئین‌های CD۸۰ دارای تمایل اتصال بیشتری به CTLA-۴ نسبت به CD۲۸ هستند و این از عوامل خاموش‌کننده‌ سلول‌های T در سیستم ایمنی، به‌منظور جلوگیری از خودایمنی است. هدف از مطالعه حاضر، ایجاد واریانتی از پروتئین CD۸۰ است که دارای تمایل اتصال افزایش‌یافته به CD۲۸ است تا با قدرت بیشتری به این گیرنده متصل شود و مسیرهای تحریکی را بیشتر از نوع وحشی این پروتئین (پروتئین CD۸۰ اولیه) در سلول‌های T القا کند. برای شناسایی این واریانت ابتدا توالی وحشی با کمک محیط برنامه‌نویسی R، در جایگاه‌های ۳۱ و ۹۲ با اسیدهای آمینه‌ای که نقش مهمی در شکل‌گیری پیوندهای هیدروژنی دارند، جهش داده شد. ۱۰۰ توالی خروجی نرم‌افزار R، با سرور SWISS-MODEL مدل‌سازی شدند. سپس مدل‌های خروجی، به‌صورت تک‌تک با سرور HADDOCK داک شدند و در نهایت انرژی‌های اتصالی از جمله انرژی‌های الکترواستاتیک و واندروالسی بین گیرنده‌ها و لیگاندها محاسبه شدند. بین تمامی مدل‌های ساخته‌شده، توالی جهش‌یافته K۳۱Y, R۹۲F دارای بهترین انرژی الکترواستاتیک و واندروالسی است و در مقایسه با نوع وحشی پروتئین CD۸۰، با قدرت بالاتری به پروتئین CD۲۸ متصل می‌شود.

بیوتکنولوژی کشاورزی

بررسی اثرات سمیت سلولی پینورسینول و لاریسی‌رسینول در سلول‌های سرطان سینه رده SKBr3

صفحه 13-20

مونا سلطانی؛ نجمه احمدیان‌چاشمی؛ محسن شریفی؛ رضا فتوت؛ مهرداد بهمنش

چکیده اهداف: سرطان سینه شایع‌ترین نوع بدخیمی زنان در سراسر جهان است. از میان روش‌های مختلف در پیشگیری و درمان سرطان، ترکیبات طبیعی گیاهی دارای مزایای بیشتری نسبت به داروهای شیمیایی هستند و عوارض جانبی کمتری دارند. اخیراً مطالعات بسیاری در ارتباط با خواص آنتی‌اکسیدانی، ضدسرطانی، ضدتکثیری و ضدالتهابی لیگنان‌های گیاهی انجام شده است که نشان‌دهنده اهمیت این ترکیبات در پیشگیری و درمان انواع بیماری‌ها است. در مطالعه حاضر اثرات سمیت سلولی و القای آپوپتوز توسط ترکیبات لیگنانی پینورسینول و لاریسی‌رسینول بر رده سلولی سرطان سینه SKBr۳ بررسی شد.
مواد و روش‌ها: سلول‌های SKBr۳ با غلظت‌های مختلفی از پینورسینول و لاریسی‌رسینول به مدت ۷۲ ساعت تیمار شدند. سپس قابلیت حیات سلولی و تغییرات مورفولوژیکی سلول‌ها به ترتیب با ارزیابی MTT و میکروسکوپ نوری معکوس تعیین شدند. همچنین القای آپوپتوز به وسیله آنالیز فلوسایتومتری و با استفاده از کیت تشخیص آپوپتوز آنکسین V-FITC بررسی شد.
یافته‌ها: تیمارهای پینورسینول و لاریسی‌رسینول هر دو در حالت وابسته به غلظت موجب القای تغییرات مورفولوژیکی، کاهش قابلیت رشد، حیات، تکثیر سلولی و افزایش معنی‌دار میزان القای آپوپتوز در رده سلولی SKBr۳ نسبت به سلول‌ها شدند.
نتیجه‌گیری: القای آپوپتوز و جلوگیری از رشد و تکثیر سلول‌های سرطانی از مکانیزم‌های مهم در درمان سرطان است. پینورسینول و لاریسی‌رسینول می‌توانند از طریق کاهش تکثیر سلولی و افزایش القای آپوپتوز در پیشگیری و درمان سرطان سینه مفید باشند.

بیوتکنولوژی میکروبی

القای تولید سورفکتانت زیستی توسط باکتری نمک‌دوست بومی Halomonas sp. MM93 در حضور روغن زیتون و مطالعه پایداری آن

صفحه 21-28

حمیدرضا کربلائی‌حیدری؛ لادن تقوی؛ پروین حسنی‌زاده

چکیده سورفکتانت‌های زیستی از جمله فرآورده‌های میکروبی ارزشمند هستند که کاربردهای قابل توجهی در صنایع مختلف دارند. از مزیت‌های این ترکیبات نسبت به انواع شیمیایی خود می‌توان به زیست‌تخریب‌پذیری، سمیت پایین، فعالیت در شرایط محیطی حاد و قابلیت تولید از پسماندها اشاره کرد. در مطالعه حاضر، توانایی سویه‌ بومی Halomonas sp. MM۹۳ در تولید بیوسورفکتانت با استفاده از روش گسترش روغن و همولیز در محیط کشت نوترینت براث و دمای °C۳۰ پس از ۷۲ ساعت مورد بررسی قرار گرفت. فعالیت امولسیون‌کنندگی سورفکتانت زیستی نیز در یک محیط تولید تعریف‌شده طی ۹۶ ساعت، توسط آزمون سنجش فعالیت امولسیون‌کنندگی بررسی شد. اثر روغن زیتون، ان- هگزان و نفت سفید به‌عنوان منابع کربنی آب‌گریز در القای تولید سورفکتانت زیستی توسط این سویه مورد بررسی قرار گرفت. به ‌واسطه اهمیت پایداری سورفکتانت‌های زیستی در استفاده‌های صنعتی، پایداری مایع رویی محیط کشت باکتری در شرایط افراطی دما، pH و غلظت نمکی سنجیده شد. این سویه در آزمون گسترش روغن، هاله‌ای به قطر ۵/۲سانتی‌متر ایجاد کرد و شاخص E۲۴ آن برابر ۴۵% محاسبه شد. Halomonas sp. MM۹۳ به‌واسطه تولید این سورفکتانت زیستی قادر به کاهش کشش سطحی محیط کشت از ۷۰ به ۴۰میلی‌نیوتون بر متر بود. همچنین سورفکتانت زیستی تولیدشده پایداری قابل ملاحظه‌ای در دمای بالا (°C۱۰۰)، شرایط اسیدی و بازی حاد (۱۲-۲=pH) و غلظت نمک بالا (۲۰گرم بر لیتر) را نشان داد. طبق نتایج حاصل، باکتری نمک‌دوست بومی Halomonas sp. MM۹۳ می‌تواند به‌عنوان یک سویه توانمند در تولید سورفکتانت زیستی پایدار در صنایع مختلف به‌ویژه فرآیندهای افزایش بازیافت میکروبی نفت که نیازمند ترکیبات دارای فعالیت سطحی با پایداری زیاد هستند، مورد توجه قرار گیرد.

بیوتکنولوژی میکروبی

کاهش BOD و COD پساب توسط باکتری‌های بومی جدا شده از پساب صنایع عرق‌گیری گیاهی

صفحه 29-35

محمد گودرزی؛ حسینعلی رفیعی پور؛ فرشته جوکار کاشی

چکیده پساب حاصل از استفاده آب در مصارف خانگی، صنایع و کارخانه‌ها سبب عوارضی زیست محیطی می‌شود که با ایجاد بوی نامطبوع، محیط مناسبی برای رشد باکتری‌های بیماری‌زا فراهم می کند. در این پژوهش پس از جداسازی میکروارگانیسم‌های بومی پساب صنایع عرق‌گیری گیاهی، توانایی آن‌ها برای کاهش میزان اکسیژن خواهی زیستی BOD و میزان اکسیژن خواهی شیمیایی COD پساب بررسی شد.
از قسمت­های مختلف پساب صنایع عرق‌گیری کاشان نمونه‌ برداری شد. پس از انتقال نمونه‌ها به آزمایشگاه، از محیط کشت لیزوژنی براث، برای جداسازی باکتری‌ها استفاده شد. جدایه ها بر اساس ویژگی ظاهری و زیست شیمیایی تفکیک شدند. از میان 69 جدایه ها، چهار جدایه برای سنجش توانایی کاهش BOD و COD انتخاب شده و به پساب کارخانه عرق‌گیری افزوده شدند. کاهش BOD پس از پنج روز با استفاده از دستگاه BODمتر و کاهشCOD به روش تیتراسیون اندازه‌گیری شد. جدایه‌ها بر اساس آزمون‌های زیست شیمیایی شناسایی شدند.
پس از افزودن سویه­های منتخب به پساب، میزان BOD و COD ، به ترتیب به 82/71- 43/47 درصد و 79/44-50/56 درصد کاهش یافت. همچنین با افزودن کنسرسیوم سویه ­ها به پساب، میزان BOD و COD به ترتیب 21/83-6/76 و 29/57-32/38 درصد کاهش یافت.

طبق نتایج بدست آمده، پساب حاوی سویه­های باکتریایی است که توانایی بالایی در کاهش میزان BOD وCOD و همچنین تجزیه مواد آلی موجود در پساب دارند، به گونه­ای که با استفاده مجدد از پساب تصفیه شده، امکان سرمایه­گذاری در بخش کشاورزی و صنعت وجود دارد. بنابراین می­توان از این سویه­ها برای تصفیه پساب صنایع عرق­گیری گیاهی استفاده نمود.

بیوتکنولوژی مولکولی

ارزیابی تغییر بیان ژن های mGluR1, CD38, D1پس از کیندلینگ الکتریکی و درمان با تحریک الکتریکی با فرکانس پایین در موش های صحرایی

صفحه 37-43

سمیرا رنجبر؛ خسرو خواجه؛ جواد میرنجفی زاده؛ بهاره دبیرمنش؛ شیما خداوردیان

چکیده کیندلینگ الکتریکی یکی از محبوب­ترین تکنیک­های مدل صرعی است که باعث ایجاد تشنج­هایی مانند صرع لوب گیجگاهی
می­شود. تاکنون برای درمان صرع، از تکنیک­های درمانی مختلفی استفاده شده است. از بین این تکنیک­ها، تحریک الکتریکی با فرکانس پایین (LFS) ، به طور گسترده­ای برای بهبود صرع مقاوم به دارو مورد توجه قرار گرفته است، اما مکانیزم اثر آن به خوبی روشن نشده است. از آنجا که وارد شدن کلسیم به سیتوپلاسم و افزایش غلظت آن یکی از مهمترین دلایل بروز تشنج است، گیرنده متابوتروپیک گلوتامات (mGluR1)، گیرنده دوپامین (D1) و ADPR سیکلاز (CD38)، سه گیرنده­ای که از مسیرهای مختلف باعث افزایش کلسیم در سیتوپلاسم می­شوند، انتخاب شدند. با این هدف که با بررسی تغییر بیان این گیرنده­ها کمک به سزایی به مشخص شدن مسیر بهبود بخشی LFS شود. در این مطالعه از هیپوکمپ موش­های صحرایی استفاده شد و تغییر بیان ژن­ها با تکنیک real-time PCR مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد که بیان هر سه ژن انتخابی پس از کیندلینگ به طور معنی داری افزایش یافته و بعد از اعمال تحریکات LFS میزان بیان هر سه به مقدار کنترل بازگشته است. از این رو یکی از مسیرهایی کهLFS برای بهبود بخشی تشنج های کیندلینگ مداخله می نماید، ممکن است مربوط به مسیر ورود کلسیم به سیتوپلاسم باشد

بیوتکنولوژی میکروبی

تولید برون سلولی آنزیم پراکسیداز در باکتری بومی Bacillus tequilensis و تعیین برخی ویژگی‌های بیوشیمیایی آنزیم

صفحه 45-52

فتح اله احمدی؛ علیرضا عباسی؛ باقر یخچالی؛ هوشنگ علیزاده؛ احمد علی پوربابائی

چکیده اهداف:پراکسیدازها در طیف وسیعی از فرآیند های زیست فناوری مورد استفاده قرار می گیرند که بیشتر آنها در دما و pH های بالا انجام می شوند. از آنجا که بیشتر پراکسیدازهای رایج در شرایط قلیایی و دمای بالا ناپایدار و غیرفعال بوده یافتن پراکسیدازهای ترموآلکالوفیلیک برای اهداف کاربردی امری ضروری به نظر می رسد.
مواد و روش ها: در این مطالعه تولید برون سلولی آنزیم پراکسیداز در سویه بومی Bacillus tequilensis مورد مطالعه قرار گرفت. برای این منظور، فعالیت آنزیم با استفاده از دو سوبسترای 2,4-DCP و پیروگالول در کشت مایع باکتری سنجش و تاثیر مدت زمان کشت بر تولید آنزیم و همچنین تاثیر پارامترهای pH و دما بر میزان فعالیت آنزیم بررسی شد. خالص سازی نسبی آنزیم با استفاده از روش کروماتوگرافی تعویض یونی با سفادکس DEAE A50 انجام و پارامترهای کینتیکی فعالیت آنزیم بررسی شد. در این مطالعه پارامترهای کینتیکی از قبیل Km و Vmax محاسبه شدند. نتایج: اندازه گیری فعالیت آنزیم در زمان های مختلف کشت نشان داد که بیشترین میزان تولید آنزیم پراکسیداز 72 ساعت بعد از کشت باکتری بدست می آید.

بیوتکنولوژی کشاورزی

استفاده از روش‌های آماری چند متغیره در ارزیابی تنوع ژنتیکی فسکیوی پابلند

صفحه 53-60

احسان رحیمی؛ علیرضا پورمحمد؛ رضا محمدی؛ علی اصغر علیلو

چکیده به‌منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی، 32 خانواده ناتنی از گونه فسکیوی پابلند (Festuca arundinacea) در سال زراعی 94-1393 در شهرستان تبریز مورد بررسی قرار گرفت. براساس نتایج تجزیه واریانس تنوع معنی‌داری بین ژنوتیپ‌های مورد بررسی برای صفات ارتفاع بوته، قطر تاج‌پوش، روز تا خوشه‌دهی، روز تا گرده‌افشانی، قطر طوقه، عملکرد تر علوفه، عملکرد خشک علوفه، تعداد ساقه و عملکرد بذر در چین اوّل و در صفات قطر تاج‌پوش، قطر طوقه، عملکرد تر علوفه و عملکرد خشک علوفه در چین دوّم و در سطح احتمال یک درصد مشاهده گردید. براساس نتایج به‌دست آمده از مقایسات میانگین، بیشترین عملکرد خشک علوفه در چین اوّل با 5/758 گرم در ژنوتیپ 32 به دست آمد. تجزیه به مؤلفه‌های اصلی با در نظر گرفتن مقادیر ویژه بزرگتر از یک موجب معرفی سه مؤلفه شد که 5/80 درصد از تغییرات بین نمونه‌ها را توجیه نمودند. در تجزیه خوشه‌ای بیشترین تمایز بین گروه‌ها با سه خوشه حاصل گردید و با برش دندروگرام ژنوتیپ‌ها در سه گروه قرار گرفتند. با توجه به نتایج، خوشه سوّم از نظر اکثر صفات برتر از دو خوشه دیگر بود. ژنوتیپ‌های خوشه سوّم با توجه به ارزش بیشتر این خوشه از نظر صفات مهّم نظیر عملکرد علوفه و عملکرد بذر در برنامه‌های اصلاحی از اهمیّت ویژه‌ای برخوردار خواهند بود. در به‌نژادی گیاهان علوفه‌ای، موفقیت در گزینش، به تنوع ایجاد شده از نوترکیبی ژنتیکی و هتروزیس بستگی دارد. با توجه به فاصله بین گروه‌های یک و سه، احتمالاً بیشترین موفقیت در تلاقی بین ژنوتیپ‌های این دو گروه به‌دست خواهد آمد.

بیوتکنولوژی دارویی

مطالعه سمیت سلولی، خون سازگاری و خواص آنتی باکتریال داربست های کامپوزیتی بر پایه پلی کاپرولاکتون حاوی تتراسایکلین هیدروکلراید برای کاربرد در مهندسی بافت استخوان

صفحه 61-69

مهسا بهلولی؛ الناز تمجید؛ سهیلا محمدی؛ مریم نیکخواه

چکیده اهداف: از آنجا که یکی مشکلات مهم در ترمیم استخوان احتمال بروز عفونت‌های باکتریایی است، در سالهای اخیر استفاده از داربست‌های نانوکامپوزیتی حاوی آنتی بیوتیک در کاربردهای مهندسی بافت استخوان مورد توجه پژوهشگران زیادی واقع شده است.
مواد و روش­ها: در این پژوهش داربست­های کامپوزیتی پلی کاپرولاکتونی حاوی 10 درصد حجمی از نانوذرات دی اکسید تیتانیم nm) 21~) و بیوگلاس µm) 6(~ به صورت فاقد دارو و نیز حاوی غلظتهای 57/0 و 15/1 میلی گرم بر میلی لیتر داروی تتراسایکلین هیدروکلراید به روش ریخته­ گری محلول جهت کاربرد در مهندسی بافت استخوان ساخته شدند. مشخصه­ یابی ساختاری با مشاهدات میکروسکوپ الکترونی روبشی و نیز طیف سنجی تبدیل فوریه مادون قرمز به منظور تأیید اتصال ذرات و دارو بر روی داربست انجام شد. همچنین بررسی سمیت‌سنجی سلولی با استفاده از آزمون MTT و مطالعه خواص آنتی باکتریال با استفاده از روش نفوذ در چاهک آگار انجام شد.
یافته­ ها: در این مطالعه داربست­های پلیمری و کامپوزیتی حاوی ذرات داروی توزیع شده بر سطح تولید شده­اند. همچنین مشاهده شد که داربست­های کامپوزیتی بایوگلاس/ پلی کاپرولاکتون حاوی57/0 میلی گرم بر میلی لیتر تتراسایکلین علاوه بر خواص آنتی باکتریال مطلوب، میزان قابل قبولی از زنده ماندن سلولها را دارند.
نتیجه ­گیری: در نتیجه این داربست­ها بالقوه می ­توانند به ­عنوان داربستهای مهندسی بافت با خاصیت آنتی باکتریال مورد توجه قرار گیرند.

نانو بیوتکنولوژی

ساخت نانو ذرات کربنی بر پایه گرافن کوانتوم دات و انجام اصلاحات شیمیایی به منظور افزایش ویژگی سطحی

صفحه 71-76

بهاره مهرداد وحدتی؛ علیمراد رشیدی؛ حسین نادری منش؛ بهنام راسخ

چکیده باشد.یاهداف: گرافن کوانتوم دات ها ) (GQDبا داشتن ویژگی های منحصر به فرد مانند قابلیت حل شدن در آب، ویژگی فتولومینسانس،
زی ست سازگاری خوب، ویژگی های فیزیکی، شیمیایی و الکترونیکی توجه زیادی را به خود جلب کرده ا ست. باتوجه به ویژگی
های ذکر شده،
GQDها از قابلیت استفاده در انواع کاربردهای زیستی، سنسور، فتوکاتالیست ها و جاذب برخوردار می باشند. هدف از انجام این پژوهش سنتز و انجام اصلاحات شیمیایی GQD به منظور افزایش ویژگی سطحی
مواد و روش ها: در این مطالعه از سیتریک اسید به عنوان پیش ماده کربن و همچنین اوره استفاده گردید و سیتریک اسید با روش هیدروترمال در دمای 160 °Cبه مدت 4ساعت طی فرآیند خودآرایی به ساختار گرافن تبدیل شد. سپس GQDسنتز شده کربونیزه شده و به صورت شیمیایی با روش KOHفعال سازی شد. ناحیه سطحی و ساختار حفره ها با ایزوترم های جذب/ واجذب موردبررسی قرار گرفت.
یافته ها: نتایج این تحقیق ن شان داد که ناحیه سطح ویژه گرافن کوانتوم دات کربونیزه و فعال شده ) (CA-GQDاز 0/06 m2/gبه
12043
m2/gافزایش یافت و ساااختار حفره ها به طور قابل مظح ه ای تقویت شااد. الگوی XRDمربوط به GQDساااختار پایه
مربوط به لایه گرافیت را تایید کرد
. عکس های TEMمورفولوژی یکنواخت GQDرا نشاان داد و اندازه GQDکمتر از 5بدست آمد.
نتیجه گیری: روش به کار گرفته شااده در این تحقیق، روش موثری برای ایجاد GQDهای کارآمد با سااطح BETوساایو و توزیو باریکی از ساختار حفره -ها می باشد که می تواند برای مقاصد زیست پزشکی مورد استفاده قرار گیرد.

نانو بیوتکنولوژی

کپسوله نمودن نقاط کوانتومی کربنی در هیدروژل آلژینات به منظور استفاده به عنوان حسگر جیوه

صفحه 77-84

شبنم روشنی؛ حمیده احتسابی؛ زینب باقری

چکیده جیوه ازخطرناکترین آلاینده­های زیست-محیطی است که در صورت ورود به بدن انسان متابولیزه نشده و با تشکیل کمپلکس­های پایدار با مولکول­های زیستی اختلالات عصبی، تنفسی و متابولیکی متعددی را در پی­ خواهد داشت بنابراین توسعه روش­های دقیق، سریع و ارزان برای تشخیص جیوه درمحیط زیست اهمیت زیادی دارد. نقطه کوانتومی کربنی یک ماده فلورسنت جدید با خواص فیزیکی و شیمیایی منحصر به فردی است که برای کاربردهای تشخیصی به خصوص برای تشخیص فلزات سنگین در غلظت­های کم مورد توجه قرار گرفته است. در این بررسی نقاط کوانتومی کربنی با نشر فلورسنت آبی با استفاده از روش پیرولیز سنتز و مشخصه یابی شد. نشر فلورسنت نقاط کوانتومی کربنی سنتز شده در میانکنش با جیوه به میزان قابل توجهی کاهش یافت. در ادامه برای سهولت استفاده از این ماده برای تشخیص جیوه در هیدروژل آلژینات سدیم انکپسوله شد. امکان خاموش سازی توسط جیوه در ساختار هیدروژل ارزیابی شد و کمترین غلظت قابل شناسایی جیوه در ساختار جدید به میزان یک میکرومولار به دست آمد. استفاده از ساختار هیدروژلی علاوه بر اینکه سبب گسترش کاربردهای حسگر جیوه می­شود، می­توان از آن برای حذف جیوه از محیط نیز بهره برد.

بیوتکنولوژی میکروبی

بررسی رابطه فرسایش قارچی نسخه‌های خطی مرکز اسناد و کتابخانه آستان قدس رضوی با هوا و ارزیابی آن در مدل کاغذی

صفحه 85-91

لیلا شکرزاده؛ پریسا محمدی؛ معصومه بحرینی؛ سمیرا بهدانی؛ علی اصغر ثابت جازاری

چکیده قارچ­ها مهم­ترین عامل فرسودگی زیستی در موزه­ها، کتابخانه­ها، آرشیو­ها و مخازن اسناد مکتوب می­باشند. هدف از مطالعه حاضر بررسی تنوع قارچی نسخه­های خطی آسیب دیده در یکی از مخازن مرکز اسناد و کتابخانه آستان قدس رضوی و تعیین آلودگی هوای مخزن و ارتباط آن با آلودگی نسخ می­باشد. نمونه­گیری از نسخه­های خطی با استفاده از سوآب و کاغذ نیتروسلولز استریل و هوای مخزن به روش پلیت باز، انجام شد. القاء فرسودگی اسپورهای قارچی روی کاغذ، در آزمایشگاه مدل سازی شد. چهارده جدایه قارچی از سه نمونه­ی بستر مختلف خطی و شش جدایه قارچی از نمونه­ی هوای مخزن به­دست آمد. در بین جدایه­های قارچی نسخ خطی Aspergillus sp. با بیشترین فراوانی (%36) و Penicillium sp. (5/21%) و Alternaria sp. (14%) به ترتیب در مقام دوم و سوم قرار داشتند. نمونه­های قارچی P. chrysogenum، Cladosporium cladosporioides، Talaromyces diversus و Aspergillus sp. از نمونه کاغذهای پوستی جدا شده­اند که می­توانند در ارتباط با قارچ­های با فعالیت آبی کم و نمک­دوست باشند. بیشترین قارچ­های جداشده مخزن از محیط MEA (53%) به­دست آمد. این قارچ­ها شامل Purpureocillium lilacinum، Talaromyces diversus، Cladosporium sp. و Aspergillus sp. می­باشند.تعداد کم قارچ­های جدا شده از فضای مخزن، در مقایسه با اتاق بافری می­تواند به عوامل محیطی مناسب کنترل شده درون مخزن نسبت داده شود. گونه­های شناسایی شده مشترک بستر و هوا می­تواند ناشی از انتقال و استقرار اسپورهای قارچی هوا به سطح نسخ باشد. حضور لکه­های رنگی روی مدل­های کاغذی آغشته به اسپورهای قارچی فرسایش قارچی را در بستر کاغذی اثبات ­می­کند.

بیوتکنولوژی مولکولی

کلون سازی و بیان دُمین خارج سلولی رسپتور 2 VEGF انسانی در پیکیا پاستوریس و بررسی خواص اتصالی آن

صفحه 93-102

زهرا فتحی؛ مسعود مشهدی اکبر بوجار؛ احسان دهنوی؛ رضا حسن ساجدی

چکیده آنژیوژنز[1] غیرطبیعی با بیماری­های مختلف نظیر سرطان و متاستاز آن، رتینوپاتی و آرتریت روماتوئید در ارتباط است. VEGF-A[2] مهمترین واسطه­ی آنژیوژنز در میان تمام فاکتورهای رشد است. فعالیت زیستی VEGF توسط دو گیرنده تیروزین کینازی VEGFR-1 و VEGFR-2 سلول­های اندوتلیال وساطت می­شود. سیگنالینگ VEGF از طریق VEGFR-2 مسیر اصلی آنژیوژنز است که منجر به تحریک رشد سریع سلول­های اندوتلیال به داخل تومور می­شود. این رسپتور از یک بخش خارج سلولی، یک بخش سیتوپلاسمی و یک دُمین ترانس ممبران تشکیل شده است. بخش خارج سلولی متشکل از هفت دُمین شبه ایمونوگلوبولین (D1-D7) است که دُمین های اول تا سوم به عنوان جایگاه اتصال لیگاند عمل می­کنند. در این مطالعه دُمین های خارج سلولی 3-1 گیرنده (KDR1-3) بصورت نوترکیب در Pichia pastoris بیان شد. یک قطعه DNA 975 نوکلوتیدی حاوی دُمین های 3-1 براساس توالی نوکلئوتیدی در GenBank و توالی پروتئین در Swiss-Prot طراحی شد. وکتور بیانی ترشحی نوترکیب (pPinkαHC/KDR1-3) ساخته شد و به روش الکتروپوریشن به داخل مخمر منتقل شد. سلول های نوترکیب با بیان بالا از طریق تکمیل اگزوتروفی آدنین شناسایی و کشت شدند. KDR1-3 تحت القا با متانول 1٪ بیان و با SDS-PAGE و تکنیک وسترن بلات تایید شد. پس از تخلیص با کروماتوگرافی تمایلی با رزین Ni-NTA، اتصال محصول بیان شده به hVEGF165 با الایزای مستقیم و الایزای مبتنی بر گیرنده اثبات شد. نتایج نشان داد که دُمین خارج سلولی 3-1 گیرنده VEGFR-2 انسانی با ساختار پروتئین یوکاریوتی، که هیچ گزارشی در مورد آن وجود ندارد، با موفقیت بیان شد. [1] Angiogenesis [2] Vascular endothelial growth factor-A

بیو انفورماتیک

مطالعه اثر نانولوله های کربنی چند جداره برروی هپسیدین 20 انسانی با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی

صفحه 103-108

رضا رسول زاده؛ فرامرز مهرنژاد؛ مجید تقدیر؛ پریچهره یغمایی

چکیده برهمکنش میان نانوذراتی همچون نانولوله های کربنی با پروتئین ها مورد توجه زیادی قرار گرفته است. کاربردهای بیومولکولی پیشرفته نانولوله های کربنی نیاز به درک متقابل برهمکنش آنها با مولکول های زیستی دارند. برهمکنش غیر کووالانسی پپتیدهای خونی مانند هپسیدین با نانولوله های کربن، اثرات مهمی در طیف گسترده ای از کاربردهای بیولوژیکی دارد، که از طریق آنالیز پارامترهای ترمودینامیکی برهمکنش بین نانولوله های کربنی و پپتید ها شناسایی می شوند. علاوه بر این، اثرات پارامترهای مختلف در نحوه برخورد نانولوله ها با پپتید و تغییرات ساختاری و پایداری پپتید مورد بررسی قرار می گیرند. در این مطالعه که بر اساس شبیه سازی دینامیک مولکولی صورت گرفت، تغییرات ساختاری هپسیدین 20 در برهم کنش با نانولوله ی دوجداره کربوکسیله مورد بررسی قرار گرفت. نتایج حاصل از شبیه سازی نشان داد که نانولوله­­های­کربنی موجب بازشدن ساختار هپسیدین 20 و ایجاد تغییرات ساختاری در این پپتید میشوند. از طرفی باز شدن ساختار­ هپسیدین احتمالا منجر به تغییر میزان فعالیت آن می­شود. نتایج حاکی از این بود که تغییرات قابل توجهی در ساختار هپسیدین 20 در حضور نانولوله ی کربنی ایجاد می گردد.که این اختلاف مقادیر به خاطر تحرکات و جابجایی های لوپ وN - ترمینال پپتید هپسیدین 20 می باشد.

بیوتکنولوژی مولکولی

ارائه روش رنگ سنجی برای تشخیص سرطان سینه با استفاده از آپتامرهای اختصاصی مبتنی بر دزوکسی ریبوزیم

صفحه 119-126

نصرالله صالح گوهری؛ زهرا کرمی؛ فربد محسنی؛ علی کریم زاده؛ کتایون صدیقی

چکیده سرطان سینه یک عامل پرخطر برای سلامت زنان محسوب می‌شود که حدود 23 درصد میزان سرطان‌ها و دومین عامل مرگ در بین تمامی سرطان‌ها به شمار می‌رود. به خاطر پرهزینه و زمان بربودن روش های سنجش فعلی سرطان سینه ، نیاز به توسعه روش های حساس تر و اختصاصی ترمی باشد. بیوسنسورها به خاطر پاسخ سریع ناشی از محاسبه مستقیم در مایعات فیزیولوژیکی (بزاق، خون، سرم، شیر و ادرار) حائز اهمیت هستند. بیوسنسورهای برپایه آپتامر نسبت به روش های سنتی برای شناسایی سلول های سرطانی مزیت هایی از جمله سرعت، سادگی و ارزان بودن را دارا می باشند. در این مطالعه، با اتصال دزوکسی ریبوزیم و آپتامر یک روش رنگ سنجی برای شناسایی سلول های سرطان سینه ارائه شد. آپتامرهای MUC1 و PTK7 نیز بعنوان آپتامرهای اختصاصی برای اتصال به سلول های سرطانی سینه استفاده شدند. این روش ممکن است نیازی به تغییر DNA و استفاده از برچسب را نداشته باشد که می تواند تشخیص سلول های سرطانی را ساده تر و ارزان تر انجام دهد. نتایج به دست آمده خاطر نشان ساخت که این آپتامرها فعالیت قابل توجهی برای تشخیص سلول های سرطانی را نشان دادند درحالی که در نمونه های کنترل فعالیتی مشاهده نشد. علاوه براین، نتایج نشان دادند که یک رابطه خطی بین مقدار سلول های سرطانی و سیگنال رنگ سنجی وجود دارد. در نهایت، نتایج به دست آمده یک روش ارزان و سهل انجام را برای تشخیص سلول های سرطانی در آینده را خاطر نشان می سازد.